皇權與相權，作為封建王朝中的兩大頂級勢力，鬥爭一直就沒斷過。雖然在封建社會，皇帝是老大，就連丞相的權力也是皇帝賦予的，但相權確實就這麼跟皇權鬥了兩千年。相權除了單指丞相本身的權力之外，在一定時間還包括了整個官僚集團的權力。因為在早期，士族的權力是大於皇帝的，一旦士族不樂意了，皇帝基本上就成傀儡了。因為在一定時期裡，只有士族子弟才有條件去讀書，當官的都是士族。歷史中有很多這樣的例子，皇帝受制於各自權力導致有些政策無法實施。
在皇權與相權的鬥爭中，極端情況是，要麼丞相篡位了，要麼就是皇帝把丞相革職了，或者滿門抄斬了。在大多數時間裡，皇權是大於相權的。而為了制約相權，皇帝也透過各種改革，不斷削弱丞相的權力。
在西漢前期，丞相的權力可不是一般的大。比如丞相上朝時，皇帝要起身相迎，退朝時，皇帝還要起身相送。在當時，天下的政務都是丞相處理，丞相自己有權力決定。丞相還能建立自己的機構，徵召幕僚，定期召集九卿開會。到最後，把事情彙總，跟皇帝彙報一下。皇帝想任命一個地方官，丞相還得回府召集人開個會決定一下。還有一點，就是這套流程讓皇帝覺得效率太慢。
到了漢武帝時期，漢武帝想打仗，但上面那一套流程漢武帝覺得容易耽誤戰機。就繞過丞相，開始起用在自己身邊的人，這就是尚書。
西漢的尚書是品級很低的官員，一般都是資歷很淺的年輕人。漢武帝命令這些人去宣佈聖旨，監督政令的貫徹落實，慢慢地讓他們幫忙出謀劃策，又讓其他官員把重要的事情直接告訴尚書，再由尚書轉告。漢武帝覺得這麼做很好，能夠迅速貫徹自己的意志，很順暢。
在新架構下面，以宰相為首的原有政權集團，只執行皇帝不關心的事，或者是雞毛蒜皮的事，比如某個地方今年下雨晚了一個月、某個地方的道路如何規劃，還是交給三公九卿來處理。軍政大事，皇帝和尚書們湊在一起處理。為此，漢朝多了一個新機構，叫作"尚書省"。尚書省的領頭叫"尚書令"，尚書省的副職是"尚書僕射"，一般分左僕射、右僕射。尚書省協助皇帝中樞決策，皇帝透過尚書令下發政令，透過尚書令上傳下達。尚書令就變成了實際上的宰相。到了漢末魏晉，三公也好，宰相也好，如果不兼任尚書令，那他的這個宰相就是"假相"。
尚書在一開始是低階官員，相當於一些年輕人找工作，三公九卿那些衙門都滿了，沒有職位了，暫時在宮中幫皇帝收發檔案。結果後來大家放著宰相不當，爭著去當尚書令或者尚書僕射。丞相、太尉、御史大夫或者大將軍，紛紛兼任尚書令。實權雖然有了，但又覺得掉價，嫌棄兼職的品級太低。後來就在尚書令上面加了一個職位，叫作"錄尚書事"，就是負責記錄所有尚書乾的事。錄尚書事是一個差事，並不是嚴格意義上的官職。它後來居上，取代了尚書令，變成了"真相"。
後來，漢武帝的接班人又覺得。尚書省還是不好，相權的束縛依然存在。皇帶就想，能不能繞過尚書省去行使權力呢？於是，皇室帶又開始利用“身邊人”，這回輪到“中書”了。中書是皇帝身邊處理文書檔案的低階官員。皇帝對尚書不放心了，就讓尚書單純負責執行，讓你幹什麼就幹什麼。中書開始參與決策。中書一開始也是小官，後來擴充為“中書省”，中書省的最高長官是“中書令”。
後來，皇帝對中書也不放心了。中書雖然在禁中，但他們是正常男人，所以就出現了個別中書跟后妃私通的醜聞，後來皇帝把中書機構也遷出了禁中。尚書、中書都不在身邊，皇帝就依靠親近宦官處理政務，"門下省"橫空出世。門下省，意思是在大門外面隨時聽候召喚，門下官員一開始多為宦官。門下省的官職，比如黃門侍郎、散騎常侍，都是一些侍衛官、顧問官、皇帝的隨扈，門下省的長官叫作"侍中"。皇帝倚重門下省，結果就變成了尚書令、中書令和侍中三駕馬車，並駕齊驅。他們三人變成了"真相"，原來的丞相、御史大夫、太尉變成了新的"三公"。
但這麼用新機構牽制舊機構，只會造成惡性迴圈。於是，到了隋唐時期，中樞決策機構進行了一次根本性的改組，那就是確立了三省六部制。
