新伊大都督府成立後，新疆形成了二個對立的政府，儘管當時全國22個省，已有18個省獨立，脫離了清政府，但袁大化仍不肯接受共和。伊犁的長庚、揚纘緒表示:若能贊同革命，宣佈共和就可以由他來擔任新疆都督。袁大化只回復了一句:戰場上見。於是1912年1月25日由陸軍協統王佩蘭率領的省政府軍和李輔黃帶領的東進支隊在五臺、精河一線開戰了。戰鬥打的非常激烈，打到烏蘇一帶形成了兩軍對峙。就在雙方打的不可開交的時候，大清皇帝退位了，袁世凱就任了中華民國大總統，改朝換代了。袁大總統任命袁大化改巡撫為都督並電令其停戰，平定新疆局勢。袁大化鬱悶了好幾天才緩過來，這時隔壁的甘肅也加盟了共和，無奈之下，袁大化向伊犁提出停戰，在塔城談判。

在兩軍交戰，迪化城防空虛的時候，時任鎮迪道尹兼提法使(主管迪化地區治安、司法官員）的揚增新提出，應招募新兵，組建警備隊，加強迪化地區的防禦，得到了袁大化的許可。於是揚增新麻溜的招募了600多人，組建了“回民支隊”，自任統領。前線戰事吃緊時，袁大化讓揚增新帶回隊前往助戰，揚增新以維護鎮迪道各屬區的社會治安為由，嚴守司法幹部的職業道德，始終按兵不動。當時的揚增新並非要挾持袁大化，而是多年的職場經驗告訴他，搶杆子裡面出政權。

袁大化雖然提出了談判，但伊犁革命黨人認為，袁大化絞殺革命，仇視共和，特別是對新生的伊犁共和政府大打出手，此時已完全不適合再任新疆都督，於是派人聯絡了哥老會。哥老會是清末年間隨左宗棠入疆的湘軍退役士兵組建的民間幫會，由於沒有民族、宗教限制，新疆的哥老會有很多少數民族，他們專門刺殺欺負老百姓的貪官汙吏，抱團取暖，辛亥革命期間已形成了相當的規模。從4月13日起，哥老會展開了一系列的暗殺行動，團滅了阿克蘇道尹陳正源、焉耆知府張銳、委員馬鴻賓、庫車知州毛英畏、輪臺知事李華嵩、巴楚縣張開運、北疆鎮西縣的張在仁等。袁大化自知新疆是呆不下去了，便決定辭官東歸，遂電薦喀什道尹袁鴻祐按替都督一職，而就在袁鴻祐接到都督任職準備出發的時候，被哥老會首領邊永福等人斬殺在家中榻上。袁大化驚恐萬分，再不走恐怕老命難保，當時的迪化更是風聲鶴唳，新疆布政使陳際唐，提學使杜彤，提法使宋敬熙等省高階官員紛紛逃離東歸，此時揚增新便成了新疆都督的最佳人選。1912年6月7日，從草根做到皖系大佬，想在新疆修電路的袁大化，懷著悲憤的心情離開了迪化，即日袁世凱任命的新疆都督揚增新繼位並繼續負責與伊犁的談判工作。在新疆一片混亂，內外交困的局勢下，揚增新臨危受命，接任了新疆都督，開始了他十七年在新疆"坐莊"的政治生涯，此情此景，揚增新吟詩一首：“丈夫恥為一身謀，飢溺難忘禹稷憂；力換狂瀾三萬裡，莫教海水向西流”。雖然是後來寫的詩，但卻是他當時真實的心境。