獵頭現象，在許多民族發展史上都有，是遠古人類在資源匱乏時的普遍現象，大多存在於原始社會末期的部落中。獵頭行為往往在血族復仇與掠奪戰爭中出現，被獵取的敵人首級，在部落裡通過一定的祭祀儀式加以頂禮膜拜，以達到風調雨順、保佑平安的目的。很多部族的戰士認為，通過獵頭及進行相應儀式，死者的力量和勇氣會被吸收進自己體內，使自己獲得更強大的力量。
對於獵頭這種歷史現象無需大驚小怪，世界上大多數民族在發展中擯棄了這種野蠻行為，只有個別民族把這種行為保留到近代。不談世界史，僅從中國歷史來看，從古代的僚人、烏滸人、滇人到近代的佤族、黎族、臺灣高山族、傈僳族等，都曾有過獵頭的習俗。
臺灣的原住民，現在稱為高山族，是由一系列族群構成的。根據臺灣當局的劃分，高山族又分14個族群：泰雅族、賽夏族、布農族、曹族（1998年11月更名為鄒族）、魯凱族、排灣族、卑南族、雅美族、阿美族、邵族、噶瑪蘭族、太魯閣族、撒奇萊雅族、賽德克族，尚未被確認的族群有：巴布薩族、巴賽族、洪雅族、凱達格蘭族、雷朗族、馬卡道族、巴布拉族、巴宰族、猴猴族、西拉雅族和道卡斯族。
清朝吃飯的臺灣原住民，可能屬平埔族群
一、三國東吳對夷州的開拓終結了臺灣島的石器時代。臺灣作為中國東南沿海第一大島，可能在很早就被大陸人民模糊認識，並被記錄下來。例如，《列子•湯問》中的“岱員”，《尚書•禹貢》中的“島夷”，《山海經•海內南經》的“凋題國”，根據內容描述，記載的當地人民習俗與今天的與高山族習俗基本形同，例如拔毛、穿耳、拔牙、黥面、紋身等。但要指出一點，臺灣原住民從來沒有建立過國家政權級的行政管理機構，所以“臺獨”不論怎麼倒推都沒有歷史依據。
考古學早就找到臺灣土著人的來源有四支：（1）距今1至3萬年前，臺灣島與大陸陸地連通，大陸華南古人通過長途跋涉走到臺灣。根據近代日本考古學家金關丈夫、鹿野忠雄在臺灣的考古發掘，大陸古人構成臺灣原住民的主體；（2）由菲律賓群島漂泊過來的矮黑人，是尼格利陀種人，這些人在300年前住在泊戈溪下游，身長二尺，農耕和狩獵，行動敏捷、箭術精湛，後被布農族人打垮，大約100年前在臺灣滅絕；（3）古流求人，身材較小，面板美麗，頭髮蓬鬆，態度文雅。《隋書•流求傳》有記載叫歡斯部落，到17世紀中葉基本上被高山族百宛人同化光了；（4）馬來人，披髮、紋身、黑齒、短鬚，以蛇為圖騰。他們來自南亞，與矮黑人融洽或融合，一部分後來又從臺灣南下菲律賓群島、加裡曼丹島、蘇拉威西諸島等，一部分從臺灣進入南太平洋成為當今諸多島中國人民的祖先，還有一些人又返回臺灣。這些人成為臺灣土著人民的次要分支。
