《駭客帝國2：重灌上陣》是2003年上映的科幻動作電影，由基努·李維斯、勞倫斯·菲什伯恩、凱瑞-安·莫斯等主演，並由中國動作演員鄒兆龍飾演先知的助手塞拉夫。

影片承接上一部劇情，尼奧復活後蛻變成了救世主，但他對自己是否是救世主還是很困惑，為此他再次返回矩陣去見先知，先知道答案......

影片由尼奧的噩夢開始。在夢中，尼奧看見自己深愛的崔妮蒂從高樓墜下，並被電腦特工的子彈擊中。這僅僅是他的擔心嗎，或者是他所預見的未來？

從人類世界最後的城市錫安，傳來議會的命令，命令所有反抗軍的飛船返回錫安，商議如何對抗機器的進攻。但是，墨菲斯不顧全員返回的命令，留下一艘飛船，以備萬一先知與他們聯絡。會議被電腦特工的突襲所打斷，好在尼奧輕易地將他們打敗。墨菲斯和尼奧得以安全回到了錫安城。

尼奧大戰病毒版本史密斯

“我真的是救世主嗎？”對這個問題始終困擾著尼奧，為了尋找答案他返回矩陣，他通過了塞拉夫的測驗，終於再見到了先知，並從她那裡得到確認。先知告訴尼奧，這是一個選擇的問題，只有到達程式的源頭，才能拯救錫安，但是要先找到開鎖匠，就是制鑰師。先知還告訴尼奧制鑰師被美羅文基恩囚禁著。在先知與塞拉夫離開之後，原本已被刪除的特工史密斯再次出現，他現在有了複製自己的能力，而且他的能力也有了很大的提高，尼奧與史密斯展開了一場艱苦的大戰，無數個史密斯源源不斷地從不同的方向進攻，尼奧使出了渾身解數也未能擺脫史密斯，最後尼奧奮力一躍直飛雲霄，這才逃出了史密斯的包圍。

尋找制鑰師

像影子一樣的病毒兄弟

墨菲斯、尼奧和崔妮蒂一起找到了扣押制鑰師的梅羅文基恩那裡，但他拒絕放人。但是就在尼奧他們在離去的路上，他們被美羅文基恩的妻子帕攔住，她以尼奧一吻為交換，將他們帶到了制鑰師那裡。就在他們要帶走制鑰師時，美羅文基恩和病毒兄弟出現了。尼奧被美羅文基恩困在在了遙遠的雪山城堡，而墨菲斯和崔尼蒂帶著制鑰師駕車逃跑，在公路追逐中，病毒兄弟死死咬住墨菲斯他們不放，就在墨菲斯他們與病毒兄弟糾纏之際，電腦特工也發現了他們，也來抓捕墨菲斯他們，經過激烈的交手，墨菲斯和制鑰師搭乘的卡車與特工駕駛的發生相撞，就在他們要被火海吞沒時，尼奧及時飛到，救了墨菲斯和制鑰師。

制鑰師告訴他們，要想進入程式源頭，必須找到一扇隱藏的門，而這扇門被很嚴密的系統保護著，必須切斷27個街區電源才能破壞保護系統。於是墨菲斯、墨菲斯等人兵分三路，兩隊人馬去破壞電力裝置，墨菲斯、尼奧和制鑰師去尋找那扇隱藏的門。但在破壞電力系統的過程中出現了意外，一艘飛船被機器攻擊，進入矩陣的船員也被殺死，電力裝置沒有完全被破壞掉。可是墨菲斯幾人已經進入保安系統，他們對電力恢復並不知道。為了保護墨菲斯他們，崔妮娣決定自己獨自一人去破壞那處電力裝置。同時，墨菲斯他們在保安系統中竟然見到了前電腦特工史密斯，他現在正在瘋狂地追殺尼奧，而且他也想進入程式的源頭，去控制整個機器世界，隨即一場惡戰展開，史密斯憑藉的複製的能力，製造出無數的史密斯，對墨菲斯他們展開圍攻，亂戰中制鑰師找到了程式的後門，千鈞一髮之際尼奧帶墨菲斯衝進門內，所有史密斯拔槍射擊，很不幸制鑰師被打中了，制鑰師在他的最後時刻交給尼奧那把隱藏之門的鑰匙，尼奧進入了隱藏之門。崔妮娣那邊也成功破壞電力裝置，保證了墨菲斯他們的安全，但她自己也被特工追擊，身處危險之中。

尼奧見到了架構師

尼奧見到了程式之源-架構師。從構架師那裡得知，還有5個尼奧曾經來過，還知道了先知是直覺程式，用來研究人類心智，她被架構師比喻為矩陣之母。原來錫安城的居民都是選擇抗拒命運人，構架師認為他們會威脅到矩陣的安全，要摧毀錫安。而救世主的作用就是在這時回到程式源頭，將自己的部分程式碼注入主程式，並從矩陣中選擇出重建錫安的人，如果不這樣做，系統會出現災難性崩潰，殺死所有與矩陣連結的人，加上錫安的毀滅，人類將徹底毀滅。這時構架師告訴尼奧，崔妮娣也在矩陣中並且身處險境，他給尼奧兩個選擇，一個去拯救錫安，一個是拯救崔妮娣，同時人類也會毀滅。尼奧選擇了後。

尼奧回到了飛船，將構架師的話告訴了墨菲斯，大家都不相信，不相信錫安會被摧毀，不相信先知的預言也是機器的另一種控制方式。就在大家沉默糾結之時，機器追殺上門，用炸彈摧毀了墨菲斯的飛船，幸虧尼奧及時建議離開飛船，大家才得以倖免於難。但是對抗機器人的戰鬥就要正式展開，尼奧可以成為真正的救世主嗎？......