一九六二年九月二十四日至二十七日，中共中央在北京召開了八屆十中全會。在這次會議上，毛澤東重提階級鬥爭問題。同時，還提出要在全國進行一次“社會主義教育運動”，簡稱“社教運動”。從一九六三年起，“社教運動”先後在全國城鄉開展。運動初期，農村以清工分、清帳目、清倉庫、清財物的小“四清”為主；城市則開展反對貪汙盜竊、反對投機倒把、反對鋪張浪費、反對分散主義、反對官僚主義的“新五反運動”。不久，中央又決定把城鄉的“社教運動”內容統一起來，規定為清政治、清經濟、清組織、清思想的“四清運動”。
一九六四年十二月十五日至一九六五的一月十四日，毛澤東又在北京召集中央工作會議，主持制定了《農村社會主義教育運動中目前提出的一些問題》（又稱“二十三條》）。透過這個檔案，毛澤東斷言，全國有三分之一的基層政權，不是掌握在無產階級的手裡，一個“官僚主義階級”已經在全國出現。出於這個判斷，檔案明確提出，“四清運動”的重點，是整那些“黨內走資本主義道路的當權派”。這些觀點，後來發展成為“文化大革命”的思想理論基礎。除此之外，這個檔案還指責劉少奇在“四清運動”中的一些作法是“形左實右”，並不點名地批判了王光美所搞的“桃園經驗”。
雖然“四清運動”一直持續到“文化大革命”，但一開始，軍隊裡一直只在內部進行正面教育，沒有介入地方的運動。直到一九六五年春，解放軍總政治部根據中共中央的決定，才頒發了一個通知，要求軍隊派出幹部，到地方去參加這一運動。
正當空軍黨委在研究如何貫徹執行總政治部的通知要求時，葉群從蘇州給我打來了電話。劉亞樓逝世以後，林彪和葉群又回到了蘇州繼續養病，由許世友派了一支部隊保護。葉群在電話裡說，根據林彪的要求，她準備下去蹲點搞“四清”，但是她一個人去不行，想依靠空軍。她還說，由於林豆豆在《空軍報》社，看能不能從空軍政治部、宣傳部、報社調一些人，組成一個“四清”工作隊，她就參加這個工作隊，把豆豆也帶上。
由於當時正好我們也在根據總政的指示，佈置參加“四清”工作，我就在電話裡答應說：“好啊，就這樣辦。”葉群又問：“你也參加，看可以不可以？”我說：“現在大家都在搞‘四清’，我參加一下也好，但是這個問題聽一下林總的意見，還要請求一下羅總長和蕭華主任。”葉群看我同意去，便說：“如果你去的話，我給你選個地方。我已經看好了蘇州的太倉縣，這個地方離蘇州比較近，我來來往往比較方便，有什麼問題向林總彙報也近。如果你同意的話，我負責去交涉，並辦理一切手續。”對葉群選的太倉，我表示沒有什麼意見。接下來我們商定，她先帶幾個人去太倉，我去請示一下羅瑞卿總長和蕭華主任，他們若沒有意見，我安排好工作隨後就到。
放下電話，我立即召集了空軍黨委辦公室和空軍政治部的王飛、何汝珍、朱鴻、王啟夫等幾個人開會佈置，組織了一個四、五十人的“四清”工作隊，進入江蘇省太倉縣，葉群和林豆豆就參加了這個工作隊。當時，我們空軍副政委王輝球也帶著空軍政治部文工團的一些人，組織了一個工作隊，進入湖南省的一個縣參加“四清”。
在請示了羅瑞卿和蕭華，並得到他們的同意後，我把空軍政委餘立留在家裡，負責主持空軍的日常工作，就趕到了太倉。到了太倉以後，葉群就把她原來住的一間房子讓給了我，自己搬到一個貧下中農的家裡。那是一間茅草房，房子陰冷潮溼，葉群派人把那間房子打掃乾淨以後，便帶了一個秘書和林豆豆住到了那裡，與貧下中農同吃同住。我原本也想住到貧下中農家裡去，房子都搞好了，但是葉群告訴我：“林總說了，搞‘四清’不一定非要住在貧下中農家裡不可。你是空軍司令，還是住在一個有電話的地方為好，萬一有什麼事情好找。”
