公元1592年，豐臣秀吉入侵朝鮮之役的爆發使中日關係更加緊張。整個戰爭從萬曆二十年（1592年）開始至萬曆二十六年(1598)結束，歷時七年。這場戰爭，明朝“幾舉海內之全力”，前後用兵數十萬，費銀近八百萬兩，歷經戰與和的反覆，最終異常艱苦地贏得了這場戰爭的勝利。

這使得中日貿易只能以一種奇怪的轉口形式進行：或者借琉球中轉，或者由西洋船隻承擔。結果反而造成了到日本進行走私貿易的利潤更為豐厚。

明末人顧炎武曾說：

“越販日本者矣，其去也，以一倍而博百倍之息；其來也，又以一倍而博百倍之息。愚民蹈利如鶩，其於凌風破浪，直偃息視之。違禁私通，日益月盛。”

在1611-1644年間，除個別年份外，每年都有數十艘中國商船前往日本。一些海商為了防止明朝政府的追究，或因商務方面的原因，不少人在日本定居下來，但他們仍透過其親戚和宗族在中國與日本之間進行走私貿易。

明末福建巡撫南居益曾指出：“聞閩粵三吳之人，住於倭者不知幾千百家，與倭婚媾長子孫，名曰唐市。此數千百家之宗族姻識，潛之與通者，實繁有徒。其往來之船，名曰唐船，大都載漢物以市於倭”。據1608年東渡日本在長崎擔任通事（負責翻譯聯絡的人）的淮安府人劉鳳岐估計，當時中國人在長崎僑居的約有二三千人，在整個日本列島僑居的合計約有二三萬人之眾。