建文帝1398年繼位，儘管他的爺爺朱元璋已經幫他剷除了很多威脅皇位的功臣，但眾多藩王也是一大威脅，他就和以往的皇帝一樣，為了穩固政權削藩。他最先削的是一些有問題的小藩王，把實力最大、野心最大的燕王朱棣放在後面。

他原以為先拿其他藩王開刀，剪除掉朱棣羽翼，朱棣也就不敢有所動作，等時機成熟再削掉朱棣。但朱棣不像他想的那麼簡單，他看見其他王爺被貶為庶人，早就有了戒備之心，提前準備糧草兵馬，在自己家裡的地下室鍛造兵器、操練士兵，準備發起兵變。

建文帝還沒等到時機成熟的時候，朱棣卻找準時間起兵造反，他1399年以“清君側”為民兵變，向南京攻來，建文帝有幾次機會在兵變中殺掉朱棣，但他天資仁厚，顧念叔侄情誼，下令要活捉朱棣，這就給了朱棣1402年活著踏入南京的機會。

但是，《明史》還有一句話，似乎透露了建文帝還活著，並且透露了他的藏身之地，《明史》記載：“滇黔巴蜀間，相傳有帝為僧時往來跡。”這句話說建文帝化為僧人，居住在滇黔巴蜀間，而至於建文帝具體在哪裡，康熙年間的《武定府志》表示建文帝“止於獅山正續寺數十年”。

正續寺始建於1311年，位於雲南武定縣獅子山，大殿中間有祭祀建文帝的雕像，旁邊還有左右護法保護建文帝。正續寺大雄寶殿上的楹柱還刻有一副對聯，對聯上寫著“僧為帝，帝亦為僧”、“叔負侄，侄不負叔”，進一步證明建文帝當初沒有死，還隱居到了正續寺當僧人。

上世紀90年代，我國還在研究建文帝，上海一個歷史專家發表的研究報告確認，建文帝最後落腳處就是獅子山正續寺。

雲南在古代是一個偏僻的地方，就算有朱棣派的人追他，也不容易查到這個地方，建文帝藏在這裡也合理。朱棣當上皇帝之後也加強了削藩，只不過他採取的是表面上優禮諸藩，背地裡罷其官屬，限制其發展，其他藩王被朱棣削的沒有實權，也就沒實力與他作對。

朱元璋把皇位傳給建文帝其實是想要一個心慈仁厚的皇帝撫慰百姓，穩固江山，但皇位最後還是落到像他一樣尚武的朱棣手上，不過朱棣在位期間也做了不少實事，有鄭和七下西洋，北擊蒙古南征安南，編修《永樂大典》，疏通大運河等功績，他這一生還創造了“永樂盛世”，使明朝名揚海外，建文帝也許是看在他叔叔做皇帝做得好的份上，後來就一直隱居在獅子山，沒有再出來復辟。