蔣介石不甘心在遵義的大敗，決定親自上陣，與毛澤東一決高低，徹底殲滅紅軍。1935年3月2日，遵義戰役結束的第二天，蔣介石帶著陳誠等幾個心腹，從南昌飛到重慶，親自督師。
第二天，蔣介石釋出急電手令：“本委員長已進駐重慶，凡我駐川黔各軍，概由本委員長統一指揮，如無本委員長命令，不得擅自進退，務期共同一致完成使命。”
蔣介石這個手令一出，立即束縛了其下屬各級指揮官的手腳，把下屬的高階指揮官都變成了傳令官。
蔣介石這個手令所體現的指揮方法與指揮作風和毛澤東的截然不同，毛澤東的指揮方法是，對前方只指出大方向，具體道路由前線指揮員決定，給予他們機動處置的權利，因為他們最瞭解具體情況。
這是毛澤東和蔣介石新的一輪較量。
蔣介石到重慶後，立即瞭解紅軍情況，他判斷紅軍將向東面轉進，“其目的仍在烏江東岸，圖與蕭（克）賀（龍）合股”，即東去湘西，與紅二、紅六軍團會合。但蔣介石在兵力部署上仍然是四面防堵。他命令湘軍一部、黔軍、吳奇偉縱隊一部及徐源泉部在烏江沿岸佈防，防堵紅軍東進；命令滇軍駐防黔西、大定、畢節一帶，周渾元縱隊佈防長幹山、壇廠一線，王家烈殘部集結打鼓新場一線，堵截紅軍西進；令吳奇偉縱隊主力集結於鎮西衛、濫泥溝、修文、六廣河、息烽、黃沙河、刀靶水、大渡口一線，防止紅軍南下；令川軍郭勳祺三個旅向桐梓、遵義挺進，防阻紅軍北上。蔣介石又搬出了他的碉堡政策，命令各軍在川滇黔邊構築四道碉堡線，一里一碉，企圖用堡壘主義和重點進攻相結合的辦法，壓迫紅軍於遵義和鴨溪的狹小地區內，一舉殲滅。
毛澤東洞察蔣介石的圖謀，將計就計，在遵義戰役結束後，稍事休整，主力故意在遵義地區徘徊，誘敵中央軍出動，在黔北再殲其部分主力，以粉碎敵人的圍追堵截。毛澤東以紅九軍團在桐梓、婁山關、遵義線，阻擊北面進攻之敵，並吸引川敵向東而鉗制之；集中紅一、紅三軍團在鴨溪、白臘坎一帶，尋機打擊周渾元縱隊。
3月5日，紅軍各部開始行動，除紅九軍團在桐梓、遵義間鉗制敵人外，紅一、紅三、紅五軍團及幹部團集中到鴨溪附近地域，由前敵司令部指揮，準備與周渾元部作戰。
同一天，朱德、毛澤東釋出《前敵司令部關於消滅肖（周縱隊第九十六師師長肖致平）謝（周縱隊第五師師長謝溥福）兩師的部署》，判斷“周縱隊肖謝兩師共七個團明6日由長幹山向楓香壩、白臘坎前進，萬師（周縱隊萬耀煌的第十三師）6個團則有向長幹山前進模樣。黔敵何知重部6個團將由石坑坳向大黑水前進”。決定6日首先消滅肖謝兩師，“以便7日繼續對萬師作戰”。
這個判斷是正確的，蔣介石命令周渾元縱隊於6日向楓香壩、白臘坎前進，進攻遵義。周渾元準備按命令列動，但5日下午敵機發現紅軍正向鴨溪西南方向移動。蔣介石因遵義慘敗，前車之鑑不遠，特別小心，當得悉這一情報後非常重視，他判斷紅軍不外乎有兩種企圖：一是西進，渡江北上；二是先找周渾元縱隊決戰，然後再向南對貴陽壓迫。為避免周渾元重蹈覆轍，因而於5日深夜電令周渾元“明日決在長崗山附近集中，並構築強固工事，暫取守勢防禦”。同時，他也命令吳奇偉暫取守勢防禦。這樣，前敵司令部的殲敵計劃沒能實現。
中央紅軍繼續在遵義、鴨溪、白臘坎一帶徘徊誘敵。蔣介石分析紅軍的行動，一方面認為“紅軍戰鬥力仍未稍減，不可輕視”，另一方面又認為“貴州西北地瘠民貧，大軍行動不僅米糧困難，就是柴草也不易得，紅軍徘徊於此絕地，乃系大政方針未定之表現。這一段長江兩岸多系橫斷山脈，山勢陡峻，大部隊無法機動，今後紅軍只有化整為零，在烏江以北打游擊”。於是他於3月9日釋出命令，命令吳奇偉、周渾元、孫渡、郭勳祺各縱隊，採取“分進合擊”的戰法，“務將該‘匪’聚殲於遵義西南地區”，再次組織對紅軍的圍攻。
遵義會議之前，“三人團”決定一切，是擁有最高權力的領導核心。遵義會議決定取消“三人團”，這就取消了博古、李德的最高軍事指揮權，毛澤東增選為政治局常委，幫助周恩來指揮紅軍，但是，黨的領導和紅軍的指揮仍不順暢。在遵義會議結束後，中央紅軍一渡赤水向雲南扎西行軍途中，2月5日前後，中共中央到達雲貴川三省交界的雞鳴三省莊子——水田寨宿營時，中央政治局常委開會，決定由張聞天代替博古負總的責任，張聞天就成了中央的總負責人。這理順了黨內關係，但軍事指揮還未形成與戰爭環境相適應的指揮系統。
