多囊腎的起病原因多由先天不足，腎氣虧虛，脈絡失和，氣血瘀滯，水蓄於腎所致。

1.先天不足，或脾腎不足，或肝腎虧虛，脈絡失和，氣血瘀滯，進一步導致病情的加重和疾病的發展。蓋腎主水液，脾主運化，肝主疏洩，人體氣血執行與水液的調節輸布和三髒功能的正常發揮有著密切的聯絡。

肝、脾、腎三髒功能的失調，勢必影響到人體氣血的執行、水液代謝的排洩、三焦氣化的失司，使氣、血、水相互搏結，蓄積於腎，遂成此病。

2.《內經》中有寒邪外侵及內傷鬱怒，以致“血氣稽留”、“津液澀滲”，著而不去，漸結成積的認識。歷代醫家宗《內經》之說而有所發展，如《中藏經》認為積聚癥瘕是由於“五臟六腑真氣失而邪氣並”所致。

《諸病源候論》認為：“積聚者，由陰陽不和臟腑虛弱，受於風邪搏於臟腑之所為也。”《景嶽全書》說：“積聚之病，凡飲食、血氣風寒之屬皆能致之。”大凡積聚之病皆由外感內傷導致臟腑虧虛，氣血凝滯而成。

外感內傷、情志抑鬱、飲食不節等又可影響臟腑功能，阻礙氣血的執行和水液的代謝排洩，而致病變發展，終成頑疾。

因此，本病屬本虛標實之證，病位在腎，又與肝、脾、膀胱、三焦氣化失常密切相關。人稟天地之氣而生，先天陰陽造化之偏異是致病的根本原因。