因本穴在兩腎之間，也和兩側足太陽膀胱經腎俞相平。因此有生命之門之稱，是人體生命活動的動力源泉所在。

命門穴的功能體現了腎陽的作用，對男子所藏生殖之精和女子胞宮的生育功用有重要影響，對各臟腑的生理活動，起著溫煦、激發和推動作用，對飲食消化、吸收與運化，以及水液代謝等都有促進作用。

命門火衰主要表現四肢清冷、虛損腰痛、或五更洩，男子陽萎、早洩、遺精，女子月經不調、經痛、宮寒不孕等虛寒症狀。

根據臨床實踐，命門和神闕穴組方，壯陽第一，灸命門可培補腎氣，振奮腎經，使陽氣充盛行；神闕屬任脈，為生命之根蒂，灸之可扶陽固脫。二穴相配具有溫腎壯陽，回陽固脫之效。