第五次反“圍剿”時期和長征初期，在軍事指揮上是李德擅權，獨斷專行。猴場會議決定：“關於作戰方針以及作戰時間與地點的選擇，軍委必須在政治局會議上做報告。”這就限制了李德的擅權，使黨的集體領導與軍事民主得到了發揚，紅軍也一改過去被動挨打的局面。這個規定在當時是非常必要的。遵義會議以後，紅軍仍然處於強敵圍追堵截之中，情況瞬息萬變，為了討論作戰問題，張聞天每天要召開20餘人的中央會議，實行集體決策。這種情況，是與緊急軍情不相適應的。為了及時抓住戰機，並保證毛澤東能夠實施及時的指揮，急需成立一個具有權威的軍事指揮機構。
二佔遵義之後，張聞天看到毛澤東領導戰爭比較有把握，提議要毛澤東去前方當前敵總指揮。3月4日，中共中央革命軍事委員會主席朱德、副主席周恩來和王稼祥簽發命令：“為加強和統一作戰起見，茲於此戰役特設前敵司令部，委託朱德為前敵司令員，毛澤東為前敵政治委員，特令遵照。”
◇朱德
這一命令把前方機動靈活地指揮戰役的權力交給了毛澤東，但軍事領導的集體體制仍然存在。
事情的起因是這樣的：3月10日，紅一軍團林彪、聶榮臻發電報給軍委，建議攻打打鼓新場。打鼓新場，簡稱新場，是貴州金沙縣的縣城，當年是個大鎮。攻打打鼓新場是個重大的軍事行動。張聞天即在苟壩召開政治局擴大會議，討論要不要打打鼓新場的問題。當時討論的情形，36年後周恩來仍然記憶猶新：“從遵義一出發，遇到敵人一個師守在打鼓新場那個地方，大家開會都說要打，硬要去攻那個堡壘。只毛主席一個人說不能打，打又是啃硬的，損失了更不應該，我們應該在運動戰中去消滅敵人嘛。”
毛澤東認為，滇軍主力正在向打鼓新場一線運動，此戰斷不可打。但他的意見未能說服眾人，大家還是主張要打。最後，毛澤東以辭掉前敵總指揮的職務力爭：要打我就不當前敵總指揮。結果有人發言：少數服從多數，不幹就不幹。主持會議的張聞天也沒辦法，只好執行少數服從多數的原則，作出了攻打打鼓新場的決定。毛澤東的前敵總指揮也由彭德懷暫代了。
會後，毛澤東連夜找到“黨內委託的對於軍事指揮上下最後決心的負責者”周恩來，讓他暫時緩一點發布命令，還是想一想，併力陳進攻打鼓新場的利害關係，說服了周恩來。毛澤東又去找朱德商量，朱德也支援毛澤東的意見。周恩來後來回憶說：“毛主席回去一想，還是不放心，覺得這樣不對，半夜裡提馬燈又到我那裡來，叫我把命令暫時晚一點發，還是想一想。我接受了毛主席的意見，一早再開會議，把大家說服了。”
作為“黨內委託的對於軍事指揮上下最後決心的負責者”，周恩來的態度在軍內有舉足輕重的作用。他的轉變可以影響許多人，毛澤東與周恩來一起做說服工作比毛澤東一個人要有力量得多。周恩來比毛澤東更擅長於做深入細緻的思想工作。毛澤東具有堅定的原則性，他的性格特徵是，既然你不同意我的觀點，我就寧可不幹。毛澤東的這種性格，在他的軍事指揮藝術未被人們普遍認同時，成為他實現正確觀點的障礙。
毛澤東的認識的確高人一籌。他的判斷是正確的，當紅軍主力向打鼓新場運動，準備打擊猶禹九旅時，那附近不僅有周渾元和吳奇偉縱隊，還有滇軍孫渡和川軍郭勳祺縱隊。如果紅軍向黔軍猶禹旅發起攻擊，面臨的不是黔軍1個縱隊，而是蔣介石在黔的大部兵力——5個縱隊的夾擊，紅軍將身陷重圍。毛澤東及時制止了這個錯誤的軍事行動，調回了向打鼓新場方向進軍的紅軍。
三人軍事小組是當時戰爭環境下黨中央最重要的領導機構，保證了毛澤東及時地實施正確的軍事指揮。毛澤東在30年後談及此事時說：“後來搞了個三人團，團長是周恩來，團員一個是我，一個是王稼祥。”
◇“新三人團”：毛澤東、周恩來、王稼祥
周恩來的團長是名義上的，事實上的軍事指揮者是毛澤東，周恩來實際上起著參謀長的作用。通道會議後，周恩來就聽從毛澤東的意見；遵義會議後，周恩來在長征中確實做著參謀長的工作，起著參謀長的作用。黃火青（當時任紅軍第一方面軍第九軍團政治部主任）回憶道：
我們打勝仗靠的是毛主席戰略方針路線，但每次戰役佈置、使戰爭勝利是靠周副主席指揮。周恩來作戰，一貫重視“知己知彼”這給大家留下了深刻印象。他在作戰前，總要首先認真研究敵我雙方的軍情，每天夜裡他都要研究清楚了，再下命令到各個部隊，哪個到哪裡，後方應做什麼，然後到三四點才去睡覺……我們軍團長羅炳輝對我們部隊人員的變化，有時還沒及時掌握，就曾給副主席問住過。以後我們知道“鬍子”要來，就趕緊找參謀長查問我們幾個師、團人數及裝備狀況等。
周、毛、王“新三人團”的成立，對於中國紅軍長征而言是一個福音，因為這是一個最好的領導班子結構，毛、周合作也相得益彰。正是在這個領導班子的率領下，紅軍長征找到了出路，走向了勝利。歐陽雪梅