1551年，馬來亞半島的局勢再次遭遇風雲突變。雖然柔佛蘇丹已暫時放棄了收復馬六甲的想法，但依然和南方的葡萄牙勢力發生必然衝突。為了富國強兵，蘇丹選擇在靠近新加坡的柔佛河內建造要塞和艦隊。隨即，對任何透過海峽的船隻都課以重稅。

然而，蘇丹穆扎法爾二世卻氣憤的發現，新設定的過路稅不能被強加到馬六甲城的葡萄牙船長頭上。他的新都城和海軍基地本身，也違反了十多年前定下的協議。於是，由於自然而然的心虛和對馬六甲的所有權宣誓需要，柔佛人開始準備起對舊都的反攻計劃。

突然襲擊

柔佛蘇丹與爪哇援軍的路線圖

出於防備南方的亞齊蘇丹國需要，蘇丹無法將全部兵力都投入馬六甲戰場，但依然有數千名士兵和幾十艘艦隊可供支配。為了強化自己的數量優勢，柔佛人在半島上廣結盟友，甚至聯絡了遠在爪哇的傑帕拉國王。隨著大批爪哇武士和艦船的抵達，聯軍已經對缺乏警惕的馬六甲形成包圍之勢。

作為葡萄牙帝國在南洋和整個東方的橋頭堡，當時的馬六甲要塞內被儲存了大量武器彈藥。然而，因為缺乏必要的預警，所以糧食儲備非常稀缺。同時，僅有400人的兵力也是捉襟見肘。由於大分部船隻都活躍在航線上，守軍手頭也只幾艘小型划槳船有充分戰備。多餘的2艘卡拉克帆船則狀態不佳。柔佛蘇丹也正式看準了這些弱點，才會有強攻要塞的企圖。

早期歐洲畫冊上的馬來地方武裝

在當年的6月底，聯軍艦隊首先在蘇門答臘島的東南部集結。其數量包括150艘南洋本地的蘭查蘭斯船和40艘中國式帆船。為了麻痺葡萄牙守軍，蘇丹甚至宣佈自己準備向西攻打老對手亞齊蘇丹國。然而，在馬來半島上集結的陸軍卻很難逃過沿線。因此，整個馬六甲都預料到大戰將至。為了避免被包圍後孤立無援，擔任城防指揮官的佩德羅-達-席爾瓦也分頭派出2艘小船向外求救。其中1艘沿著馬來半島的西海岸北上，一路經過葡萄牙私人武裝團體常去的緬甸和孟加拉灣。後1艘則沿著東海岸前行，尋找任何去往暹羅、安南、明朝和日本的帆船。

同時，1名柔佛蘇丹的特使也來到馬六甲城，向佩德羅釋放錯誤的訊號。為了儘可能減少進攻難度，柔佛人甚至假意邀請葡萄牙人出兵共同對抗亞齊。但馬六甲當局對於地區內的形式把握非常準確，知道這樣的情況幾乎不可能出現。當馬來使節被打發回去，聯軍的進攻便如期而至。柔佛和霹靂州的陸軍從北面包圍城市，爪哇人為主的艦隊則在南面登陸。

爪哇軍隊是柔佛蘇丹的重要外援

海峽孤艦

扼守馬六甲河與城市入口的葡萄牙要塞

由於馬六甲的港口主要位於水位較淺的河口，葡萄牙人的卡拉克大船根本無法進入躲避。守軍不得不將2艘舊船擱淺在港外，作為拱衛河口的木頭城堡。但考慮到士兵和火炮數量的不足，這個計劃還是遭到了很大質疑。當大量的爪哇戰艦開始對2艘船發起圍攻，少量葡萄牙船員便引爆了提前佈置好的炸彈，將卡拉克和周圍的小船都炸上天。

但聯軍的大型戰艦同樣無法在退潮時深入馬六甲河。這些可運載幾十到數百人的南洋大船，也安裝有火炮和大量儲備彈藥，更不敢輕易靠近葡萄牙要塞的火炮射程。針對這種情況，佩德羅也讓人蒐羅了一批本地人的小船，並用繩索捆綁在一起，部署在河口位置。這樣，每次遇到漲潮，連成一排的船隻便會隨之浮動起，擋住入侵戰艦的去路。