《三國志•吳志•孫權傳》記載：“黃龍二年（230年）春正月，遣將軍衛溫、諸葛直將甲士萬人浮海求夷洲及亶洲。亶洲在海中，長老傳言秦始皇帝遣方士徐福將童男童女數千人入海，求蓬萊神山及仙藥，止此洲不還。世相承有數萬家，其上人民，時有至會稽貨布，會稽東縣人海行，亦有遭風流移至亶洲者。所在絕遠，卒不可得至，但得夷洲數千人還。黃龍三年（231年）春二月，衛溫、諸葛直皆以違詔無功，下獄誅。”這段材料，一直被許多噴子認為東吳到臺灣島是索取奴隸，這是沒有見到全部歷史資料的說法。其實，東吳經營臺灣，目的絕對不是抓幾個原住民回去交差這麼簡單。孫權的目的是為開疆擴土，開發臺灣。衛溫等人帶有磚塊等建築材料，領取的任務是要在臺灣建立城堡，擴佔土地和增加人口，增強吳國國力。但當時臺灣原住民是以分散的部落形式存在，而且當地瘴氣嚴重，“士卒疾疫死者八九”，衛溫和諸葛直實在開發不了才回到大陸，因為孫權的目的不是為帶幾個人回來就了事的，衛溫和諸葛直帶幾千“夷洲人”不能算完成任務，所以才會被下獄處死。
但是東吳探查臺灣的步伐並未結束，對臺灣島有了更深入的認識，當時的左將軍兼丹陽太守沈瑩寫了一本《臨海水土誌》（主要內容收錄在《太平御覽》780卷，臨海指臨海郡，轄今浙江台州市、溫州市、麗水市全部及閩北一部），成書時間大約在孫皓當政期間（264-280年），記載了臺灣原住民山夷與大陸百越民族同根同源的文化淵源關係；並從地理方位、氣候和地形，以及居民的生產習俗等方面，記述了臺灣島的自然環境及高山族的社會生活發展情況。這是世界上第一本記載臺灣的文獻資料。有人猜測沈瑩可能年輕時跟隨衛溫去過臺灣，也有可能自那以後大陸和臺灣之間有一定的交往，不然不會寫得這麼準確和詳細。
以上兩圖中的紅槓標註文字就是對臺灣土著“獵頭”習俗的記載。這種獵頭行為在臺灣被稱為“出草”。這本書還寫到一種情況，楚國滅亡越國時，越王勾踐的一部分後代可能就跑到臺灣了，還留下“越王射的正白”的遺蹟。
據考古發掘，臺灣純粹的石器時代，到三國時期終止。這證明從三國時期開始，臺灣物產開始進入大陸，大陸先進的技術與文化也逐漸傳播到臺灣，這應該改看作是東吳經營臺灣的重要成果，畢竟衛溫等人在臺灣待了差不多一年時間。
清朝臺灣原住民
二、康熙收復臺灣後的大陸移民面臨的危險獵頭境遇。施琅收復臺灣之初，作為陸權國家的清朝並不重視臺灣。1683年，施琅收復臺灣，九州詹士科道以“海寇底定”為由奏請給康熙加封號，康熙確說：“臺灣僅彈丸之地，得之無所加，不得無所損。”不願加封號。康熙二十三年（1684年）施琅上《陳臺灣棄留利害疏》：疏中用“北連吳會，南接粵嶠”形象闡明臺灣的“戰略樞紐”地位，疏中用“江、浙、閩、粵四省之左護”形象指出臺灣為我東南沿海的屏障作用；疏中指出臺灣具有“舟帆四達”的特殊地理優勢，是門戶和屏障；用“棄之必釀成大禍，留之城永固邊圉”的決論從國際戰爭角度，深入分析紅毛(外夷)對臺灣的“涎貪”以及“依泊”臺灣“竊窺邊場”給國家安全造成嚴重“內憂外患”的危害。由於一些有識之士的支援，又經過激烈的辯論，這才使得康熙重視臺灣，決定把臺灣納入中華版圖。
臺灣漢人用風鼓車篩選稻榖