三省六部制起於隋朝，定型於唐朝。在隋朝，因為隋文帝楊堅的父親叫楊忠，中書省要避諱，就改名叫"內侍省"。門下省、內侍省、尚書省並列隋朝三省，其中尚書省下面有六個部∶ 吏、禮、兵、刑、民、工。三省中，內侍省負責決策，門下省負責審查，尚書省負責執行。隋朝停止了原來樹立新相權來約束舊相權的做法，在內部進行了分權制衡。任何一個人都不可能像先前那樣對皇帝構成那麼大的威脅，因為他只掌握權力的某個環節。所以，隋唐的做法比兩漢魏晉南北朝的做法要高明得多，終止了機構的繼續膨脹。
皇帝還是不放心∶萬一三省長官聯合起來反對我，怎麼辦？於是，唐朝皇帝開始搞小動作，把三省當中實權最大的尚書令取消了。李世民登基後永久取消了尚書令。為什麼取消呢?因為李世民登基之前擔任過尚書令，大臣們為了避諱，都避讓尚書令。唐朝尚書省的長官就變成了尚書左僕射和右僕射。尚書左、右僕射和中書令、侍中四個人並稱為宰相。但是左右僕射不能參與決策，中書令和侍中決策
門下省有一個會議室，叫作"政事堂"。為了提高效率，中書令和侍中事先湊到政事堂商量可否。有的時候，也邀請尚書左、右僕射列席會議。可能是為了聽取尚書省關於決策貫徹落實方面的意見，政事堂會議就聚集了唐朝掌握最高實權的四個人。很快，朝野把能否參加政事堂會議，作為判斷宰相的標準。唐朝也好，宋朝也好，凡是加此名號的人，都是"真相"，沒有此名號的人，即使當到了太傅，也是"假相"。又因為唐朝中書令和門下侍中的級別是三品，"同中書門下三品"也成了事實宰相的稱呼。
雖然唐太宗進行了分權制衡的設計，但在實踐當中，還是出現了相權膨脹的情況。皇帝開始在中書省、門下省扶植新勢力。中書省具體辦事群體是"中書舍人"。中書令等長官不可能親自決策、草擬奏章，他沒有這個時間和精力。政務進入中書省，中書舍人先草擬意見，再報給中書侍郎、中書令，長官認可了，就成了中書省的正式意見。事實上，很多時候中書令是照搬中書舍人的意見。決策實權原本就存在下移，現在皇帝有時故意繞開中書令，直接讓中書舍人草擬意見。這樣一來，這位中書舍人的實權就更大了。唐代稱呼這個直接替皇帝草擬聖旨的中書舍人為"知制誥"，中書舍人一旦兼任知制誥，就掌握了極大的權力，可以一邊自己出主意，一邊以皇帝的名義說出去。
唐朝晚期，國家財政入不敷出。這時候，誰掌握了財權，誰就獲得真正的實力。戶部有三個司，第一個司叫作"戶部司"，第二個司叫作"度支司"，第三個司是"鹽鐵司"，掌握了財政實權。晚唐就有一個新職位，叫作"三司使"，負責這三個司的業務。在政治實踐中，財政不是獨立存在的，掌握財政收支的部門逐漸侵吞了其他部門的職權。三司使因為掌握實權，又被稱為"計相"。誰兼任了三司使，誰才是"真相"。最後就變成了中書令或者是侍中，都要兼任戶部下面的司長。
到了宋朝，宋神宗進行元豐改制，重頭戲是改革官制，其中主要內容是把尚書令提升為宰相，由尚書左僕射兼任門下侍中、右僕射兼任中書，令，重新將分權制衡的三個部門合併到了尚書令的統轄下。為防止尚書令坐大，北宋增加了樞密院，樞密院掌管軍權和軍政要務（最著名的樞密使，可能就是高俅高太尉了）。北宋對中樞官制進行重組，但權力制衡的思路沒有變。三司使在無豐改制中遭到廢除，被它侵吞的實權迴歸原有部門，大頭的財政權收歸了戶部。
明太祖朱元璋開國，覺得宰相壓根就不應該存在。不管是單個宰相也好，還是集體宰相也好，再怎麼制約，相權都會對皇權造成制約。於是，朱元璋乾脆來了個廢相。
廢相以後，朱元璋直接指揮六部，自己決策，自己監督，自己指揮所有的系統。如果朱元璋和他的子孫們一直這麼幹下去，政治制度史上皇權和相權的矛盾就永久解脫了。遺憾的是，皇帝不可能直接指揮整個政治體制。有人做過統計，在八天之內大臣們向朱元璋彙報了三千四百件事情，他平均每天要處理四百二十五件事。請注意∶ 是"處理"，而不是簡單的"已閱"。正常人在一天內把四百二十五件事的所有資料看一遍，就要累死了，更何況還要分析判斷，還要指導如何解決!朱元璋在實踐中有自己的顧問班子，協助提煉奏章內容，處理簡單的文字工作。朱元璋將顧問班子稱為"內閣"，提拔一些年輕官員進入內閣，稱為"內閣學士"，內閣學士的級別大約也是五品。
