採用何種模式來辦大學，對於我國高校的發展具有至關重要的作用。建國之初，由於我國所處的特殊環境，因此我們一摒歐美綜合性大學的辦學模式，而是採用專門學院的辦學方法（可概括為私立高校退出、整頓和加強綜合性大學和大力發展理工科院校）。經過一定範圍內的試點和研究後，國家於1952年在全國範圍內實施了院系調整，幾乎所有的高校都進行了拆分、整合和調整，一批新組建的高校由此登上歷史舞臺。可以說，此次院系調整基本上奠定了今後我國高校的發展新格局。
北京大學
經過此次調整，我國高校的數量由調整之前的211所下降到後來的183所；多科性綜合性大學所佔的比例由建國之初的近四分之一下降至百分之十左右，更在八十年代初下降至百分之五不到；以“八大學院”為代表的一批專門學院拔地而起，行業特色類高校從此走向我國高校的舞臺。
在此次院系調整之中，五所著名學府被拆分的最為徹底，許多學科和系所被抽調一空，實力大大下降。由於這五所高校在院系調整中支援了全國各地的高校和學科建設，因此她們被並稱為“五大母校”，即南京大學、浙江大學、武漢大學、廈門大學和中山大學五所知名學府。
“五大母校”之一的南京大學
“五大母校”被拆分的有多嚴重？
作為曾經的“國立大學”，這五所高校皆為學科齊全的綜合性大學，綜合實力一直穩居我國高校的第一方陣。譬如南京大學的前身國立中央大學，其在全國範圍內院系最全，規模最大，師資力量最為雄厚。即被譽為“民國最高學府”，綜合實力穩居亞洲第一位。而國立浙江大學在竺可楨老校長的帶領下，倡導“求是”校風，促進學術研究，匯聚了一大批科學巨匠，被譽為“東方劍橋”。
在1952年被拆分之前，南京大學擁有文、理、工、農、法、醫、師範7個學院，學科設定之全和學校規模之大為冠絕全國高校；浙江大學擁有文、理、工、農、法、醫和師範7個學院；廈門大學則擁有文法、經濟、理、工、農5個學院；武漢大學擁有文、法、理、工、農、醫6個學院；作為廣東省最高學府，中山大學則擁有文、理、法、工、農、醫和教育七個學院。
浙江大學
但在經過1952年的院系調整之後，除浙江大學被調整為多科性工業大學之外，其餘四校皆被調整為文理式綜合性大學，僅保留文理兩個學院。其中浙江大學僅保留了工學院電機、化工、土木和機械四系，併入之江大學相關工科和廈大電機系，其餘院系皆被拆出或停辦。這意味著，上述五校至少有一半的院系被分出，成為其他高校的重要組成部分，這也是上述五校被稱為“五大母校”的最主要原因。
但從另外一個角度來看，正是上述高校的被拆分，一大批專門學院拔地而起，一批學校的相關學科得到了加強。例如，南京大學就拆分出了東南大學、河海大學、江南大學、江蘇大學、南京工業大學、南京師範大學、南京農業大學、南京林業大學等一批知名學府，相關係所併入了西北工大、空軍軍醫大學、復旦大學和華東政法大學等。
由南大拆分出的東南大學
“五大母校”哪所最慘？哪所最幸運？
儘管上述五校在院系調整中都元氣大傷，不負當年的實力與影響力。但是在世紀之初的“高校合併潮”中，“五大母校”再次得到恢復綜合性大學的機遇，再次發展成為學科齊備的綜合性大學。
其中最為幸運的，當屬浙江大學。在院系調整中，除了部分院系調往省外，大部分院系得以留在浙江。如浙江大學文理學院的一部分，建立了浙江師範學院，後併入新建的杭州大學；浙江大學的農學院則分出單獨成立了浙江農學院，後更名為浙江農業大學；浙大的醫學院則與浙江省立醫學院合併，成立浙江醫學院，後更名為浙江醫科大學。
武漢大學
1998年，浙江大學與杭州大學、浙江農業大學和浙江醫科大學合併，成立了新的浙江大學。這意味著，曾經擁有文、理、工、農、法、醫和師範7個學院的浙大在歷經近半個世紀的分離後，與分離出的文、理、農、醫和師範部分合並。經過此次合併，新浙大成為我國重點高校中規模最為龐大，學科設定最為齊全的高校之一。無獨有偶，武漢大學合併了武漢水利水電大學、武漢測繪科技大學和湖北醫科大學；中山大學則與中山醫科大學合併，成立新的中山大學。
但南京大學和廈門大學在被拆分後沒有再次與其他高校合併，因此兩所高校至今尚有一些院系沒有得到恢復和發展。如廈門大學和南京大學至今沒有恢復農學院和涉農學科，其醫學院發展也不佳，與浙大、武大等高校有一定差距。
廈門大學
復旦緣何成為院系調整的最大贏家？
但並非所有的綜合性大學在院系調整中都元氣大傷，部分高校能夠取得今日的地位實際上十分得益於那次全國範圍內的院系大調整，而復旦大學正是其中的最大受益者之一。在院系調整之前，儘管復旦大學擁有文、理、法、商、農五個學院，但實力在當時很難處於第一梯隊，與當時的“國立大學”和部分頂尖的私立大學還存在一定的差距。
院系大調整中， 浙江大學、交通大學、同濟大學、大同大學、滬江大學、震旦大學、聖約翰大學、南京大學、金陵大學、安徽大學、上海學院等高校的有關學科和院系陸續與復旦大學合併。
院系調整最大贏家復旦大學
院系調整後，新的復旦大學共計由多達19所高校有關院系合併組成，是全國院系調整中組合高校最多的大學，成為最大贏家。經過此次調整，不僅大大地加強了復旦大學基礎學科的實力，也為復旦集中了江、浙、皖、滬地區的一大批優秀學術人才和學術大師（如蘇步青、陳建功、談家楨、盧鶴紱等知名教授）。復旦大學也由此成為我國人文社會和自然科學的研究重鎮，奠定了復旦大學後50年學科發展的基本格局和師資基礎。
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