現代的日本人其實並不是日本本土的原住民，在歷史上日本的原住民稱為阿伊努人。他們是受到日本大和民族人的侵略，不得已才遷往北方。阿伊努人和現代的日本人一樣身材矮小，顯著的特點就是體毛旺盛，就連女人嘴邊都有鬍子的痕跡。

日本的四個大島上原來都有阿伊努人居住，幾個世紀以來受大和民族人逼迫，才往北遷移。加上大和民族之間的通婚和文化上的同化，純種的阿伊努人已經滅絕，本族的語言和宗教也已經消失。

對於阿伊努人，日本在18世紀以前的史書記載將之歸於“異國人物”、“外夷人物”範圍。日本古代一直稱阿伊努人為蝦夷人，“蝦夷”一詞帶有貶義，蝦夷人直譯是“毛人、囚俘、蕃人”的意思，歷史上多將阿伊努人作為奴隸使用。

早在七世紀的日本史書中就有對他們的記載，他們是現在日本土地上的原住民族。但人口稀少戰鬥力又不強的他們，在公元八世紀，就被大和民族一再欺壓驅趕。

現在僅存的所謂2萬純種的阿伊努人，其實大多都是日本人。據一位北海道阿伊努老人的敘述，在明治維新後期，真正的阿伊努人就已經滅亡了。

老人最後用無奈的語氣說:“阿伊努人是喜愛和平的民族，這是我們流著祖先血液教化的結果。但為何會變成現在的樣子。”