《黃帝八十一難經》全書共八十一難，同《內經》一樣採用一問一答的方式，探討和論述了中醫的一些理論問題，自一難至二十二難，對脈診作了系統地發揮。書中首創“獨取寸口”及“寸關尺與浮中沉”三部九候的切脈方法，脈證相參的辨證觀，以天人相應的內外統一整體觀，論述疾病與季節關係、脈象的四時變化、針刺因時制宜。這些內容對後世醫學理論的發展有深遠的影響，為中醫脈學的發展做出了傑出貢獻。

《內經》的診脈法，是全身診脈法，分頭、上肢、下肢三部，每部又有天、地、人三候。而《難經》的診脈法是“獨取寸口”，其謂“寸口者，脈之大會，手太陰之動脈也。寸口者，五臟六腑之所終始；故取法於寸口也。”《難經》對“三部九候”說法與《內經》不同，認為：“三部者，寸、關、尺也；九候者，浮、中、沉也。”並提出關前屬陽，關後屬陰。其謂：“從關至尺，是尺內，陰之所治也；從關至魚際，是寸口內，陽之所治也。”

《難經》對切脈指力的輕重也作了詳細說明，其曰：“初持脈時，如三菽之重，與皮毛相得者，肺部也。如六菽之重，與血脈相得者，心部也。如九菽之重，與肌肉相得者，脾部也。如十二菽之重，與筋平者，肝部也。按之至骨，舉指來疾者，腎部也。”這種以菽法權輕重，以候浮中沉各部之脈，對後世臨床診脈有極大的指導意義。

此外，《難經》還提出“呼吸定息分陰陽”的說法。認為“撥出心與肺，吸入腎與肝，呼吸之間，脾受谷氣也，其脈在中。”說明撥出為陽，吸入為陰；心肺為陽，肝腎為陰；一呼再動，心肺所主；一吸再動，肝腎所主；呼吸定息，閏以太息，為肺所主。後世醫家把《難經》此說引申為“肺主出氣，腎主納氣”的理論，對治療肺腎虛損疾病提出了理論根據。

《難經》在臟腑方面突出了腎的重要性，建立了“腎（命門）-元氣-三焦”為軸心的整體生命觀。其首次創立的命門學說，《難經·三十六難》說：“腎兩者，非皆腎也，其左者為腎，右者為命門。”將命門描述為有形的，成為中醫理論體系的重要組成部分，時至今日，仍為診脈的重要參考。

總之，《難經》以發揮經脈為主，在經脈中以發揮脈學最有成就。其中“獨取寸口”的診脈法，一直沿用至今，成為中醫傳統的診脈方法之一。故司馬遷雲：“至今天下言脈者，由扁鵲也。”