同年，清朝正式設定臺灣府，隸福建省，下設臺灣（今臺南市南部，建省後改為安平縣，現臺南縣）、諸羅（今嘉義縣）、鳳山（今高雄市鳳山區）三縣，又設臺廈兵備道，駐臺統轄文武。但是由於清朝統治者的短視，害怕派往臺灣的官員擁兵自立，又進行了長期的海禁政策。由於閩南粵東山多地少，當地人民大量偷渡臺灣，成為開墾臺灣的重要力量，但許多人也死於清朝軍隊盤查偷渡者的路上。1986年在臺灣新竹地區發現客家人11頁的手抄本《渡臺悲歌》，其首寫道：“勸君切莫過臺灣，臺灣恰是鬼門關，千個人去無人轉（回），知生知死都是難。”其尾寫道：“叮囑叔侄並親戚，切莫信人過臺灣，每有子弟愛來者，打死連棍丟外邊。一紙書音句句實，並無一句是虛言。”為什麼說臺灣是鬼門關呢？因為臺灣除了各種艱難之外，還有原住民的“獵頭”習俗威脅著大陸移民的生命安全。臺灣知府蔣毓英在《臺灣府志》中記載過：生番“好殺人取頭而去，漆其骨，貯與家，多者稱雄。”過去在排灣族五年祭中，勇士們要用竹竿猛刺被拋在空中的頭顱，最後刺中的被視為勇士，人們就都去他家跳舞，開化後改為刺藤球。
但隨著漢族同胞日漸增多，開墾土地大量增加，清朝也逐漸放開海禁，一些臺灣土著同胞開始與大陸移民和諧相處，逐漸融合，甚至通婚。這樣的土著人民被稱為“熟番”，接受了漢族的先進文化，摒棄了包括“獵頭”之類的各種陋習，逐漸與漢族的生活文化習慣趨同。《噶瑪蘭廳志》載，這些人“始知置辦耕牛農具，漸通漢人語言，亦知愛重銀錢，烹調飲食矣。”《小琉球漫志》載，“初，熟番有名無形，既準與試，其時巡臺掌學政，就番旁加水三點，為‘潘’字，故諸童多潘姓，後則自認姓，有趙、李諸姓。”
1870-1895年臺灣種甘蔗的女工
由於清朝對高山族採取安撫政策，首任知府蔣毓英，字集公，浙江諸暨人，選拔漢族和高山族通事（翻譯），在臺灣廣泛傳播漢族生產技術，興辦學校。那些久居山中的“生番”也通過貿易逐漸放棄隔閡，“獵頭”這種行為逐漸退縮到落後山區。到後來，臺灣的大米、糖、樟腦、硫磺、茶葉、豆餅、魚膠、魚翅等不斷行銷國內外。
三、清朝腐敗的吏治導致臺灣人民起義，迫使清朝認真治理和重視臺灣的文明教化。當清朝在臺灣立穩腳跟以後，一些官場陋習也逐漸浸染臺灣官場，許多贓官開始魚肉百姓。例如，王珍，字雄樵，山西長治人。王珍於康熙五十五年（1716年）由刑部貴州司郎中升任臺灣府知府。此人極力巴結朝廷重臣隆科多，私下認拜隆科多為義父。他在臺灣橫徵暴斂，向百姓無休止攤派各種苛捐雜稅。如民眾入山砍竹，王珍以“違禁”為由，抓了二百多人，交了錢就放人，不交錢打四十板，驅逐過海，攆回原籍。像王珍這樣的貪官前“腐”後繼，惡果已成，使臺灣迎來了幾次民眾起義。
早在康熙三十五年（1696年），臺灣諸羅人吳球在假設“蘭盆會”，組織民眾反清復明，被人告發後由參將陳貴等包圍拿獲被殺。
被臺灣人民尊為“臺南城隍”的朱一貴
康熙六十年（1721年）爆發的朱一貴起義，是一次規模很大的農民起義。朱一貴原名朱祖，祖籍福建省漳州長泰縣，於康熙五十二年（1713年）移民臺灣，居鳳山羅漢內門（今高雄縣內門鄉）。朱一貴俠義好客，豪放健談。因他訓鴨有方，被稱為鴨姆大王。康熙六十年（1721年），鳳山縣知縣出缺，暫由知府王珍兼理，王珍把知縣職務交由他兒子管理，但王珍的兒子利用職權橫徵暴斂，怨聲四起。這時臺灣因地震引起海水泛漲，民間謝神唱戲，王珍以"無故拜把"為由，監禁四十餘人。王珍以"違禁"為由，抓入山砍竹的民眾。民間耕牛、糖鋪，交錢方許使用。"地方官種種騷擾，百姓受不過。"
