鍼灸治療甲狀腺的疾病包括單純性甲狀腺腫、甲狀腺功能亢進、甲狀腺結節、甲狀腺腫瘤等，其中對甲狀腺功能亢進研究最多。鍼灸對這些疾病治療的有效率在75% ～ 96%之間。

據臨床資料報道：以水突為主，配合谷、列缺治療甲狀腺疾病228例，其中單純性甲狀腺腫95例，有效率為87％；甲狀腺功能亢進74例，有效率為95.9％；甲亢性突眼症59例，有效率為92.9％。有人統計分析了近25年來鍼灸治療甲狀腺功能亢進症的臨床研究文獻，發現諸家雖施術方法不盡相同，但選穴組方有較強的規律性，選用腧穴近50個，以胃經、脾經、心包經腧穴為主，如足三裡、三陰交、內關、間使、水突等。治療方法有毫針針刺、灸法、電針刺激、耳穴刺激、穴位注射、鐳射刺激等。

灸法多取大杼、風門、肺俞、風府、大椎、身柱、風池等穴；耳針治療取神門、內分泌、皮質下為主穴；穴位注射取雙側太沖；鐳射治療（功率25mW）治療突眼性甲亢，主穴取雙側扶突，對緩解和消除眼症、其他症狀有良好的效果。有人對甲狀腺功能亢進進行鍼藥對照觀察，針刺組46例，甲硫咪唑組41例，針藥結合組33例，有效率分別為73.9％、85.4％和93.9％。血清T3和T4含量明顯下降，針刺組與針藥組甲狀腺碘攝取率明顯下降，症狀改善。1年後3組複發率分別為36.4％、88.9％和29.6％。

有研究者還觀察針刺氣戶、內關等穴對甲亢患者血清促甲狀腺素（TSH）受體抗體活性的影響。結果提示：針刺是通過消除或降低血清TBH活性，祛除其對甲狀腺細胞的病理性刺激，降低血清甲狀腺激素含量，促使甲狀腺功能恢復正常。據報道：以針刺上天柱穴為主治療內分泌性突眼症88例，結果：超聲波球后間隙的有效率為82％，恢復正常為26％；眼計測量的有效率為66％，恢復正常為21％，64％症狀消失，眼症基本控制。通過比較40例以上天柱為主和15例取眼周穴治療的結果，上天柱穴組明顯優於眼周穴組，其療效與“氣至病所”有密切關係。

有報道對34例橋本甲狀腺炎用隔附子餅灸治療，交替用膻中、中脘、關元組和大椎、腎俞、命門兩組穴位，另以32例用甲狀腺素治療作對照。經過50次艾灸，臨床症狀、體徵均有不同程度的改善，氣虛、陽虛方面的症狀改善尤為明顯。患者經灸治後T4（血總甲狀腺素）由治療前（216.22±187.91）μmol/L上升至（1132.62±424.81）μmol/L；T3（血總三碘甲狀腺原氨酸）值由治療前（0.14±0.08）μmol/L上升至（0.23+0.09）μmol/L；TSH由治療前（0.82±0.86）μmol/L下降至（0.21±0.16）μmol/L。

甲狀腺抗體結合率的測定顯示，艾灸治療後血清甲狀腺球蛋白抗體（TGA）結合率由58.99％±19.90％下降至39.94％±23.66％；甲狀腺微粒體抗體（MCA）結合率由43.01％±14.13％降至31.23％±16.40％，均有明顯變化。而西藥對照組治療後TGA和MCA結合率都沒有明顯變化。治療後半年隨訪，患者血清總T3、T4、TSH含量和血清TGA、MCA結合率均保持在灸療結束時的水平。