很多華人認為日本人是華人的後裔，其中最廣為流傳的是秦始皇時期，煉丹術士徐福稟告秦始皇在東面的大海上有三座仙山，那裡住著長生不老的神仙，去那裡可以取得長生不老的神丹。不要說一代大帝，就是平民百姓都想著能找到益壽延年，長生不老之法。在那個煉丹盛行的時代，秦始皇自然樂見其成，所以非常重視、全力支持。

　　徐福如願帶領三千童男童女，浩浩蕩蕩渡海一路向東。於是就到了東瀛日本。但這個世界上哪有什麼長生不老之法，徐福自然是難以實現諾言，如果空手而歸那個時代就是欺君之罪，性命不保事小，還可能株連九族。為了活命，徐福不敢回國，只好帶著三千童男童女在當地安營紮寨。

　　而日本作為一個四面環海的孤獨小島，還是一個蠻荒之地，還沒有人類生存。徐福的到來類似於哥倫布發現新大陸。徐福帶領三千童男童女拓荒發展，繁衍生息，逐漸發展成日本國，徐福和他帶來的三千童男童女自然成為了日本人的始祖。還有一個說法是，現在日本美女很多就是因為徐福當時帶去的三千童男童女都是精挑細選的俊男美女，留下了非常好的遺傳基因。這些說法在民間非常流行。

　　徐福東渡的說法不僅在國內盛行，在日本也非常流行，而且日本還有徐福登陸處，幾處地方有徐福的墳墓，每年還有專門的祭祀活動，紀念徐福。當然它們紀念徐福不是把他當作祖先，二是紀念它給日本人帶去了先進的技術和文化。因為當時的日本與大秦王朝自然是不可同日而語，還處於石器時代，而徐福和他帶來的童男童女已經掌握了農耕、紡織、金屬鑄造和完善的語言文字，這些都讓當時的日本發生質的飛躍。在日本人看來這自然是如神一般的存在，徐福自然是受到極大的尊敬，被奉若神明，他的地位與秦始皇在國內的地位絲毫不差。

　　關於徐福東渡除了民間傳說，在史記和其他國內文獻也有記載，在日本的古籍中也有記載。綜合各方面的情況看，徐福東渡日本的事是真的，他沒有回來也是真的，他和他帶去的人在日本敷衍生息，現在的日本人有些是他們的後人也是真的。但說他是日本人的始祖卻不是真的，

　　有一個事實就很說明問題，大家都知道日語裡有很多漢字，但日語又完全不同於漢語，語序和發音與漢語有很大不同。如果是徐福東渡後開始繁衍後代，那日本的語言就不會是現在這種四不像的樣子。

　　而且仔細觀察可以發現，日語裡越是涉及基本生活的物品，比如人的器官名稱，它們的發音與越是與漢語風馬牛不相及。而一些高級文明的詞彙則可能發音與漢語相近。這說明日本早就有當地土著人存在，但文明程度低。這些也被史學家所證實，現代基因檢測也證明了這一點。史學研究證明日本在一萬多年前就有了人類，而徐福東渡只有幾千年時間。基因檢測也發現，日本人來源有幾個方向，有發源於當地的繩文人。也有來源於古蒙古人的基因，這和部分華人的基因來源相似，是部分日本人來源於中國的證據，也許就有徐福的功勞。

　　但日本史料記載，在徐福以前，也有華人到達日本，據研究，當時日本的四國島嶼與中國南方距離很近，而且海水很淺，所以在當時航海能力很弱的情況下也有可能中國南方人可以到達日本。其實現在日本的福岡也距離中國不遠。

　　因此在徐福到達日本時，一方面日本已經有原住民存在，所以他不可能是日本的始祖。第二點，在他之前，已經有很多華人東渡日本，現在的日本人很多是華人的後裔，但不一定全是徐福和他帶去的三千童男童女的後裔。