朱一貴對清政府的壓迫剝削早懷不滿，三月十五日，他與友人黃殿、顏子京、李勇、吳外等十六人聚會拜把，決定武裝起義。四月十九日，朱一貴黃袍加身，眾人也一律改穿漢服。起義的旗幟上寫"大元帥朱"、"大明重興"、"清天奪國"等字樣，以示"復明"、"光復故國"。他的檄文有“橫渡大海，會師北伐，飲馬長江（一個版本是飲馬長城）”的口號，很快就聚集起一千多人，到四月下旬有二萬多人蔘加，最高峰時參加起義的人數達三十萬，響應者有許多是鄭成功家族當政時期的將校武官，義軍先後收復鳳山縣、臺灣府、諸羅縣，五月初又收復了府治（今臺南市）。清政府甚至認為"全臺俱陷"。清朝派閩浙總督滿保趕赴廈門，調南澳總兵藍廷珍出師討伐。水師提督施世驃（靖海侯施琅第六子）也火速奔往澎湖。六月十六日，清軍在鹿耳門（今臺南市安平區西北）登岸，打敗當地義軍。二十一日，清軍收復臺灣府。七月初六，朱一貴被部下楊旭、楊雄出賣，被清軍抓獲。十二月十八日，朱一貴和其他義軍首領被押送到北京凌遲。朱一貴義軍留下的部分成員繼續抗清，直到雍正元年（1723年）臺灣才復歸平靜。
朱一貴起義是臺灣歷史上第一次大規模武裝叛亂，起義的主因是臺灣地方的清朝官員對民眾的壓迫。康熙皇帝在"上諭"中不得不承認："臺灣地方官平日但知肥己，刻剝小民，激變人心，聚眾叛逆。"為平息民憤和整頓臺灣吏治，康熙六十年（1721）十二月中旬，清朝斬原臺廈道員樑文煊、同知王禮、臺灣知縣吳觀棫、諸羅知縣朱夔，將已故知府王珍發柩戮屍，家產入官，其他同案犯官均被判刑。這是康熙對貪官汙吏的一次嚴厲懲罰，在一定時期內對臺灣吏治產生了震懾作用。為加強對臺灣官吏的監督和及時了解海疆邊情，清朝還建立了每年自京派出滿、漢御史各一員前往臺灣巡查的制度。
清朝統者認識到臺灣的管理模式和人民群眾的矛盾已發展到十分尖銳的地步，所以朱一貴揭竿而起，一呼百應。後來藍廷珍、藍鼎元提出一系列治理和開拓臺灣的方案，採取了不少促進臺灣社會安定和發展的措施。可以說是朱一貴的起義揭開了臺灣的真正治理模式序幕。在起義之前，清朝統治者為防範漢族移民，不讓帶眷屬到臺灣，不鼓勵在臺灣建立城堡；在起義之後，清朝鼓勵大陸移民開發臺灣，增設新的行政管理單位，並從雍正九年（1731年）起，清政府按照藍鼎元等官員的建議實行大陸移民憑照攜眷入臺政策，使廣大大陸移民能夠在臺灣真正紮根。