水道較窄的馬六甲河 很容易被封鎖

鑑於最快捷的水路遭到阻擋，柔佛與爪哇人便嘗試進行全面圍困。大批工兵在馬六甲城周圍挖掘圍攻塹壕，並部署了用於轟擊城牆的大型火炮。海軍也在港外佈陣，阻止任何船隻向城內輸送物資。蘇丹並不想為勝利而付出過大代價，因此期望以圍困和飢餓來迫使守軍出城投降。多餘的船隻也在馬六甲海峽內來回巡視，準備攔截和抓捕一切他們發現的葡萄牙商船。由於這一操作，原本繁忙的馬六甲海峽也很快沉寂下來。

幾天後，1艘體型中等的帆船闖入海峽，打破了由柔佛-爪哇聯軍創造的寧靜。這是船長加西亞-德-梅內塞斯指揮的卡拉維爾帆船。在進入海峽之前，他們並不清楚馬六甲已遭到圍攻，只是期望以最快速度趕往南洋腹地的摩鹿加群島。由於發現西班牙人違反《託德西利亞斯條約》，不斷從菲律賓深入世界上最大的香料產地，所以加西亞此行的任務是去那裡攻擊任何西班牙船隻。而且為了應付長期孤軍作戰的需要，這艘船在離開母港果阿前已經裝載了大量武器彈藥，並配備了最好的炮手協助。

葡萄牙人的遠洋型艘卡拉維爾船

面對突然闖入禁航區的葡萄牙帆船，聯軍迅速做出反應。柔佛蘇丹本人繼續坐鎮圍攻部隊，而來自爪哇的拉克西梅納國王則率領麾下的40艘蘭查蘭斯船趕去抓捕。雖然還沒搞清楚對手是誰，但加西亞已經意識到局勢危機，並下令升起戰旗。恰逢海峽內風力正盛，給了卡拉維爾船以充足的動力。眾多南洋大船的機動力堪憂，無法成功縮小包圍圈，只能在外圍不斷遭到葡萄牙人的艦炮洗禮。由於火炮質量和射手水平問題，爪哇艦隊的圍攻效果很差，逼的拉克西梅納下令自己的旗艦親自出馬。但一發來自卡拉維爾船的炮彈卻正中其所在位置，將他連同自己的兒子和女婿都震入海里。整個爪哇艦隊計程車氣都迅速崩潰，只能撤退到邊上的海灘待命。

趁著戰鬥的間隙，加西亞讓自己的船在離開馬六甲要塞還有段距離的地方停泊。城內守軍已經目睹了她的孤軍奮戰，並立刻嘗試將更多士兵派來補充兵力。卡拉維爾船也換上了2門口徑更大的火炮，以便繼續對抗敵人的整個艦隊。之後幾天裡，她都不停的更好錨地，防止自己被大量的馬來戰船圍困。期間還有1艘卡拉克帆船從果阿開入馬六甲海峽，結果立刻遭到柔佛戰艦的攻擊。船長意識到自己將身陷重圍，選擇向著深海逃逸。南洋船與中國式帆船的的風帆系統落後，又受不了重炮轟擊，只能在追擊一段距離後選擇放棄。他們的友軍也在海峽內繼續同加西亞船長周旋，但除了炮彈和挫敗感外也無法收穫更多。

南洋本地常見的 蘭查蘭斯船

圍魏救趙

戰役後期 陸續有4艘卡拉克帆船抵達馬六甲

進入7月，有2艘小型的卡拉克帆船從印度趕來，上面滿載著輸送給馬六甲守軍的食物等補給品。聯軍艦隊再次趕往迎擊，期望將補給品截胡。然而，1艘為其護航的卡拉維爾船又再次殺出，將敢於靠近的蘭查蘭斯船擊退。馬六甲的葡萄牙人也因為這些補給而緩解了危機。也因為新來的卡拉克船吃水較淺，成功在馬六甲河口下錨，又大大增強了要塞的海防火力。