葉群讓給我的房子，是在一個鎮子上，原來是一個堆放材料的倉庫，房子也很破爛。我讓人簡單收拾了一下，便搬了進去。在太倉期間，駐上海的空軍政委江騰蛟給我派來了一個炊事員，為我們做飯吃。除了我之外，空軍工作隊的其他人也與葉群一樣，分散在太倉縣的四、五個區裡，分別住在貧下中農家裡，與他們同吃、同住、同勞動。我們來到太倉不久，蘇州的地委書記就專門來看望了我們，對我們參加蘇州地區的“四清運動”表示感謝。
我們在太倉期間，華東局也有一個工作隊在那裡搞“四清”。葉群讓我和他們聯絡，以便統一行動。華東局工作隊的同志很尊重我們，有什麼事情都和我們商量，徵求我們的意見。我跟他們說：“我們部隊的同志，對地方的工作不熟悉。在這裡，我們聽你們指揮，你們分配我們幹什麼，我們就幹什麼。”
我在太倉的期間，正是農作物收穫的季節。我們一天天參加勞動，同農民們一起收稻子、摘棉花，在勞動中和他們談心、瞭解情況。在整個“四清”過程中，葉群每個星期六下午都要回蘇州去向林彪彙報，到了一個星期一的早上再回到太倉。那段時間裡，我同葉群經常來往，相互通報情況、交流經驗、交換意見。我當時覺得葉群還比較能吃苦，“四清”期間，她一直都同當地的貧下中農吃一樣的大米飯、紅薯，沒有特意加什麼菜，不搞什麼特殊化。她只是帶了一點麥乳精，用開水衝了喝。葉群還要把她的麥乳精送一些給我，我謝絕了，說：“我的身體好，不用了。”
到了十月份，空軍突然出了一個大亂子。一天中午十二點，我突然接到電話，說是南京空八師的一架轟—5型飛機，從杭州起飛訓練後，飛行員李顯斌將飛機飛到臺灣去了。跑飛機的訊息，對我來說好像是一個晴天霹靂。我立即找到葉群，告訴她，空軍出了大事，我必須立刻去處理。之後，我就近從空軍的“四清”工作隊裡找了幾個人，立即帶著他們坐上飛機，於當天下午就趕到杭州查處這件事情，以便及時從中總結經驗教訓。當夜查到凌晨三點，才搞清楚子事情的經過，主要是飛行員李顯斌脅迫領航員和射擊員，把飛機強行飛到了臺灣。跑飛機的那個大隊，正好是餘立金蹲點的那個大隊，而且當時又是餘立金在北京主持空軍的工作，因此我在生氣之下，打電話批評了他。對此，餘立金多少有點不滿意。
這次的李顯斌事件，是空軍建軍以來第一次跑飛機，又發生在我接任空軍司令員之後不久，當時我的思想負擔非常沉重。在查處的那些天裡，我多少天都睡不好覺，白天黑夜地工作。很快，我把跑飛機的情況和查處的情況，連同自己的檢討，一起上報給中央、中央軍委和毛澤東、劉少奇、周恩來、林彪等，請求毛澤東和中央軍委給自己處分。
我在杭州一連給軍委發了幾個電報。林彪看了電報後安慰我說：“沒有那麼嚴重，只要好好接受經驗教訓，今後不再發生那樣的事情就行了。”羅瑞卿當時正在外地視察工作，他也專門派人坐飛機到杭州來送一封信給我，要我接受教訓，不要緊張，不要著急。在這中間，林彪還不斷透過葉群給我傳話說：“飛機已經跑了，要作好防範措施，要堅決防止類似事件的發生，同時不要太緊張，不要把自己的身體也搞垮了。”
我在杭州調查了事情的原因後，又帶著工作組到空軍所有沿海部隊，一個師一個師地去通報情況，檢查工作，要求大家認真汲取教訓，堅決防止類似事件發生。我們還將這一事件的教訓整理成材料，印發給空軍的部隊，進行深入、細緻的教育。透過這一系列的措施，以後在我任空軍司令員的整個期間，即使是在“文化大革命”那樣混亂的情況下，我們的空軍部隊也始終保持了穩定，再沒有發生過類似的問題。不僅如此，整個部隊的鬥志還十分高昂，接連擊落了進入大陸的臺灣國民黨飛機。
李顯斌事件發生後，我一直都在部隊處理這件事情，再也沒有時間過問太倉的事情。不久，羅瑞卿來了電話，要我立即停止“四清”，回到北京主持空軍工作。根據羅瑞卿的決定，我馬上回到太倉，把空軍工作隊交給葉群，隨即回到了北京。以後，葉群仍然不斷地同我聯絡，向我通報太倉的情況。