藍廷珍，字荊璞，福建漳浦縣湖西人。康熙六十年（1721年）上書自薦，出師臺灣征戰朱一貴義軍。平臺後，奉命留臺，署理提督職務，前後三年之久。藍廷珍對臺灣的治理和開拓，提出了一系列很有遠見的建議和措施，對臺灣的歷史發展產生了深遠影響。臺灣局勢平定後，閩浙總督滿保以山地土番難治為由，把山地劃為"棄土"，下檄文劃界遷民，禁止出入。對此，藍廷珍堅決反對。他反覆上書滿保，力主積極開拓山地。他說：“人無良匪，教化則馴﹔地無美惡，經理則善。莫如添兵設防，廣聽開墾，地利盡，人力齊，鸚鳴狗吠相聞，而徹乎山中，雖有盜賊，將無捕逃之藪。何必因噎廢食，乃為全身遠害哉？”談到“劃沿山之界，禁出入”之弊端，藍廷珍呼籲不可隨便拋棄臺灣一寸土地：“國家初設郡縣，管轄不過百餘里，距今未四十年，而開墾流移之眾，延袤二千餘里，糖谷之利甲天下。過此再四、五十年，連內山山後野番不到之境，皆將為良田美宅，萬萬不可遏抑。”藍廷珍的意見和建議最後得到滿保採納，取消了劃界遷民的計劃，並上奏朝廷增設行政區，雍正元年，臺灣增設彰化縣、淡水廳和澎湖廳。藍廷珍一系列治理臺灣舉措開啟教化臺灣“生番”，使邊遠地區的高山族同胞逐漸步入文明殿堂。
藍鼎元，字玉霖，號鹿洲，福建漳浦人，藍廷珍族弟，康熙六十年（1721年）隨藍廷珍出師入臺，平臺後又在臺灣住了一年多。清政府在臺灣增設綏化縣、淡水廳，升澎湖通判為海防同知，添兵分戍，多出自藍鼎元建議。他著有《東征集》《平臺紀略》《鹿洲公案》《女學》等著作。雍正三年（1725年）到內廷校書，分修《大清一統志》，雍正十年（1732年）任廣州知府，到任一個月後病逝。藍鼎元描繪了漢族移民逐漸與高山族同胞融洽，並帶來民風進步的情景：“臺灣海外天險，較內地更不可緩，因此日之臺灣，較十年二十年以前，又更不可緩。前此臺灣僅府洽百餘里，鳳山、諸羅皆毒惡瘴地，令其邑者尚不敢至。今則南盡琅橋，比窮淡水，鸚籠以上千五百里，人民趨之若鶩矣。前此大山之麓，人莫敢近，以為野番嗜殺。今則群入深山，雜耕番地，雖殺不畏。甚至傀儡、內地、哈仔難、崇爻、卑南覓等社，亦有漢人敢至其地，與之貿易。生聚日繁，漸開漸遠，雖屢禁不能使止也。”
關於對生番獵頭等行為，《東征集》提出以下建議：“生番殺人，臺中常事。此輩雖有人形，全無人理，穿林飛箐，如鳥獸猿猴，撫之不能，剿之不忍，則亦未如之何矣。惟有於出沒要隘必經之途，遊巡設伏，大張炮火，虛示吾威，使彼畏懼而不敢出耳。”
藍鼎元對清朝的治臺政策影響極其深遠，《東征集》六卷是他為藍廷珍擬寫的公檄、書稟、條陳、告諭的輯成。直到乾隆五十二年（1787年），清高宗還下手諭："朕披閱藍鼎元所著《東征集》，其言大有可採，著常青、李侍堯購取詳閩，於辦理善後時，將該處情形細加察核。如其書內所討論各倏，有與見在《事宜》確中利弊者，不妨參酌採擇，俾經理海疆，事事悉歸盡善。"
四、漢族俠義之士吳鳳以自我犧牲精神終結了大規模的阿里山高山族獵頭行為。根據可以考證的資料，清道光年間臺灣教諭劉家謀《海音詩》及其附文（咸豐五年，1855年），倪贊元《雲林縣採訪冊》（光緒二十年，1894年）和連橫《臺灣通史》（1920年）等記載了一位可歌可泣的漢族俠義之士吳鳳。
嘉義吳鳳廟
吳鳳 ，字元輝（或元輝），福建漳州平和縣壺嗣村人。康熙三十三年（1694年）他五歲時隨父吳珠、母蔡氏渡臺，居諸羅大目根堡鹿麻莊（今嘉義縣中埔鄉）。中埔地處阿里山麓，阿里山有大小番社四十八社，每社數百人，生性凶猛，動輒殺人，漢人不敢前往。吳鳳少年時經常隨父到番杜經商，有較多機會接觸番族，漸漸懂得番語，熟悉番俗，他豪邁堅勇，番人對他有幾分敬畏。
