順治二年（1645年）六月，明魯王朱以海在紹興監國，控制浙江東部地區。鄭芝龍的兄弟鎮江總兵鄭鴻逵與戶部郎中蘇觀生則一道擁立唐王朱聿鍵，一行人入閩後，南安伯鄭芝龍、福建巡撫張肯堂、禮部尚書黃道周共同扶立唐王為帝，建都福州，建元隆武。江西、湖北、廣東、廣西、四川、雲南等地的文武官員聽到唐王隆武政權建立的訊息，紛紛上表稱臣，表示擁戴，令隆武政權成為名義上正統的第二個南明政權。

在擁唐群臣中，最有實力的還是海商鄭氏家族，當時“兵食大事，俱仰給鄭芝龍；隆武雖擁空名，實為寄生”。因此，隆武帝后來更封鄭芝龍為平國公，鄭鴻逵為定國公，畢恭畢敬地尊他們為太師，鄭氏“一門勳望，聲焰赫然”。當時的鄭芝龍實際上是明朝末年中國海商階層的代表人物，他進入南明隆武政權，是中國歷史上唯一一次海商集團進入帝國的統治中樞，併發揮重要作用。在當時的西方人眼裡，“他（指鄭芝龍）的船隻計有三千，他令其船主們巡航到暹羅、馬尼拉、馬六甲等地，就豪華以及財富來說，他幾乎凌駕他效忠的唐王，而的確地他已矚目帝位了”。

但鄭芝龍自始至終都是海商，他更喜歡沒有領土與疆界的海上貿易王國，他更像戰爭中賣糧食給敵國發大財的荷蘭商人，而不像寧死也不食敵國粟黍的中原義士。作為海商，他與明朝的關係，其實是一個買賣的關係，明朝授予他高官，而他為明朝平定東南海疆，並從中謀利，獲得鉅額財富。現在，清軍大軍壓境，他開始感到不能再抱住脆弱的唐王政權而放棄如此龐大的私產，更不願離開他安樂的老巢，再過漂泊不定的海上生活。他自以為在福建、廣東海域擁有強大的水師，滿洲貴族的軍隊擅長騎射，缺乏水上作戰能力，勢必像明朝皇帝一樣看重自己。他在與兒子鄭成功的對話中說:“識時務者為俊傑。今招我重我，就之必禮我。苟與爭鋒，一旦失利，搖尾乞憐，那時追悔莫及。”

可惜鄭芝龍這次的盤算打錯了。18年前他能夠受明朝招降，是因為明朝已經衰落到意志與能力上根本不能剿滅他，否則絕不容民間海商海寇成為官府海防遊擊。如今時勢不同了，清朝正在興盛之時，帝國江山己在囊中，豈容得海寇縱橫。清軍進抵泉州之後，鄭芝龍滿心歡喜前往清營投降，當晚便剃髮留辮，換上滿族裝束。誰知，歡飲三日之後，博洛忽然在半夜傳令拔營回京，並命鄭芝龍隨軍北上，鄭芝龍心知中計，但已是“神龍失勢，與蚯蚓同”，無可挽回了。

順治十八年（1661年），鄭成功率兵到達臺灣，清廷已鞭長莫及。為了報復，九月二十四日，清廷以鄭芝龍“怙惡不悛、包藏異志、與其子成功潛通、教唆圖謀不軌、奸細往來、洩漏軍機等項事情，經伊家人尹大器出首，究審各款俱實”為由於十月初三日誅殺鄭芝龍及其子孫家眷11人。