故事發生在一個炎熱的夏天，似乎註定了神明和少女之間的愛意有多麼的熱烈。有一點點小名氣的15歲少女模特滿月夏芽因為家庭原因不得不跟著爸爸媽媽一起回到老家，去幫助年邁的爺爺打理鄉下的旅店。漂亮的女孩很快就在鄉下學校裡結識了新朋友，同時在開學的第一天就認識了那個一身白色光芒的長谷川航一朗。

阿航是鄉下當地的神明一族的孩子，但是阿航從小就無拘無束，自由自在，經常在當地幹出一些出格的事情來。上下學期間，阿航總是找機會去給夏芽搗亂，但是夏芽卻對這個壞壞的男孩偷偷地產生了青春期的好感。與此同時，夏芽在阿航的鼓勵下重新出發，在演藝事業上重新整頓自己。

一段時間之後，是當地的祭典之夜，一個突如其來的意外降臨在少女和神明的身上。事後夏芽對自己失望透頂，因此決定和阿航提出分手，阿航則因為自己沒能及時地保護夏芽而淪落為街頭混混。與此同時，兩人共同的好友大友勝利鼓舞著迷茫的夏芽，兩人因此越走越近……

正如劇中所說“你是擁有山川河海的神明 而我是因與神明交錯而發光的少女”像其他的青春電影一樣，溺水小刀也是一部講述青春期男孩女孩成長的故事，明明如此相愛的兩個人彼此都知道對方不可能和自己長久地在一起卻還是苦苦掙扎，痛苦地經歷著在冷水中閉上眼睛以此獲得短暫的寬慰，他們是主動溺水，但是在逐漸沉入深海的過程中，他們彼此都似乎清醒了。

不近人情的神明阿航和在人群中特殊的夏芽，同樣的獨特使得兩人交叉在一起，他們墜入愛河，他們隱隱約約，他們心照不宣。但是通常的悲劇就是喜歡把你覺得美好的東西撕碎再展現給你看。電影的後半段，男孩對於自己不能保護好女孩的自責，悔恨，對女孩愛的掙扎搖擺不定，對於曾經的誓言的不甘心，對於曾經的噩夢做出了不完美的詮釋，但還是去補救了。

對於女孩在頹廢之中依然堅強地去面對，依然堅持站出來去指正，向大家去解開自己的傷口，其實這一切的一切都是他們自己終於發現，人和人之間比起相互的去依賴對方，其實更需要的是去用最強大的肩膀去保護對方，比起不想讓對方受到傷害更需要的其實是陪伴對方變得更加強大，畢竟世事變遷，在以後的每一天裡，你我或許都不知道會發生些什麼。

電影的最後是男孩和女孩一起在海邊騎摩托的場景，“海是我的，山是我的，你也是我的”這就是阿航留給少女夏芽的一個屬於神明的誓言，或許這就是所謂真正的神明吧。沒有任何人可以成為另一個人的神明，我們每個人的存在都只是這天空和大海間互相依存的一個小小的存在而已。可我愛你。