幾天後，類似的劇情再次上演。1艘來自摩鹿加群島的卡拉克船和另1艘來自東帝汶的船進入海峽，上面滿載葡萄牙人在當地採購的香料。柔佛蘇丹的艦隊嘗試對笨重的貨運船進行包圍攻擊，但為其護航的卡拉維爾船卻依靠機動性和火力將對方逼退。於是，馬六甲要塞的岸炮周圍，又多了2條可以隨時發炮的戰艦掩護。

靜態防禦下的卡拉克帆船 形同木質堡壘

鑑於海上封鎖的連續失敗，柔佛蘇丹只能選擇從陸上發起賭博性質的強攻。雖然重炮在一個月裡不斷髮射，卻沒有獲得意想當中的效果。進攻者便趕造了大量梯子，準備同時攀爬並不高聳的要塞外牆。佩德羅也趕忙做出針對性部署。在一名參加過義大利戰爭的老兵建議下，下令守軍收集大量多餘的桅杆和木樁，再用齒輪吊起佈置在城頭。等到數千名柔佛士兵開始集體攀爬，葡萄牙人就用這些木樁用滑輪迅速拋下。數百名圍攻者在一瞬間被打了下去，腳下的梯子也被同時掀翻。緊接著，守軍將大量點燃的火藥罐子拋下，將已經陷入混亂的馬來人炸的人仰馬翻。後者立刻放棄了強攻，丟下600名奄奄一息的傷員逃離。

此後，柔佛蘇丹再次下令進行圍困，期望城中有限的補給品迅速用完。佩德羅也不願意就這樣被活活困死，決心利用手裡的數艘船給自己解圍。於是，葡萄牙人公開加強4艘卡拉克帆船的武裝，並作出要四面出擊的架勢。當柔佛人發現無力阻擋葡萄牙大帆船的行程後，忽然意識到自己的各沿海城市都已陷入了危機。由於馬來亞半島的經濟大都依靠沿海貿易，所以任何地方的損失都會讓蘇丹的權威受到損害。結果，葡萄牙人的炮彈還沒有砸到當地城市，蘇丹和他的各級封臣、盟友們便急匆匆的解除了圍困。由於事發倉促，甚至沒有及時通知在南面海灘邊的爪哇人。

柔佛蘇丹的馬來本土武士

次日早上，300名蓄勢待發的葡萄牙士兵悄悄走出要塞。爪哇士兵已經被戰鬥折磨的精疲力盡，大部分人都處於休息狀態。在遭到出城守軍的突然襲擊後，他們依然迅速組織起反抗。但因為缺乏準備，大量的火炮和其他火器都沒有準備好發射，只能以長矛和刀劍拼死一搏。葡萄牙人則在兩翼的火槍支援下，用集中在中路的長矛方陣擠壓對手，最後完全佔據了整片海灘。超過2000名爪哇士兵在灘頭的混亂中喪生，其餘人也被迫全部逃到岸邊的艦隊上去。葡萄牙人便縱火焚燬了圍城工事，並將所有的火炮類武器都帶回要塞。

一直到這時為止，爪哇人還沒有下決心放棄。但當晚的風暴來臨，將他們的大分部剩餘力量都摧毀在海上。第二天，葡萄牙人發現只有少量敵人在向南方撤退。他們立刻組織卡拉維爾船和小型划槳船追擊，用炮火禮送對方進入巽他海峽。那些先前離開港口的卡拉克帆船，實際上也並未進攻其他城市。但她們在附近海域守株待兔，伏擊了原本為柔佛等地運送物資的土著商船。在逼迫對方撤軍的同時，也順利帶回了足夠糧食。

出城襲擊爪哇人的葡萄牙守軍

至此，這場南洋土著對葡屬馬六甲的反攻就以進攻者的完全失敗而告終。柔佛-爪哇聯軍因為陸戰兩頭的戰事和疾病等原因，損失了數千軍隊。守軍的戰損則可以忽略不計。但爪哇人在臨走時不忘向馬六甲一帶的水井投毒，造成包括200葡萄牙守軍在內的大量本地人身亡。

此後的幾十年裡，海峽兩頭的不同勢力依然相互敵視。以馬六甲城與海峽通道為中心的戰役，也將定期爆發......