吳鳳少年時發現每年秋天一些商人會帶一些衣衫襤褸、骨瘦如柴的東渡漢人，管一頓飯進山，然後這些人一去不回。他問父親這些人到山裡幹什麼，父親斥責說：“小孩子不懂事，不要亂問。”一次，吳鳳偷偷尾隨這些人進山，原來進山以後，商人躲起來，埋伏在周圍的番人突然放箭殺死這些漢人，割去頭顱，給商人一些報酬後離去。吳鳳憎恨這些商人，發誓長大後要去除這些陋習。後來的人也記錄了類似事件。懷特在1870年寫道：“生番認為，只要能得到一個客家人的頭殼，付出兩三天不進食來監視的代價是很值得的。”蘇格蘭牧師甘為霖於1847年發表的文章中寫道：“……第一個引起我注意的是一串頭殼，綁在酋長屋子的末端。幾乎都是開裂的，不少還有一些人肉黏附，似乎一兩個月前才從身體上割下。其他多數的屋子也都如此裝飾。在一個小草屋那裡，我數了數，共有39個頭殼，另一家有32個，第三家有21個，等等。有人告訴我，那些是他們部落間打仗勝利，還有成功襲擊高山西邊居民的戰利品……從其中一個椽木上垂懸的厚厚一團長髮，無疑的，是由被謀殺的熟番與漢人的辮子所組成。他們的頭殼正在外面漂白……”
清朝在臺灣開發中，為處理漢番矛盾，採取"撫番"政策，設通事（翻譯）與番族聯絡交往。從康熙六十一年（1722年）到乾隆三十四年（1769年），吳鳳任阿里山通事達四十八年之久。通事管理漢番貿易，徵收番人賦稅，開展番族教育，解決漢番糾爭等。吳鳳忠於職守，處事公平，力促漢族和番社的貿易往來，深受番人信賴。但是，番人歷有"粟祭"的陋俗，即新谷登場，必"出草"獵取人頭祭神。吳鳳上任第一年，力勸番人戒俗，軟硬兼施無效，最後達成協議：以牛代人，明年一定給人頭以祭神。翌年，番人來取人頭，吳鳳還是勸說加矇騙，迫使以牛祭神。這樣過了五年，番人不幹了，說："今年再不給人頭，就殺吳鳳祭神。"吳鳳眼看推延不過，就取朱一貴義軍死者遺留之首骨40餘具，以充祭事。每年一具到乾隆三十一年（1766年），這些屍骨也用完了。番社又派人索討人頭，吳鳳曉之以理，嚴辭相告，不許妄殺無辜。番人應允，連續三年未用人頭祭神。乾隆三十四年（1769年），番社發生瘟疫，死了很多人，以為因沒有人頭祭神，神靈懲罰所致。番人氣勢洶洶地來找吳鳳，聲言一定要殺人以謝神。吳鳳說：“你們是大清國的國民，凡國民必須遵守法律，清國法律不準隨便殺人！“但番人受奸商挑唆，不肯讓步。79歲的吳鳳知勢不可止，好言相慰，並告訴他們："明天一早，山中有一紅衣帽的行人，你們可取他的頭。但是有言在先，只准殺這個人，以後不準再殺人。"眾番歡呼而去。
