有很多人類歷史與那些在江河湖海下面淹沒的古代城市有關。這些城市有些是因為數千年前的地震，海嘯或者其它災難而沉入水底。近來因為偶然或者技術革新而重新發現了很多。有些甚至使得科學家們對於人類文明的歷史產生了疑問。

埃及，亞歷山大：位於亞歷山大（亞歷山大大帝的城市）海濱，被認為是克利奧帕特拉女王皇家住所的廢墟。1500年前的地震被認為是使得這座城市以及器物，雕像和克利奧帕特拉宮殿的其它部分淹沒於海中的罪魁禍首。亞歷山大市甚至計劃提供這個奇觀水下之旅。

印度，坎貝灣：數年前發現的9500年曆史古城的巨大遺址。這個淹沒的遺蹟有完整的建築和人類遺蹟。更重要的是，這個發現使得這一地區的歷史提前了5000年，歷史學家們要重新評估他們對這一地區文明史的理解。這個發現被命名為Dwarka，或者叫做金色城市，名稱來源於一個古代的屬於印度教神祗奎師那Krishna的海中城市。

泰國，帕耀湖：就帕耀湖底的500年曆史的泰國神廟來說，它本身來說可能並非不尋常的。使其獨特的是因為這個湖是在大約70年前有意形成的，最近有討論過花費數十億美元來修復廟宇。然而，遺蹟已經成為魚類的棲息地，因而很多人認為這應該保持現狀。

日本，與那國島：大約二十年前的一次潛水之旅中被發現。關於日本海岸發現的神祕金字塔狀結構引發了很多爭論。這些結構似乎是在岩床上被這一地區文明史上不可能存在的工具雕刻而成的。

古巴，哈瓦那：一隊科學家繼續研究古巴附近猶加敦海峽中的巨石遺蹟。他們已經發現了海岸邊延伸數英里的廣闊的城市特點的環境。有些認為這一文明將使得所有已知的古代美洲文明提前。目前，這個神祕的水下城市僅存在於電腦模型的。

歐洲，北海：最近北海海底發現了逝去的萬年前人類狩獵聚集時的自然景觀。過去曾經是河流，湖泊和海洋的地方現在都位於海底，僅僅從數碼地圖上可以分辨出。科學家們認為這些奇妙的儲存的很好的景觀位於古代文明在歐洲傳播時的中心。

南極洲的亞特蘭蒂斯？一百多年前，伊斯坦布林的一個博物館長有了一個不尋常的發現。在檢查羊皮上的古代地圖時，他發現今天的南極洲的位置標明為一系列山脈。這個地圖是人們用來嘗試證明南極洲就是寓言中失去的亞特蘭蒂斯大陸的許多證據之一。其它證據包括近來（通過聲納技術）發現的南極洲下陸地以及古代製圖師所使用的繪圖系統提示亞特蘭蒂斯可能離地中海很遠。