“及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉”。—《史記》司馬遷。
“焚書坑儒”一詞，最早出自西漢史學家司馬遷的著作《史記》中。現代很多人認為“焚書”與“坑儒”是同一時段發生的事件，其實在秦始皇統治時期，這兩件事是分開的。
公元前221年，秦始皇剛剛統一六國，就對秦國版圖內的政治及經濟各方面展開了一系列的改革；嬴政的期望很高，抱負很足，野心很大，但過程並不順利，還遇到了阻礙。
這個阻礙，就是在分封諸侯的問題上，朝臣們之間有了分歧。以丞相王綰為首的秦國官員，建議將秦始皇的兒子、皇族宗室、有功之臣等分封於剛剛佔領的六國各地為諸侯，這有利於地方的安定，鞏固秦朝統治階級的權力，這就是“分封制”。
但廷尉李斯則反對分封諸侯。李斯反對的原因是，春秋戰國時期，正是眾諸侯之間不和，頻頻爆發紛爭，戰火不斷，就是因為分封各地諸侯作亂的惡果。李斯主張廢除諸侯“分封制”，採用“郡縣制”，才可以從根本上免除這種不安定的動亂。最終，舌戰的群臣沒有結果，此事暫時擱置了下來。
八年後的公元前213年，在咸陽秦宮舉行的宴會上，期間又由於採用“分封制”還是“郡縣制”引發了大爭論。原齊人博士，現秦朝僕射淳于越要求根據西周古制，分封諸侯，堅決反對“郡縣制”。
原是廷尉的李斯已經官至丞相，位高權重的他說話此時也有了底氣；李斯主張莫讓前朝舊制，干擾當今朝政為由，還是推崇“郡縣制”；“普天之下，莫非王土”，天下統一，為何還要效仿舊朝古制，對儒生歌頌上古朝代，有以古非今之嫌，造謠惑眾之憂，擾亂民心之意。
以秦始皇嬴政的思想出發點來看，淳于越所提倡的以儒家思想來治國已經過時了，而且與嬴政的思想路線也不在一條線上。秦始皇立國治國的戰略思想，就是“文講道義，武求殺力”，他認為舊朝的制度，會削弱秦國的國力和戰力。
最終嬴政聽取了李斯的建議，除《秦紀》之外的所有列國史記，以及民間私人收藏的《詩》、《書》、諸子百家等儒家經典書籍全部交於官家焚燬，但不包括關於農業、醫藥、占卜等方面的技術類書籍；民間私下談論關於《詩》、《書》的人全部處死，想學法律、法令的人可以拜秦朝官吏為師，這就是“焚書”。
歷史上，任何人在可以自由支配巨大的權力，享受榮華富貴帶來墮落的快感後，都是欲罷不能，當然也包括秦始皇在內。嬴政在統一六國之後，他也同樣希望永生不死，永遠擁有這種殊榮和享受這種感覺，因此，嬴政比任何人都更怕死。
秦始皇稱帝后，作為天下之主，為了讓自己長生不死，甚至於花費重金，開始沉迷於求仙問道。嬴政先後派出徐福、韓眾、侯生、盧生等方士為其尋找長生不死藥，而這些人為了迎合嬴政的想法和需要，應承了嬴政為其找到長生不死藥的要求；但是按照大秦律令，若求不到仙藥者，達不到要求，或者仙藥沒有效果，那麼所有相關聯之人就會被處死。
而侯生、盧生這倆騙子知道憑自己，根本弄不到長生不死藥，越想越怕的這倆人卷跑了嬴政要他們尋找長生不死藥的鉅額經費，逃之夭夭。
這倆人為自己找藉口開脫，到處宣傳誹謗秦始皇殘忍暴虐、剛愎貪婪、獨斷專權，貪戀美色權勢，不值得為他這種人求長生不死藥，雖然這倆傢伙說的是事實。