朱元璋是精力旺盛的工作狂，所以內閣的工作侷限在提煉奏章內容、簡單的文字處理。但朱元璋的子孫沒有祖先那樣的精力和工作熱情，甚至連奏章都懶得看，越來越依賴內閣。內閣起初是對奏章簡單處理，漸漸地幫助皇帝草擬處理意見，稱為"票擬"。內閣的處理意見寫在小字條上，貼在大臣的奏章上，皇帝如果認可了，就照著內閣的意見抄一遍。明朝後期的皇帝，連抄都懶得抄了，直接在上面圈一個圈，再叫太監抄一遍。負責替皇帝硃筆御批的太監，就是"司禮監秉筆太監"。
這樣的話，內閣就成了新的宰相。內閣當中，資格最老的、拍板決定票擬內容的學士，就是事實上的首相。內閣學士只是五品官，很多尚書已經高居一品了，還鑽營去當內閣大學士。所以，雖然朱元璋廢了丞相，但是明朝後期皇權還是極為衰弱的。
清承明制，一開始還是用內閣掌控政權。但皇帝對內閣不放心，康熙另成立了"南書房"。它和唐代翰林院、明初內閣，有異曲同工之妙。表面上看，南書房就是搞文書檔案工作的，實際上，康熙召一些年輕的才學之士，輔助自己處理政務文書。以至於南書房的年輕人下了班，從紫禁城裡出來後，內閣大學士看到了，主動招呼寒暄。為什麼?因為南書房掌握了實權。
到了雍正時，情況又變了。雍正覺得南書房也有發展成新內閣的趨勢，及時遏止了它的進一步膨脹。雍正對相權的定義是∶相權只能聽命於皇權，中樞決策機構要對皇帝言聽計從。他藉口處理軍事要務，成立了"軍機處"。雍正對軍機處的定位是四個字∶ 跪聽聖旨。我成立軍機處不是讓你來幫我拿主意的，是讓你來聽我下命令的。所有大權都歸於皇帝，如果皇帝沒讓軍機大臣說話，軍機大臣就只有"跪聽聖旨"的份兒了。
嚴格地說，軍機處並不是一個正式官署，而是因為軍事需要設立的臨時機構。設立之後，皇帝用起來得心應手，就一直"臨時"下去，成為清代中樞決策的核心。因為軍機處是臨時的特設機構，所以它不是中央部院的上級衙門，無權向中央部院或者地方衙門發號施令。軍機處有什麼意見，只有奏肯皇帝同意後，以皇帝的名義釋出命令。事實上，軍機處"不能有"意見，所有意見都是皇帝的意見，它只是"代傳聖旨"。
至於軍機大臣，所有人都是兼職，隨時可能被勒令離開軍機處，返回原衙門。因為是臨時機構，軍機處沒有衙門，只有值廬（值班室）。故宮隆宗門外有三間小平房，就是軍機大臣辦公的值廬。因為是臨時機構，軍機處沒有官吏和差役，只能從在京各衙門抽調中級官員來協助處理政務，稱為軍機章京。清朝的軍機大臣、軍機章京們不管酷暑還是隆冬，都擠在小黑屋裡揣摩聖意、書寫聖旨。有了這麼多的規矩，軍機處還怎麼可能出權臣呢?這樣的軍機處，裡面的人多數是庸才，循規蹈矩按章辦事而已。軍機處實現了皇帝的絕對專制，皇權徹底壓制了相權。
內閣在清朝依然存在，軍機處因為人手有限，又困於種種制度約束，政處理能力有限，所以大量例行公事和不重要的事務，依然由內閣經辦。清朝確定了"三殿三閣"六名大學士，分別是保和殿大學士、文華殿大學士、武英殿大學士、文淵閣大學士、東閣大學士、體仁閣大學士。此外還有一兩位新入內閣、資歷較淺的文官，任協辦大學士，等大學士出缺依次遞補。內閣大學士"位高而權不重、名尊而實不至"，即便如此也很少授人。內閣始終是名義上的最高機構，內閣大學士始終是名義上的最高級別官員、公認的宰相。因此，一些人還是很在意大學士名號的。比如，當年翁同穌已經是兩代帝師、軍機大臣了，還為自己不是內閣大學士而耿耿於懷。
綜上所述，相權不斷被削弱，君主專政不斷得到加強。這是個大趨勢，但並不是說整個趨勢是連貫的，有的時候會有波折。而兩千多年封建王朝中樞機構的變遷，實際上也是皇權為了壓制相權。