人的腸胃中寄居著多種多樣的微生物，這些微生物被稱為腸道菌群。人一出生就繼承了從母體帶來的一些腸道菌群，周圍環境的細菌也會成為腸道菌群的一部分。每個人的腸道中都有 500～1000 個不同種類的腸道菌群，總數大約有 10 萬億。

近年來，腸道菌群成為研究的熱點，人們驚奇地發現，這些存在於腸道的微生物與睡眠、肥胖、炎症、癌症、心血管疾病、神經退行性疾病等生理病理過程息息相關，甚至連大腦也逃脫不了腸道微生物的 " 控制 "。

腸道菌群與高血壓

一般認為，高血壓與遺傳、基因、生活習慣有關，但現在有研究發現，高血壓的發生與腸道細菌密切相關，這也能解釋為什麼高血壓會呈現出家族性發病現象。人們已經知道高鹽飲食會增加高血壓風險。動物模型顯示，兩週的高鹽飲食就會令小鼠某些腸道菌群急劇減少，其中尤以乳酸桿菌屬細菌關聯性最強。乳酸桿菌屬細菌會抑制一種與炎性反應相關的細胞—— TH17 細胞。這說明，高鹽飲食是通過減少腸道乳酸桿菌屬細菌的數量來破壞機體的免疫平衡，導致高血壓患病風險提高。

腸道菌群與糖尿病

腸道菌群可以影響人體糖類及能量的吸收，而腸道菌群紊亂導致的腸道屏障功能缺失會為細菌內毒素的入侵提供 " 通道 "，誘發慢性炎症反應及胰島素抵抗—— 2 型糖尿病的標誌。1 型糖尿病是一種自身免疫疾病，同樣受到腸道菌群紊亂的影響。研究發現，將患 1 型糖尿病的人與健康的人進行對比，其腸道菌群很早就表現出了明顯的差異，最早可體現在 4 個月左右的嬰兒期。

腸道細菌與癌症

腸道細菌或對腸癌負有責任。研究發現，腸癌患者的腸道中通常擁有較高水平的特定大腸桿菌菌株。大腸桿菌可分為幾個亞型，其中一個亞型的大腸桿菌能產生一種被稱為 colibactin 的基因毒性物質，能夠損傷腸道細胞中的 DNA，而 DNA 損傷被認為具有致癌性。從另一方面看，可以利用腸道菌群來對抗腫瘤，一種潛在的療法是糞便移植，即用健康人群的腸道微生物佔據癌症患者的腸道。

腸道菌群與白血病

一種名為 TET2 的基因突變是白血病的誘因。但是，只有 50%～75% 的 TET2 突變小鼠出現白血病症狀，研究人員在它們的外周血液、腸繫膜淋巴結以及脾臟中找到了細菌存在的跡象，進一步的細菌培養證實了這些細菌包括乳酸桿菌等腸道菌群。那些在無菌環境下出生的小鼠即使存在 TET2 突變，也沒有出現白血病發作前的骨髓增生。這表明，腸道菌群在白血病發病過程中具有舉足輕重的作用。

腸道菌群與自閉症

不少研究發現，自閉症可能與腸道菌群的失衡密切相關，這也與許多自閉症病人通常伴隨便祕、腹脹、腹瀉、腸易激綜合徵等腸道症狀相吻合。中國科學家以果蠅的腸道作為研究物件，結果發現，如果缺失一類蛋白，果蠅的固有免疫會被過度啟用，產生過多的抗菌肽等 " 抗菌部隊 "，導致腸道菌群紊亂，果蠅就會出現與同類保持距離、同類發出危險訊號時反應遲緩、與同類直接接觸頻率下降等特徵，類似於人類自閉症患者的社交障礙。

義大利的一項研究則證實，自閉症患者腸道中和糞便中的菌群和健康的對照組相比，都有所不同。美國的研究人員還嘗試對自閉症患兒進行糞便細菌移植治療，有效改善了腸道健康和自閉症症狀，並且在治療結束 8 周後仍然保持良好的效果。

腸道菌群與帕金森症

現在有越來越多的證據表明，在帕金森症影響大腦產生症狀之前，就已導致患者出現腸道問題。比如，患有帕金森症的人經常會出現便祕等腸胃問題，而這種問題甚至在他們確診患上這種疾病之前許多年就開始出現。

2017 年美國的一項研究發現，帕金森症患者的腸道細菌與非帕金森症的人的腸道菌群之間存在差異。2017 年的另一項研究顯示，切除部分迷走神經的患者發生帕金森症的概率比沒有經歷這種手術的患者低。迷走神經系統控制各種無意識過程，比如心率和消化系統的運作，通常用迷走神經部分切斷術來治療胃部潰瘍。

腸道菌群與抑鬱症

腸道細菌會影響心理健康，這種觀點放在以前肯定被認為是異想天開，而現在這已成為一個重要的研究課題。基於近年來腸 - 腦軸（消化道和中樞神經系統的生物化學訊號）的研究，研究人員確認了腸道微生物與心理健康之間存在聯絡，不過，相關研究多是基於動物模型。比利時的一個研究團隊最近完成了首個針對人群的腸道菌群和心理健康之間關係的研究，認定了抑鬱症與特定腸道微生物相關。無論是否使用過抗抑鬱藥物，小桿菌屬和糞球菌屬細菌在抑鬱症患者腸道中都會呈現明顯減少的趨勢。

早在 2011 年，研究人員就提出了 " 腸型 " 的概念。即使在健康人群中，腸道微生物組成也是有明顯區別的，腸型就是根據腸道中占主導地位的優勢菌群進行劃分。其中，2 型擬桿菌型腸型此次被發現與抑鬱症有關聯，此前還發現這種腸型是最接近克羅恩病（炎症性腸病的一種）患者腸道菌群組成的一種腸型。