吳鳳的親人知道他要以身獻祭，堅決不同意，要求派清兵彈壓。吳鳳終於說服他們。第二天（1768年農曆八月初十日）早上，果見山道上走來一穿紅衣戴紅帽的老者。眾番蜂起張弓射殺，取其首，愕然發現是通事吳鳳。各社番人聞知，悲痛至極，號哭之聲震撼山林。吳鳳殉職，眾番社酋長聚議，立誓戒除"粟祭"惡俗。吳鳳去世後，被尊為"阿里山神"。嘉慶年間，繼任通事楊祕根據漢番同胞之願，在今嘉義縣中埔鄉社口村立廟禱祀，稱"阿里山忠王廟"。每年於吳鳳忌日舉行祭祀。吳鳳生前供職的阿里山一帶，後取名為"吳鳳鄉"，興辦"吳鳳中學"。嘉義火車站廣場，雕塑吳鳳銅像。蔣介石為吳鳳廟題"捨生取義"匾額。吳鳳墓保護完好，後人題聯："秉浩然氣，以救世心，為生民定命，立德立功同不朽。捐百年身，樹千秋業，受萬家尸祝，其人其事永流芳。《海音詩》有：“紛紛番割總殃民，誰似吳郎澤及人。拚卻頭顱飛不返，社寮俎豆自千秋。”
臺灣島上漢人與原住民同樂的情景（英國《倫敦畫報》1890年2月號插圖）
五、沈葆楨和劉銘傳理番與高山族獵頭的尾聲。沈葆楨，原名沈振宗，字幼丹，又字翰宇，福建侯官（今福建福州）人，是清朝抵抗侵略的封疆大吏林則徐之婿。劉銘傳，字省三，自號大潛山人，安徽合肥（今肥西大潛山麓）人。
同治十年（1874年）十二月，54名琉球船員遇到颱風，登陸臺灣東南部，因溝通不良遭排灣族高士佛、牡丹兩社居民殺害。日本以此指責清朝，清政府則回答：“生番系化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。” 五月十日，日陸軍中將西鄉從道率3600多人於在臺灣琅嶠（今臺灣南部恆春半島）登陸，以龜山為基地建立都督府，修築醫院、營房、道路，並向後山南北各處番社分發日本國旗，準備久踞。清朝聞訊急調淮軍六千五百人赴臺支援，日軍登臺後染病者甚多，無力久戰，便在收取清朝的傷亡撫卹金白銀五十萬兩後退兵，雙方議和。當時清朝派來的欽差沈葆楨和劉銘傳，對局勢判斷十分清楚。他們為鞏固領土，避免列強中流傳生番之地不屬大清之說，解除了大陸漢民赴臺的海禁，已經在臺的漢人本來也有的阻止進入中部山區開墾的山禁一併解除。這些積極政策被稱為“開山撫番”，其中“開山”即指修路，今天台灣島上有兩條東岸要道，分別是北部的蘇花公路和南部的南迴公路，兩者前身均為沈葆楨所修，當年稱作北路與南路。另有一條連線南投到花蓮的中路，現在叫做八通關古道，被當作古蹟儲存下來。
南投八通關古道
日本入侵臺灣使清政府認識到自己海防空虛，必須急起補救。光緒元年（1875年）四月，清朝釋出上諭，派李鴻章督辦北洋海防事宜，沈葆楨督辦南洋海防事宜，中國近代海軍的建設從此走上軌道。外國侵略使官員們開始重視臺灣，把它稱為“七省門戶”、“南北洋關鍵”、“中國第一門戶”。沈葆楨、丁日昌一再奏請對日本侵臺應加嚴密設防，總理衙門也指出“經營臺灣實關係海防大局”。沈葆楨守住臺灣後，立即著手進一步的開發，實施了開禁、開府、開路、開礦四大措施。
1885年九月初五慈禧太后批准在臺灣建省的懿旨
光緒十一年 （1885年），清朝任命劉銘傳為首任臺灣省巡撫。劉銘傳在臺灣任職期間，修建鐵路，開煤礦，創辦電訊，改革郵政，發展航運事業，促進臺灣貿易，發展教育事業，促進了臺灣近代工商業的發展，臺灣防務也日益鞏固。他留下從基隆到新竹的一百多公里鐵路，並比大陸更早建立郵政和電報制度。清朝加劉銘傳兵部尚書銜，幫辦海軍軍務。