嬴政聞言龍顏大怒，下令徹查，對咸陽城內所有方士進行審查逼問，追問侯生、盧生的下落。這些方士為保住自己的性格，只得相互舉報；公元前212年，與此事有牽掛的460多人，都被嬴政命人在咸陽被挖坑活埋，這就是“坑儒”。
公元前213年，秦始皇先是焚燒除《秦史》外的列國史記和儒家經典著作，但並未焚燒關於醫學、農技和占筮等技術型別的實用書籍。公元前212年，後方士侯生、盧生為秦始皇求仙失敗，私下談論秦始皇的為人、執政、求仙各方面弊端，並卷巨資潛逃，秦始皇聞訊遂遷怒於方士，下令在京城內搜察審訊，抓獲牽連方士460餘人並坑殺。因此，嬴政是先“焚書”後“坑儒”的。
秦始皇在統一中國後，根據先秦諸子在公元前五世紀撰寫的哲學著作《尚書》中，所記載的君主治國理念之道中，自認“功高三皇，德邁五帝”，於是秦始皇想以自己的治國理念，來替代《尚書》中的“堯舜禹湯”四位英明君主的治世思想，這本著作便逃不脫被焚燬的命運。
而在在《詩經》中，又有很多歌頌上古舊朝的歷代君王，嬴政不願意在他滅掉的六國中，還有遺老舊臣再提及和懷念他們的舊主。
另有一本在方士群體中廣為流傳的《道經》，這本並非是老子的那本《道德經》，此《道經》非彼《道經》。方士們認為長生不老並非是秦始皇這種暴虐的人可以擁有的，永生不死也並非一顆丹藥可以做到，至於方士接近秦始皇，也並不是要幫秦始皇求仙藥長生不死，而是另有所圖，於是秦始皇惱羞成怒下，認為這群方士在耍自己玩，這才暴怒下坑殺方士。
“焚書坑儒”的實質，就是秦朝政治和經濟、文化等各方面的統一：統一思想，統一貨幣，統一文字，統一度量衡制度，廢除分封制，實行郡縣制。這麼做雖然維持了秦朝的短期統治，但也加速了秦朝政權的滅亡腳步；思想統一的弊端，就是思想上的控制性和侷限性，限制了人民的思想，短時間內的成功，那是人民屈服於秦朝的殘暴，長久必將不利於國家的治安和社會的發展，反而會引發反彈，讓人民牴觸和反抗秦朝的統治。
在秦始皇求仙問藥期間，不排除也有一些心術不正的儒生混進了方士隊伍，想借機接近秦始皇，求得捷徑，短時間內平步青雲，享受榮華富貴，求得功名利祿，不想時運不濟，正巧碰上秦始皇“坑儒”被活埋，這對儒生群體造成了巨大的反響和打擊。
若是秦始皇坑殺的都是些“坑蒙拐騙、裝神弄鬼、訛人錢財”的術士，就不會在儒生中有這麼大的反響。
陳勝吳廣領導的“大澤鄉起義”，山東一帶的儒生加入了起義軍，在這些儒生的幫助下，陳勝不到一個月就建立起自己的政權；這些深受儒家“維護君紀綱常”影響的儒生，與秦始皇的“焚書”專政有著密切的聯絡，沒有生路的他們只能跟著一起造反。
雖然秦始皇“焚書”並沒有全部燒光，“坑儒”也只是針對方士並沒有波及到儒生，但影響也是極其深遠。
秦始皇作為中國歷史上最早的皇帝，光光在政治、經濟、文化等各方面所形成的大一統局面遠遠不夠，關鍵是沒有形成社會底層民心、思想的統一性，人民核心價值觀的完善，才能在政治、經濟、文化各個領域的統一措施有效，維護秦朝政治的統一中央集權，同時可以排除掉不同的政治思想和見解。
可惜，秦始皇花費巨大的精力統一了六國國土，卻沒有在安撫六國民眾的民心上下功夫，於是，“焚書坑儒”成了指控他是暴君的最有力證明。