目前感染幽門螺桿菌的人群（佔總人群的50%），大都患有慢性 “淺表性胃炎”，在大多數情況下，是無症狀的。約10%的幽門螺桿菌引起的慢性活動性胃炎會發展為嚴重的慢性萎縮性胃炎。因此被視為胃癌發生的Ⅰ類致癌物。在胃內它定植於胃黏膜表面。當幽門螺桿菌與上皮細胞接觸時，會引發炎症反應，並增加細胞因子和趨化因子的產生。這些生化介質會吸引炎症細胞進入黏膜。在多數情況下，免疫反應無法消除感染源，除非透過治療將細菌根除，否則感染可能會持續數十年。長期的炎症可能導致上皮細胞損傷，隨著時間的推移，腺體減少或丟失，這些腺體可能被襯有腸型上皮的腺體所取代（腸上皮化生）。胃粘膜的持續損傷可形成胃黏膜的不典型增生和惡性轉化。大約5%的嚴重萎縮性胃炎患者會進展為腸型胃癌。腸型胃癌發生程序為:

慢性活動性胃炎→

多灶性萎縮性胃炎無腸上皮化生→

腸上皮化生→

不典型增生

後三個階段被認為是胃癌的癌前病變，胃癌發生的風險隨著癌前病變的嚴重程度而增加。

慢性萎縮性胃炎顯微鏡下形態學（蘇木素-伊紅染色）

【描述：胃黏膜變薄，腺體數目減少，體積變小，並有囊性擴張；腺體之間有較多炎細胞，主要為淋巴細胞浸潤；胃黏膜腸上皮化生——見胃黏膜腺體中出現大量杯狀細胞（↑）。】

根除幽門螺桿菌能有效地防止胃癌發生。在早期胃癌患者中根除幽門螺桿菌可降低隨後發生胃癌的風險，並降低了與疾病相關病變的嚴重程度。但不要誤以為根除了幽門螺桿菌就萬事大吉了，多項研究表明即使根除了幽門螺桿菌後，慢性萎縮性胃炎伴腸上皮化生的患者也有發生胃癌的風險。因此對幽門螺桿菌感染引起的內窺鏡下所見嚴重萎縮性或組織學表現為腸上皮化生的胃炎患者，即使在根除了幽門螺桿菌後，也必須定期進行內窺鏡監測，以便早期治療。