在打通過去不曾進入的原住民領土後，“撫番”政策即指加強原住民的漢化，設學堂教習數學和漢文，贈予衣食種子等各種優惠政策，加速民族融合，同時又強迫生番放棄出草習俗，若有反抗則嚴厲鎮壓。
臺灣原住民的“出草”惡習在清朝治理臺灣晚期已基本根除，但是在日本竊據臺灣後又被日本侵略者利用起來用於絞殺抗日愛國志士。1920年11月20日，日本人主持了一次“出草”行動。起因是這個地區泰雅族色拉冒番佳陽社族人發起抗日活動，日本人鼓動親日的霧社番巴蘭社壯丁124名，由其頭目率領，剿滅了抗日活動，獲取25顆“凶番”首級，在日本治理機構霧社分室前的操場舉行了祭祀儀式，完全按照部落習俗進行，日本人和得勝部落的人都參加，最後由日本人宣佈這是臺灣歷史上最後一次出草，今後不論日本人、本島人，還是番人，違法殺人者，徹查處死。這次儀式還留下日本人、番人和所獲首級的合影。但是，1930年，霧社地區賽德克族馬赫坡社頭目莫那•魯道發動賽德克族6個部落共1236人，其中青壯年314人，趁日人在霧社公學校舉行聯合運動會之際，發動大出草，血祭祖靈。結果共殺死了134名日本人，重傷26人，殺傷215人。事後，日軍的報復使六部落僅存514人，被關押在霧社看守所。1931年4月25日夜，和這些部落有宿仇的道澤群社潛入看守所，殺死和自殺的人216名，出草人所獲頭顱101顆，並且向日人邀功，有照存留。由於大量人進入看守所殺戮，而看守人員和日籍人員無人有毫髮傷亡，後世學者大多認為這真正的最後出草，仍是日本人暗中安排的。1973年臺灣學界注意到莫那·魯道遺骸仍在臺灣大學，時臺灣大學人類學系代主任李亦園與校長閻振興寫信給臺灣省主席謝東閔，建議應將遺骸妥慎安葬，臺灣省政府於10月24日自人類學系標本館將骨骸迎回霧社，10月27日於霧社事件四十三週年將遺骸入土。
紀念霧社事件的《賽德克·巴萊》劇照
後來，人們根據真實事件拍出電影《賽德克·巴萊》，該片籌劃長達十二年、跨國動員兩萬人拍攝。賽德克·巴萊，出自賽德克語，意為“真正的人”。
六、感言。任何民族都有過不堪回首的早年矇昧，臺灣島由於長期孤懸海外，原住民的矇昧時期較長。但是在歷史上不斷的大陸漢人東渡，終將文明的漢族文化傳播給全臺灣的原住民，使臺灣原住民最終融合進中華民族大家庭。有許多歷史先賢豐功偉績需要我們記取。
如果說有歷史遺憾，那就是封建王朝的統治制度畢竟是落後的，出於統治者的私心與失誤，漢化文明在臺灣的傳播速度還是太慢。大陸的佤族歷史上也有獵頭習俗，過去的統治者從未解決這一問題。1949年12月解放佤族地區後，中央政府著手幫助佤族人民根除獵頭等陋習，到1958年僅9年時間就徹底終止了佤族上千年的獵頭歷史，使其邁入現代文明民族之列。佤族此後改為牛頭祭，今天到佤族聖地龍摩爺山谷參觀，望著3000多具密麻麻的插在樹枝上的牛頭骨，想想其代替活生生被殺的人的頭骨的歷史背景，就會感慨新社會的文明與新時代的偉大。