乙肝HBVDNA整合，土撥鼠/鴨動物模型，早期已經出現

這些證據間接地說明，HBV整合參與了HBV複製或持續的調節，只是它的發生機制還有待科研人員進一步詳細研究。比如，HBx的表達作為克服cccDNA沉默因素或乙肝表面抗原的表達，作為適應性免疫系統的可能調節因素。整合的HBVDNA表達，可能受到cccDNA不同機制調控。雖然，在整合HBVDNA情況下可能並不會發生，但HBx蛋白透過誘導Smc5/6轉錄抑制複合體的泛素化，進而控制HBV cccDNA的轉錄。

全球有多數整合的HBVDNA研究，主要都集中在其驅動的HCC潛力方向進行科研。因為HBVDNA整合到宿主細胞基因組，早期被描述是原發性肝癌組織和肝癌來源的細胞系，這說明整合HBVDNA在腫瘤發生中是具有致病作用的。現有已經報道與此有關的，如順式介導的肝癌相關基因組插入突變；整合DNA誘導染色體不穩定性；突變型HBV基因的表達，來自於持續整合形式等。

但是，HBV誘導的HCC癌變機制仍然沒有被充分了解清楚，並且其特徵不明確。HBVDNA整合多大程度上，更有助於HBV複製和持續呢？要知道，整合形式表達的HBV蛋白，可能允許cccDNA獨立的表達和病毒抗原的持續。即便只有少數整合HBVDNA表達野生型亞基因組轉錄本，在這些肝細胞克隆擴增後，依然可以形成持久的HBV抗原表達庫。

假如這些肝細胞被其他無法複製的形式感染，HBV蛋白可以透過整合形式在反式中提供，並支援乙肝病毒複製。此外，整合形式也可能透過調節HBV轉錄在逃避免疫應答方向發揮作用。在免疫的小鼠模型中，抑制HBV蛋白的表達誘導抗病毒適應性免疫應答的恢復。目前，全球已知的有，整合型乙肝表面抗原既可以表達野生型，也可以表達突變型。

整合HBVDNA可能是一種持續機制，透過維持肝臟中的乙肝表面抗原表達，而不產生乙肝e抗原，這是抗病毒免疫應答的目標。雖然HBx突變在慢性感染肝臟與腫瘤的整合型HBV中很常見，但是，功能性的HBx也可能在某些肝細胞中，透過整合型HBV表達。如果上述全球觀點成立，與cccDNA相比，整合HBVDNA形式的HBx的表達，可能是受到差異調控的。

所以，整合形式將提供HBx調控的HBV表達的差異，從而低於免疫介導細胞死亡閥值的HBV抗原表達水平被選擇。另外，轉錄沉默的cccDNA表達，可以透過整合形式表達的HBx啟動。綜合來看，整合HBVDNA可以形成一種途徑，讓HBV基因組控制HBV mRNA在不同宿主施加條件下的表達。