朱棣剛建造故宮時，保和殿叫謹身殿，顧名思義是皇帝在從乾清宮去太和殿舉行大典前更換禮服的場所。從乾清宮出來進入前謹身殿更換衣服，中和殿休息片刻，借鑑近臣，隨後進入太和殿。後來殿名雖改，此用途一直未變。

保和殿是一座比較重要的宮殿。每年除夕和正月十五，皇帝都要在保和殿宴請新疆、蒙古的外藩王公和文武大臣，以示安撫。

封建王朝時期，新疆和蒙古是少數民族集中的地區，民族關係敏感，朝廷的主要危險大多來自這兩個地區。清王朝自建國初期就不斷征服和統一蒙古各部，後來更是武力與懷柔之道相結合，這也是康熙在塞外建避暑山莊的重要原因，年關宮廷賜宴也是懷柔之道的手段之一。宴會時殿內每兩人一桌，皇帝親臨，高坐龍椅，殿內舉行宴會，殿外表演節目。與現在宴會不同的是參加宴會的全部都是男性，沒有女性。公主下嫁時皇帝也在此殿宴請額附和朝廷三品以上大員。

乾隆五十四年（1789年）以後，保和殿開始作為清朝舉行殿試的考場，在這之前，殿試是在太和殿外進行的。科舉考試是皇帝選拔國家官員的一項重要制度，它起源於隋代，結束於清末，延續1300餘年。考試分文科和武科兩種，每三年進行一次。文科考試分為4級：第一級叫童試，在縣城舉行，考中者稱為秀才；第二級叫鄉試，在省城舉行，考中者稱為舉人；第三級叫會試，在京城的貢院進行，考中者稱為貢生；最高一級叫殿試，在保和殿進行，參加者稱為進士。進士又分三甲，前三名稱進士及第，即：狀元、榜眼、探花；後兩甲為進士出身和賜同進士出身。殿試后皇帝還要進行朝考、大考和考差，進一步優中選優，精中選精，遴選出翰林人才，直接提拔到皇帝身邊工作。清朝的官僚制度分為九個階梯，謂之九品。每一品有正從之別，稱為“九品十八級”。正一品為內閣大學士；正二品為六部尚書、地方都督、巡撫；三品至六品為地市級官員；七品至九品為縣級官員。九品以下稱為“未入流”。這樣我們就明白九品芝麻官的來由了。

我國最後一次殿試是光緒三十年（1905年），共取過進士150人，最後一名狀元叫劉春霖。

保和殿在清朝初年還曾做過皇帝寢宮，清朝入關後第一位皇帝順治在保和殿住過10年，第二位皇帝康熙住過8年。明朝滅亡時，故宮遭到戰火破壞，乾清宮和許多宮殿被毀。順治皇帝由瀋陽入關進駐北京城，就住在保和殿。順治八年，虛歲14歲的順治皇帝舉行大婚典禮，據有關史料推斷，順治結婚的地點及洞房就安排在保和殿。康熙即位時國家初定，邊防和經濟還十分脆弱，朝廷還拿不出錢財整修皇宮，年幼的康熙也住在保和殿內，親政後才搬到乾清宮。康熙離開保和殿前的最後兩年將他最為憂心的三件事：三藩、河務和漕運，用大字寫成條幅掛在保和殿的宮柱上，時時提醒自己。