林衍廢元宗時，世子王諶剛從蒙古回來，走在鴨綠江時聽到訊息，馬上折返蒙古求救。八月，忽必烈派斡朵思不花、李愕來高麗干預此事，林衍依舊宣告元宗是因病退位，並辯稱自己在高麗百官中排位第八，無權行廢立之事。忽必烈不信其言，派國王頭輦哥率兵入高麗彈壓、以趙璧為東京行省平章政事來招諭高麗，又在十一月派兵部侍郎黑的等來高麗，奉旨召元宗、王淐和林衍入朝，然後又令恢復元宗王位，林衍不敢得罪蒙古，被迫同意，於是元宗在十一月二十三日復位。但林衍依舊掌握實權，且拒絕入朝，元宗則在十二月十九日啟程去蒙古，這是他第三次也是最後一次入朝。林衍派其子林惟幹隨從入朝，以防洩露真相，元宗在途中也順著林衍的意思，稱自己因病退位。元宗於翌年二月初一抵達燕京，先前被林衍派去蒙古祝賀節日的李藏用不顧元宗反對，從東京趕到燕京，向忽必烈如實稟告了林衍廢立的經過。於是忽必烈逮捕了林惟幹，傳林衍入朝對質，又在元宗的請求下發兵護送元宗和世子回國，並作為剷除林衍的後盾。與此同時，元宗還向忽必烈請求下嫁公主於世子和設定達魯花赤於高麗，忽必烈批准後者，對於前者則要求元宗以實際行動報效蒙古後方能應允。二月十六日，元宗和世子在頭輦哥所部蒙古兵及達魯花赤脫脫兒（脫朵兒）和焦天翼的護送下啟程返回高麗。二月二十五日，林衍憂懼而死，其子林惟茂接任教定別監，企圖做最後的掙扎。元宗在回國途中派大將軍鄭子璵去江華島曉諭還都開京，同時派親信李汾成向對林惟茂心懷不滿的御史中丞洪文系（洪奎）、直門下宋松禮傳達誅殺林惟茂的密旨，於是他們利用三別抄發動政變，生擒林惟茂並斬首於市，這是至元七年（1270年）五月十四日的事。五月二十七日，元宗抵達開京。林惟茂之死標誌著百年武人時代落下了帷幕，高麗的政權終於回到國王手中，而元宗還都開京則意味著高麗對蒙古的徹底屈服。

林衍廢立期間，西北面的官吏崔坦、李延齡等以反對林衍為名趁機起事，幾乎殺光西北面的朝廷命官，然後以西京諸城投降蒙古，忽必烈接收了這些城池，設為東寧府，高麗的西北疆域遂從鴨綠江退至慈悲嶺。元宗請求忽必烈歸還這些土地，但被忽必烈拒絕，直到二十年後才歸還高麗。

元宗還都開京後，懷疑三別抄會拒命，便派將軍金之氐去江華島遣散三別抄。金之氐取回三別抄的名籍後離開江華島，將軍裴仲孫、別抄指諭盧永僖等便發動三別抄造反，擁立承化侯王溫（高麗顯宗之子平壤公王基的七世孫）為王，他們擔心江華島守不住，很快就攜帶公私財貨、裹挾無數男女渡海南逃，轉進高麗西南端的珍島。元宗派參知政事申思佺配合蒙古兵追擊不及，江華島反倒遭到蒙古兵的洗劫，元宗阻止無效，這是至元七年（1270年）六月的事。隨後元宗派金方慶會同蒙古兵進攻珍島，遭到三別抄頑強抵抗，到至元八年（1271年）五月才攻下珍島，裴仲孫失蹤，王溫被殺，餘黨金通精等亡命耽羅（濟州島）。至元十年（1273年）四月，耽羅終於被元麗聯軍攻破，金通精等被殺，三別抄之亂宣告平定，高麗蒙古戰爭從事實上結束。元朝看到耽羅適合牧馬，便將耽羅據為己有，在島上設定了達魯花赤。

元宗出水就陸後，開始落實蒙古（後改國號為大元）所要求的“六事”，他命世子王諶率衣冠子弟去蒙古，代替高宗時所派的永寧公王綧做禿魯花（質子），又聽任蒙古所派的達魯花赤干涉高麗，達魯花赤不僅代表蒙古監督高麗，還設定巡馬所，負責治安與偵察，滲透到高麗的司法權。不過元宗在位時的達魯花赤如脫脫兒、李益等都還算善撫之官，沒對高麗有過分的要求。

