很多醫生想透過挖掘臨床資料庫發表SCI，但是因時間精力有限等原因未能建立自己的專科資料庫，或因一些重症患者資料過少，難以分析。不過我們身處於大資料時代，只要用心，資料的獲取並不難。目前國內外已經有很多免費對外開放的大樣本的臨床資料庫，只要透過一定的申請，就可以獲得相應的資料。今天小助理先跟大家分享的是MIMIC重症監護資料庫（https://mimic.physionet.org/）。

資料庫介紹

隨著醫療資訊化建設的高速發展，醫療領域已經積累了大量的電子健康檔案（EHR）資料，包括：來自各級醫院的醫療記錄，如生命體徵資訊、實驗室檢查、影像學檢查、基因資料；公共衛生服務機構資料；地方衛生局行政管理資料等等，其中既有大量結構化資料，也有非結構化資料。對EHR分析利用一直是醫務工作者及其他相關研究人員關注的重點，包括循證醫學、公共衛生領域、藥物研究開發、基因分析等各方面的研究。

以重症監護醫學資訊資料庫（MIMIC）為例，它是由麻省理工學院計算生理實驗室建立的大樣本、單中心危急重症監護資料庫，包含了美國波士頓BID醫學中心（Beth Israel Deaconess Medical Center）重症加強治療病房（ICU）去隱私化的醫療記錄，並免費提供給全球研究者進行學術研究；其資料型別包括患者生命體徵、實驗室檢查結果、藥物使用、護理記錄、手術操作程式碼、疾病診斷程式碼等。

最新版本MIMIC-於2015年年底釋出，包含了49 785例患者的入院記錄，以及從2001至2012年53 423例次年齡≥16歲的ICU患者記錄。相比MIMIC-資料庫，MIMIC-資料庫增加了2.8萬條記錄，而且在資料清洗校對方面做了更多工作，使其結構更加簡單，資料可靠度更高。

機器學習、大資料技術在醫學上成功應用的案例，使越來越多的研究者和臨床醫生對利用醫療資料資源進行研究產生了極大的興趣。目前國內外基於醫療資料庫開展臨床科學研究的思路通常是進行回顧性研究，首先由臨床醫生根據工作中需解決的重點難點問題提出需求，再與工程師組成跨學科團隊，基於EHR共同解決問題。在該種模式中的重點環節之一就在於由臨床醫生提出合理化的科學問題，工程師圍繞該核心問題進行資料提取、建模和分析。

然而對於從事一線臨床工作的醫生和學者來說，由於缺乏SQL程式設計和EHR資料庫架構的相關知識，對MIMIC-等大型資料庫疾病譜認知的缺失，其提出問題的模式還基於自身所在醫療機構疾病譜特點，導致所提出的臨床問題得不到資料支撐。

因此，讓臨床醫生或研究者先期瞭解資料庫中的資料內容是促進其與工程師交流合作，高效利用EHR進行二次分析的重要手段。

MIMIC-III重症監護資料庫概述

MIMIC之所以備受推崇，在於它：

1.免費，是同類中唯一可自由訪問的重症監護資料庫;

2.資料集跨越十多年，包括多樣化和大量的ICU患者

3.包括人口學資料，實驗室結果，治療方案等資料。

4.一旦資料使用協議被接受，分析就不受限制。

因此，在沒有自己獨立的資料庫之前，大家不妨先用公眾資料庫練練手。

官網列出的部分使用該資料庫發表的SCI

如何獲取資料庫

MIMIC-III內是以逗號分隔值（CSV）檔案的集合，一般使用PostreSQL，MySQL和MonetDB等將資料匯入資料庫系統。由於資料庫包含有關患者臨床護理的詳細資訊，因此必須謹慎對待並予以尊重。

研究人員想要獲取資料庫系統，必須透過MIMIC網站上記錄的流程正式請求訪問。

1.完成相關課程。在授予訪問許可權之前，必須完成CITI“僅資料或樣本研究”課程。首先在CITI計劃網站上註冊，選擇“麻省理工學院附屬機構”作為組織從屬關係（https：//www.citiprogram.org/index.cfm？pageID = 154 &icat = 0＆ac = 0），新增麻省理工學院附屬課程，在人類受試者培訓類別中，選擇“僅資料或樣本研究”課程

2.請求訪問MIMIC-III。在PhysioNet上建立一個帳戶（https：//physionet.org/pnw/login)後，按照PhysioNet上的說明申請訪問MIMIC-III專案，並提供您的CITI完成報告

（https：//physionet.org/works/MIMICIIIClinicalDatabase/access.shtml)

3.完成申請後，批准至少需要一週時間。一旦申請獲得批准，你將收到電子郵件通知，其中包含從PhysioNetWorks下載資料庫的說明。

4.接著就可以訪問PhysioNet上的“MIMIC-III臨床資料庫”專案頁面(https：//physionet.org/works/MIMICIIIClinicalDatabase/)下載資料進行分析。

下載安裝

本地資料庫安裝的大致步驟是：

1.從physionet進入個人帳號，進入MIMIC III資料庫，下載所有的資料包(約40G)，然後解壓縮為本地計算機上某處的.csv檔案

2.下載並安裝postgresSQL。

3.下載建庫的指令碼(script)。

不過要提醒大家的是，MIMIC-III的資料檔案內容非常大，約有40G的檔案，在下載前，建議大家預留好相應的空間。更具體的安裝過程可以參閱官網上給出的參考：

安裝MIMIC（windows）：

https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-windows/；

安裝MIMIC（Mac或Unix）：

https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-ubuntu/。

“它山之石可以攻玉”，最後當然就是按照自己感興趣的點，對資料庫進行挖掘和討論，得出研究結論。不過要強調的是，MIMIC雖然是一個免費公開的資料庫，但其中涉及到很多醫護人員的心血，如果引用了其中的資料，記得加上相應的引用，以感謝他們的付出。