春秋戰國時期，由於長期的兼併戰爭，社會的急劇變化，政治、經濟、文化都有了顯著的發展。“諸子蜂起，百家爭鳴"，學術思想空前活躍，對後世影響巨大的幾大學術流派相繼誕生。與中醫理論密切相關的幾種哲學思想如元氣論自然觀、陰陽五行學說等在戰國末年已具雛形，這些為醫家總結醫療經驗，形成理性認識，構建醫學體系，提供了思想武器和方法。當時，古人認為世界上一切有形的東西，包括人與天地自然，都來源於無形之氣，又都受到陰陽、五行學說的 支配。因此人與天地之間，必然會存在某些相應、相通的關係。《管子·五行》提出“人與天調，然後天地之美生"，這就是天人相應的思想。這一認識，說明了人體的健康或疾病與自然環境密切相關，人與天地自然相應的思想，不僅揭示了某種學術思想上的內在聯絡，而且至今對於我們預防和治療疾病仍具有積極的指導意義。春秋戰國時期一些醫學理論的雛形，如病因學的“六氣說'也相繼出現，由感性認識走向理性認識，這就是醫學理論的萌芽。

西漢以前，我國曾出現過一大批醫藥學專著，漢武帝時侍醫李柱國就曾專門校勘過醫書。據《漢書·藝文志》記載，當時尚存的醫學文獻數目很可觀，“凡方技三十六家，八百六十八卷"， 分為醫經和醫方兩大類。20世紀70．80年代，在長沙市東郊的馬王堆漢墓及湖北江陵張家山考古發掘中，出土了大量醫書及簡帛醫書，如《陰陽十一脈灸經》甲乙本、《足臂十一脈灸經》、《脈法》、《五十二病方》、《導引圖》、《養生方》、《胎產方》、《雜療方》等，除帛醫書還有竹木簡醫書。這些古醫書都是後世已經失傳了的醫書，連《漢書·藝文志》也未能收錄

。

過去認為《黃帝內經》是我國現存最早的醫書，自從馬王堆和張家山的簡醫書出土以後，這個結論就難以成立了。和以上簡帛醫書和《黃帝內經》相比，不說全部，至少有一部分醫書的成書年代比《內經》更早。如果說《內經》成書於戰國至秦漢時期，那麼這部分醫書可能成書於戰國以前，甚至可以上溯到春秋時期。《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》全面地論述了人體11條經脈的循行走向和所主治的疾病，這也是我國最早的專論經絡學說的文獻。《五十二病方》真實地反映了西漢以前的醫學水平。帛畫《導引圖》是我國最早的醫療體操圖。馬王堆漢墓出土的《十問》、《合陰陽》、《雜禁方》、《天下至道談》等四部竹木簡醫書所提倡的養生原則與《黃帝內經》、《呂氏春秋》所論基本一致，至今仍對老年保健、性保健、養生學、優生學等有著重要的影響。

秦始皇統一中國後，文化一統成了當時的基本趨勢。醫學家也在這一大趨勢中，求同存異，構建了統一的中醫學理論體系，其主要標誌是秦漢時期成書的幾部奠基性的醫學典籍。此時期相繼問世的《黃帝內經》、《難經》、《傷寒雜病論》和《神農本草經》四大醫學典籍可作為中醫學理論體系初步形成的標誌。其中《黃帝內經》確立了中醫學理論體系；《難經》在《黃帝內經》的基礎上有所補充和發展；《傷寒雜病論》奠定了中醫學辨證論治理論體系的基礎；《神農本草經》奠定了中藥學理論體系的基礎 。

《黃帝內經》，簡稱《內經》，是我國現存較早的一部古醫籍，大約成書於戰國至秦漢時期。《內經》以問答體的形式，託名黃帝與大臣岐伯、雷公等人的對話以討論醫學問題。該書並非一人之作，而是將此前眾多先賢、醫家的論述幾經修纂而成。《內經》包括《素問》和《靈樞》兩部分，原著9卷，每卷9篇，各為81篇，合計162篇。《內經》的內容十分豐富，它對人與自然的關係人的生理、病理、疾病的診斷治療及預防等方面進行了全面系統的闡述。內容涉及陰陽五行、五運六氣、天人關係形神關係、攝生、藏象、經絡、病因、病機、診法、辨證、治則、針灸、湯液以及行醫規範和醫德要求等。《內經》不僅是我國早期的一部醫學總集，代表了當時我國醫學理論的最高成就，同時還吸收了秦漢以前有關天文學、歷算學、生物學、地理學、人文學、心理學、邏輯學及古代哲學等多種學科的主要思想和觀點，兩書都運用了陰陽五行學說，闡明因時、因地、因人制宜等辨證論治的原則，體現了人體與外界環境統一的整體觀念。它總結了秦漢以前的醫學成就，奠定了中醫藥學的理論基礎。千百年來，它始終有效地指導著我國傳統醫學的臨床實踐，為國內歷代醫家所重視，而且對世界醫學的發展亦有重要的影響。