自閉症的成因非常多，食物不耐受，是其中之一，並且這一因素導致的自閉症，不在少數。
食物不耐受可導致自閉症1905年，FrancesHare發現了食物不耐受，現在，普遍認為它是一種複雜的變態反應性疾病，人的免疫系統把進入人體的一種或多種食物當成有害物質，從而針對這些食物產生過度的保護性免疫反應，產生食物特異性IgG抗體。
自閉症和發育遲緩兒童多有食物不耐受現象。李素水等[1]認為ASD與食物不耐受有關，郭德華[2]分析了食物不耐受與兒童孤獨症相關症狀的關係，結果顯示所有孤獨症患兒有1-25種不等的食物過敏原特異性IgG升高，發生率為100%。
谷蛋白(gluten)和酪蛋白(casein)在體內的代謝過程中會引起ASD兒童大腦異常[3]。無麩質/無酪蛋白飲食(gluten-free/casein-free diet，GF/CF)可改善ASD症狀[4-6]，有效率可達51%[7]。
注：繼續閱讀，請見文末圖片。
食物不耐受的表現（1）腸道問題
在由食物不耐受導致自閉症兒童中，最常見的是胃腸道問題，如慢性便秘、腹脹、腹痛、腹瀉，其他也包括胃食管反流、雙糖酶缺乏、胃腸道炎症以及腸道菌群異常。
（2）行為問題
還會有其他行為改變和/或問題行為，如Horvath（2002）調查顯示，有52%存在難，有43%的反流性食管炎自閉症兒童更經常表現為不可解釋的易激惹性，相比無反流性食管炎的兒童高13%。
（3）面板問題
主要表現為面板粗糙、溼疹、麻疹、常起小疙瘩、痤瘡等。
（4）除了上面提到的三類問題外，還有一些不太常見，詳見下表。
食物不耐受對自閉症的作用機制在眾多的不耐受食物中，對自閉症影響最大的是小麥中的麥谷蛋白和牛奶中的酪蛋白。
目前被多數學者認可的是德國科學家Forker博士的理論：食物在進入消化道後，應當被消化成氨基酸、甘油和單糖水平，這樣才能完全轉化為能量以供人體所需，但事實上很多食物，因為缺乏相應的酶而無法被人體完全消化，以多肽或其它分子的形式進入腸道，作為外來物質識別而導致了免疫反應的發生，產生食物特異性的IgG抗體。IgG抗體與食物分子結合形成免疫複合物，大量的免疫複合物因不能正常排出而滯留在組織中，使免疫系統超負荷，進而致使人體各系統出現一系列症狀和疾病[8-10]。
根據阿片樣物質過量理論(opioid-excess theory)，麥谷蛋白和酪蛋白在體內會被分解成谷啡肽和β酪啡肽兩種具有神經毒性的阿片樣物質-外啡肽(exorphins)，透過“腸漏”狀態的腸道後進入大腦，干擾大腦的正常工作，引起行為和大腦發育異常[11]。