《神鵰俠侶》結局又舉辦了第三次華山論劍，江湖五大高手黃藥師、一燈大師、楊過、郭靖、周伯通五人相聚華山，“華山五絕”這一團體的稱謂也有了不小的變化，為東邪黃藥師、西狂楊過、南帝一燈大師、北俠郭靖、中頑童周伯通。五位高手，周伯通、一燈大師隱居百花谷，楊過隱居終南山古墓，郭靖戰死襄陽，那麼黃藥師結局如何呢？

他自盡了。

連載版《倚天屠龍記》中是這樣寫的，大意是襄陽城破之後，郭襄舉目無親，遂前往桃花島尋找外公黃藥師，卻發現島上空無一人，而那艘黃藥師預備殉妻用的畫舫也失去蹤影，從此不再見到黃藥師出現。從這段內容咱們可以明確得出結論，黃藥師確實駕著花船葬身汪洋大海了，那麼他為何會自盡呢？看看他徒弟與他老婆曾經做過的事情就懂了。

一、陳玄風叛變，黃藥師未來悲劇生活的導火線

黃藥師早年有六位徒弟，為曲靈風、陳玄風、陸乘風、梅超風、武眠風、馮默風五人，或許是因為黃藥師性格原因，六位徒弟雖然十分敬重他，但也十分懼怕他，武俠世界裡師兄妹相戀的事情太普遍了，可陳玄風還是懼怕黃藥師，為了活命、為了日後的幸福，他做了一個決定：與梅超風私奔。本來這個決定不會對黃藥師造成什麼傷害，可這該死的陳玄風居然在臨行前盜走了黃藥師的《九陰真經》。

這半部經書乃黃藥師夫婦從周伯通手裡騙來的，黃藥師視若珍寶，他倒也不是為了練真經上的武功，只是想破解真經上的武功，因而極其重視這部秘籍，當陳玄風盜走了經書後，黃藥師勃然大怒，陳玄風這個舉動直接成了黃藥師日後悲催生活的導火線，不久之後一個人將會因此而死。

二、馮蘅不顧性命彌補《九陰真經》，黃藥師悲劇從此開始

馮蘅與梅超風同年，溫柔賢惠，其十分聰慧，擁有過目不忘的本領，是黃藥師一生的摯愛，馮蘅之死直接導致了黃藥師悲催的結局，那麼馮蘅為何會死呢？只因她下定決心做了一個決定，做了一件令人歎服的事情。可嘆馮蘅當時本有身孕在身，他為了安撫黃藥師，苦思《九陰真經》而不得，終至心力交瘁，難產而死，留下一本殘缺不全的《九陰真經》。

馮蘅死後，黃藥師便在心中做了決定，決定給愛妻殉葬，為此他打造了一艘花船，可惜黃蓉當時太小，黃藥師不捨離去遂一直撫育黃蓉，打算等黃蓉成親後再行自裁，當襄陽城破之後，黃藥師終於下定了決心，便有了連載版中他的悲催結局。

所以根據小說內容來看，這兩個人做的事才是導致黃藥師自盡的原因。