腸漏與腎臟功能異常
菌群異常可通過代謝和免疫兩條途徑破壞腎臟功能。
代謝途徑：有害菌大量產生尿毒素（如p-苯甲基硫酸鹽和吲哚硫酸鹽），毒素累積會進一步破壞腸道屏障，增加腸道滲透性。這些尿毒素和細菌內毒素通過迴圈進入腎臟後會引發腎炎；
免疫途徑：骨髓來源的免疫細胞進入小腸後，被異常菌群啟用並釋放炎症因子，這些炎症細胞、炎症因子和可溶性尿激酶纖溶酶原啟用劑受體（suPAR）通過迴圈進入腎臟後可引發腎臟炎症[15]。
慢性腎病（Chronic Kidney Disease，CKD）影響著全球約10%的人口，雖然具體病因難以確定，腸漏和菌群異常毫無疑問是慢性腎病及其併發症最重要的因素。大量研究顯示，慢性腎病患者的腸道菌群組成明顯不同於健康個體[15, 16]。
已經確定有5種細菌產生的尿毒素，包括吲哚硫酸鹽、p-苯甲基硫酸鹽、吲哚3-乙酸、氧化三甲胺和苯乙醯谷氨醯胺。這些尿毒素不僅破壞腎臟功能，同時會破壞其他器官，引發多種併發症[16]。
腸漏與心血管疾病
心臟是人體最重要的器官，主要功能是為血液流動提供動力，把血液執行至身體各個部分。心血管疾病（Cardiovascular Disease，CVD）是全球第一大致死性疾病，遺傳因素只能解釋不到20%的風險，環境因素在其中發揮著決定性作用，比如腸菌異常和腸漏。
傳統觀點認為低密度脂蛋白在動脈硬化和心血管疾病中有重要作用，而最近幾年的研究發現，細菌產生的代謝物如氧化三甲胺/TMAO是更為可信的風險因子。膽鹼和肉鹼等，可被一些腸道細菌代謝為三甲胺/TMA，TMA在肝臟可被進一步轉化為TMAO，迴圈全身，最後經腎臟排出。迴圈TMAO水平升高，可改變膽汁酸和膽固醇代謝及運輸，過度啟用血小板誘發動脈粥樣硬化，導致慢性腎病、心肌梗死和中風等[17]。
飲食中富含肉鹼的食物主要是紅肉。最新的一項人體研究顯示：為期四周的紅肉飲食就能顯著增加血液和尿液中的TMAO含量（2倍以上），降低TMAO的腎排出率[18]。
腸漏與高血壓
最新研究結果顯示，微生物是人血壓調控的重要一環，健康的菌群及其產物會提高心肺肝腎等器官功能，降低血壓，而腸漏/異常的菌群損害外周器官，增加炎症會升高血壓，進而引發慢性腎病和心血管疾病，這就是我們要關注的腸-腦-心腎軸[19]。
短鏈脂肪酸類可能是腸道微生物調節血壓的關鍵物質，提高飲食中膳食纖維含量是高血壓患者飲食最好選擇[19]。
上文所述的所有疾病或狀態都與腸道微生物異常和腸漏密切相關，越來越多研究者建議通過益生菌、益生元、糞便菌群移植和飲食調整等方式更好的防治這些疾病。在飲食因素對於菌群和健康的影響方面，目前已經積累了相當資料。國際主流的聲音：多吃纖維，少吃紅肉；地中海飲食有助於保護腸道屏障降低疾病風險，而西方式飲食則會破壞腸道屏障，增加各種疾病風險[20]。
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