《水怪：黑木林》到底講述了一個怎樣的故事呢？一句話總結就是：以姐姐找弟弟這條主線牽扯出了村長暗地裡加工並走私福壽膏這條副線。沒錯，一開始，韓棟就是女主的弟弟，不過這個弟弟是女主養父母家的兒子，因為她是被收養的女兒，姐弟倆從小感情就特別親密。後來，女主總是收到來自一個小山村的神秘信件，信封裡除了一塊小石頭掛件，便再無隻字片言，於是，當記者的弟弟決定先去那個叫“上水村”的地方替姐姐打探虛實，但是從此一去不復返，身為法醫的姐姐只好親自前往那個龍潭虎穴尋找真相……

原以為韓棟會是片中的打怪男主，萬萬沒想到只在電影開頭的時候露了一個臉，然後就被水怪強行拉下線了。但是，韓棟的功勞就是，在電影的開始部分成功營造了一種步步緊逼的驚懼氛圍，以及人們對來自暗處未知危險的屏息凝神的惶恐心理，這無疑是抓住了廣大驚悚、懸疑片愛好者們的獵奇眼球，大家都迫切的想知道，那個致命的水怪到底是什麼來頭？它到底是一個什麼物種？答案就是：人，一個身患某種罕見基因變異病的人，而且這個人正是女主失散多年的親弟弟，他叫清河，姐姐原名叫清伶，他們出生在上水村。

當清伶來到上水村這個充滿水墨畫風情的小鎮時，村長熱情地接待了她，並把她帶去了當初弟弟所住的那個屋子，當清伶一踏進門口的那一刻，眼前立刻閃現出了一家四口的溫馨畫面，她由於失憶，腦海裡時常浮現出一些莫名的畫面，如幻覺一般。她並不知道，這所房子曾經正是住著他們一家四口。

安定下來後，她開始著手尋找弟弟的下落，他已經失蹤一個多月了，即便是明知凶多吉少，她還是要找到他。於是，他走進村裡，向村民們打聽關於弟弟的蛛絲馬跡，可大家卻像躲瘟疫一樣地避開她，紛紛表示她弟弟是得罪了“水猴子——水神”，才會被懲罰喪命，更有一個叫九叔公的老者說她是不祥之人，讓她趕快離開，不然會連累全村的人。就在清伶一籌莫展的時候，村上賣魚頭湯的胡老闆，在一個黑夜敲響了她的大門。

他為清伶送來了弟弟隨身攜帶的相機，是他兄弟冒著生命危險去弟弟遇害的水域找到的，清伶在昏暗的房間裡洗出了弟弟生前的最後一張照片，也就是他拍下的水怪樣子，畫面雖然有些倉促模糊，但它粗略的輪廓也足以讓人觸目驚心。而那個給她送線索的胡老闆，在往回走的那片黑樹林裡遭遇了水怪的襲擊，第二天被泡在了他裝魚頭的大水缸裡。

第二個出場的是村裡的那個啞巴女人，因為她知道得太多了，所以再也不能說話。也是在那片黑樹林裡，她趁著夜色掩蓋，慌亂地告知了清伶弟弟的下落，清伶才明白，原來一直都是這個啞巴在給自己寄信，指引著她回到這裡來。

接著，清伶在一口枯井中找到了弟弟，他被一堆乾草覆蓋著，身體早已發黑，清伶沉默地流著淚，蜷縮著身子躺在弟弟旁邊，這是他們姐弟倆此生最後的依偎。斂起傷痛的清伶，開始籌劃著找水怪替弟弟報仇。她怎麼也想不到這隻號稱“水猴子”的水怪，竟是自己失散多年的親弟弟，弟弟從小就得了一種罕見的遺傳病，長相怪異，不能以真面目示人。

最終，清伶和村裡一群志同道合的村民合力擒獲了水怪，此處也算是皆大歡喜的結局了，但同時也是故事反轉的開端。

清伶利用職務之便，讓警署查清了村長和九叔公的底細，頓時才明白事情沒有這麼簡單，幕後真兇另有其人。

村長偷偷放走了水怪，還殺害了抓水怪的所有村民，以此誣陷清伶得罪了“水神”，它才降罪報復大家的，清伶被關進了鐵籠子裡，那一刻，她忽然就想起了小時候的一切事情。原來她的家破人亡，都是拜村長所賜！黑木林裡藏著村長不可告人的秘密。當年，他抓走了弟弟清河，把他囚禁起來當作野獸一般馴養，但凡有人走近那片黑木林禁地，結局都是有去無回，清河就這樣在吃人水怪的路上越走越遠，讓所有人聞風喪膽。

故事的結尾，清伶和清河姐弟抱頭痛哭相認，清河咬死了大惡人村長，而且拯救了所有被村長虜來加工福壽膏的孩子們，最後，清河死在了機關的石門之下……

那麼問題的關鍵來了，村長當年為何要殘害清伶一家呢？據村民們說，清伶的父親叫水生，二十年前親手打死過“水怪”，並且有對付“水怪”的機關圖紙為證，因為擋了村長的財路，然後被村長以“觸怒水神”為由被滅口。那說明村長二十年前已經在非法加工福壽膏了，但那個時候已經有“水怪”作祟了嗎？那個“水怪”又是什麼來歷？影片中並未提及。還有清河，在被村長控制之前，雖然面貌醜陋，但起碼還是一個擁有正常人型的孩子，可後來居然進化成了一個外星物種，說是特效設計也不為過，它既然已經那麼厲害了，為何還要乖乖的受制於仇人村長？村長也並沒有什麼控制它的藥物或者殺手鐧啊！難道是用他的福壽膏？我是不是想多了呢？