剛接觸艾灸的朋友時常會為艾煙煩惱，艾煙的大小與艾的品質和燃燒的艾絨量有關，但無論是古人的直接灸，還是現今的溫和灸，只要用的是正兒八經的艾絨、艾條，燃燒時都會有艾煙產生。有灸友坦言：如果沒有艾煙，那傳統艾灸肯定會更容易被大家接受。

據《麥粒灸傳薪集》記載：“將艾熱與艾煙分離開，單獨測試療效，結論是：熱與煙均為艾灸中的有效因素，灸法仍以熱與煙結合的效應最佳，其次是有熱無煙，再次是有煙無熱。”這說明艾煙的存在是有積極意義的。艾煙在古代也常被應用，葛洪在《肘後備急方》中提到：“斷瘟疫病令不相染，密以艾灸病人床四角，各一壯，佳也。”這是利用了艾煙抗菌抗病毒的作用。我們現在常用的艾灸坐薰也是利用的這一點。 日本學者大西基代和西谷鬱子通過研究發現，艾煙中含有抗氧化物質，這些物質附著在穴位處的面板上，通過灸熱滲透到體內可以清除體內自由基，施灸區域性面板中過氧化脂顯著減少。這個研究解釋了為什麼灸法仍以熱與煙結合的效應最佳的結論。 （楔子：1989年諾貝爾醫學獎得主Bishop及Varmus博士發現，在正常細胞的DNA中，就含有致癌基因，只要碰到致癌物質，就有可能發展成癌細胞。引發致癌基因的罪魁禍首不是別人，正是自由基。自由基會造成細胞突變，突變的細胞發生不正常的增生現象，增生的細胞就稱為癌細胞。） 艾煙對健康有積極作用，但也存在有害的作用。現在科學表明：艾煙及揮發油中含有的一些成分，如α-側柏酮(又名守菇酮)對神經系統有副作用，大量吸入會引起癲癇樣驚厥。艾燃燒過程中產生焦油、苯甲醛、苯酚、2，4-二甲基苯酚和綠花白千層醇等芳香烴物質，這些物質也會對人體產生不利的影響。 作為現代人，我們應該以科學的眼光理性的看待問題，不應該盲目迷信，盲目崇拜。即使是艾製品的生產或者銷售人員，也不能為了利益大肆鼓吹艾煙的益處，忽略艾煙的害處。曾經看到有人這樣說：“艾煙完全無害，多吸些有助清肺。”出現這樣的說法只有兩種可能，要麼是被別人忽悠了，要麼是準備忽悠別人。