1、外觀顏色不同：最直觀的區別就是外觀顏色不同，黑色玉米籽粒是黑色的，黃玉米籽粒是黃色的。有朋友問黑玉米是染了顏色了嗎？可以肯定的回答不是，她是玉米的一個品種。

2、食口性不同；兩種同為玉米，但口感不同，多數黑玉米品種吃起來口感細膩，有一定的彈性，並且有一種特殊的香味，而黃色玉米吃起來會更加的軟糯，並帶有一點甜味。

3、營養價值不同：黑玉米中最誘人的元素當為黑色素。另外，黑玉米的蛋白質含量比黃玉米高23倍，脂肪含量高達3倍；氨基酸、維生素、纖維素和鐵、銅、錳、鋅、硒、鉀、鈣等微量元素和礦物質含量也比黃玉米高，澱粉含量比黃玉米少，只有黃玉米的70%。另外，黑玉米富含花青素（每公斤黑玉米中含花青素就高達16克）而黃玉米富含有葉黃素和玉米黃質。花青素可預防心臟病和中風的發生，增強免疫力；玉米黃質素是一種天然的脂溶性化合物，是一種強抗氧化劑，能起到保護生物系統免受一些由於過量氧化反應所產生的潛在的有害作用 。

4、生產要求不同：黃玉米生產不要求田間隔離，可以和所有玉米相近種植，但黑玉米不同，生產黑玉米必須與普通玉米隔離種植，以免和接受普通玉米花粉，發生花粉質感反應，影響品質和著色。隔離方式一般有二種，其一是時間隔離，其二是空間隔離。