清政府於1895年2月派總理衙門的大臣兼戶部左侍郎張蔭桓前往廣島，要求會見伊藤博文和陸奧宗光，但是日方拒絕接待，堅持說他無議和的“全權”。清政府在北洋海軍戰敗以後，求和心切，即派李鴻章為頭等全權大臣前往日本議和。日本提出的議和條件包含日本國內各界人士的要求。

陸軍堅持要割讓遼東半島；海軍要求將臺灣作為日本在南亞作戰的軍事基地。進步黨主張日本應控制山東、江蘇、福建和廣東，自由黨人則力主制佔滿洲。財政當局要求鉅額賠款。最後提出的方案把重點放在明鮮自主、賠款、割讓領土和取得通商通航特權這幾個方面。

在馬關議和期間，李鴻章強調中日兩國應該承認有同文同種的關係，作為西方帝國主義時代的亞洲人，他們也有相同的利害關係，因此不應互相拆臺。李鴻章想利用他七十三虛歲高齡這一點在他的年輕對手面前贏得某種心理優勢，但未能收效。就在這關鍵時刻，李鴻章遭到一個日本狂熱分子的狙擊。

雖然傷勢不是致命的，但是這件事使日方很尷尬，因為日本政府擔心此事會促使西方列強進行干涉並站在中國一邊。日本天皇派御醫為李鴻章診治，日本政府主動宣佈休戰，並將賠款從所索取的3億兩減至2億兩。日本外務大臣陸奧宗光指出，“李氏的不幸倒成了大清帝國之幸事。從現在起，議和條款的商定將較前容易了，中日戰爭亦將停止進行”。

1895年4月17日馬關條約簽訂。條約規定： (1) 清政府承認朝鮮國獨立自主，不再向中國朝貢； (2) 向日本賠款2億兩； (3) 割讓臺灣、澎湖列島和遼東半島； (4)開放重慶、蘇州、杭州和沙市為商埠； (5)日本臣民得在中國開設工廠，從事工業和各項製造業。

中國方面的反應十分強烈。李鴻章被指責為賣國。當時駐南京的總督張之洞反對批准條約，-些聚 在北京應試的舉子幾次上書，要求清廷廢約，繼續戰鬥。但是清政府不顧這些反對意見，還是在1895年5月8日交換了條約的批准書。臺灣島上的中國領導人強烈地抵制割讓他們的島嶼；這個島嶼自中法戰爭以後已改為行省，而且經過首任巡撫④的努力經營已在現代化方面有了相當可觀的進展。

5月25日，島上的領袖們宣告獨立，並宣佈臺灣為共和國，改現任巡撫為總統。在清政府的代表李鴻章之子李經方的壓力下， 再加上日軍的行動，這一地方性運動終 於在1805年10月被鎮壓下去，臺灣轉歸日本統治。今天再來估計這場戰爭，不管怎麼說，中國的失敗是不可避免的。

首先，戰爭的一方日本這時已成為一個現代國家， 民族主義使它的政府和人民在共同的目標下團結起來對付中國，而作為另方的中國，它的政府和人民基本上是各行其是的實體。日本的戰爭努力動員了舉國致的力量， 而中國人民幾乎沒有受衝突的影響，政府幾乎全部憑藉北洋水師和李鴻章的淮軍。

其次，中國方面事權不明確，指揮不統一，沒有全國範圍的動員。總理衙門、地方當局以及不負責任的清流黨官員各執一詞， 主張互異，使得清廷難下決心。李鴻章掌管外交和朝鮮的軍務，卻無權決定政策性事宜，也無權控制他所轄範圍以外的艦隻和軍隊。第三，清廷的腐敗和北洋水師指揮的昏庸，從戰爭一開始就註定了中國的命運。

慈禧太后挪用海軍軍費數百萬兩建造頤和園的行徑，她對太監的信任以及世風普遍敗壞，都是造成這次失敗的原因。李鴻章在北洋水師中選用僚屬只憑與他個人的親疏關係和是否為他私人效勞，而不管他們方正與否，因此在北洋水師指揮部中不正之風盛極一時。許多將領都向閹宦總管李蓮英討好，用貪汙的公款給他送禮，李蓮英又轉而庇護他們的不法行為。

儘管北洋水師貌似強大，實際上已不堪一擊了。李鴻章深知北洋水師的弱點，所以他在決心作戰以前曾使盡了外交手段。第四，李鴻章的外交有它的侷限性：他不懂國際上的政治形勢；迷信個人說服本領；想依靠那套陳舊的以夷制夷政策。當俄國沒有出面替中國斡旋時，李鴻章便轉向英、美求助，但是它們誰也不能有效地遏制日本。