“六事”的其餘諸事都是圍繞征討日本展開的。早在至元二年（1265年），亡命蒙古的高麗人趙彝對忽必烈說高麗以東有個日本國，漢唐以來時常朝貢中國，建議忽必烈透過高麗招諭日本。忽必烈於翌年派兵部侍郎黑的、禮部侍郎殷弘出使高麗，令元宗協助招諭日本。元宗派樞密院副使宋君斐、侍御史金贊陪同黑的等去日本，他們來到巨濟島，只見“大洋萬里，風濤蹴天”，高麗方面便勸蒙古使者返回，並向忽必烈奏報高麗與日本並無官方往來，還發誓道“聖恩天大，誓欲報效，如有可為之勢而不盡心力，有如天日”。事實上，高麗不僅誇大了去日本的難度，也隱瞞了他們兩年前才派洪濘、郭王府（郭預）去日本的事實。忽必烈不吃高麗這一套，繼續派黑的、殷弘督促高麗聯絡日本，元宗被迫派起居舍人潘阜攜帶忽必烈詔書及高麗國書，於至元五年（1268年）正月抵達日本太宰府，由於日本對蒙古的警惕，潘阜沒得到任何回覆，便在半年後返回高麗。潘阜滯留日本期間，忽必烈就打算對日本動武，命令高麗“備兵一萬、造船一千”，以助蒙古征討南宋或日本。同年十一月，黑的、殷弘第三次來高麗，元宗派申思佺、潘阜等陪同他們去日本，在至元六年（1269年）春抵達對馬島，由於日本人拒絕他們入境，他們便抓了兩個對馬島人去燕京。同年秋，林衍當權的高麗派金有成、高柔護送兩名對馬島人回日本，並攜帶要求日本臣服的蒙古中書省牒狀及高麗國書，日本京都朝廷雖起草了返牒，但在鎌倉幕府的指示下沒有送出，金有成等滯留多時，無功而返。元宗還都開京後，忽必烈加緊催促高麗造船以征伐南宋或日本，又派趙良弼兩度經高麗赴日招諭，除了帶回一批日本使團去元朝外，沒有實質性進展。至元十年（1273年），南宋重鎮襄陽失守，元朝無須透過高麗攻打南宋；不久後盤踞耽羅的三別抄餘部被剿滅，高麗順理成章地成為元朝專攻日本的基地。

至元十一年（1274年）正月，忽必烈派洪茶丘等督促高麗造大船三百艘，正式將徵日計劃付諸實施，元宗命金方慶等負責高麗方面的工作，一共動員了30500餘名高麗工匠與民夫，史稱“時驛騎絡繹，庶務煩劇，期限急迫，疾如雷電，民甚苦之”。五月，一萬五千名東征元軍來到高麗，同月世子王諶在元大都與忽必烈的女兒忽都魯揭裡迷失結婚，作為強化元麗關係的措施。五月三十日，高麗所打造的大小戰船900艘完工。元宗還沒等到東征之役打響，就在六月十八日薨於開京堤上宮，享年五十六歲。死後廟號元宗，諡號順孝大王，葬於韶陵。至大三年（1310年）在其孫高麗忠宣王的請求下，元朝賜諡“忠敬”。

高麗英宗（朝鮮語：고려 영종／高麗 英宗 Goryeo Yeongjong；1223年8月－1274年後），名王淐（朝鮮語：왕창／王淐 Wang Chang），初名王侃（朝鮮語：왕간／王侃 Wang Gan），是高麗國的安慶公。死後廟號英宗。

高宗薨後，林衍在1269年6月11日廢元宗，立王淐為王，同年11月蒙古遣使詰問權臣林衍並廢王淐，復立元宗，後追諡為英宗。

恭讓王三年（1391年），禮曹上奏王淐是林衍篡立，不應該上廟號及致祭，恭讓王從之。

王溫（？－1271年），高麗王朝的一位王族，封承化侯。

王溫是清化侯王璟的長子，也是平壤公王基（高麗顯宗子）第七世孫。1270年，高麗元宗在元朝的授意下欲解散三別抄軍。這引起三別抄軍的強烈不滿，發動叛亂。三別抄軍的首領裴仲孫在江華島擁立承化侯王溫為王，公開與高麗朝廷對抗。不久放棄了江華島，改以珍島為據點。

1271年，蒙古、高麗聯軍一起進攻珍島的三別抄軍。當時王溫的弟弟王在蒙古當人質，並且與忽必烈關係不錯。忽必烈派遣王的兒子信安侯王雍、光化侯王熙前往征討。王囑咐王雍、王熙，要求設法儲存王溫的性命。但第一個攻陷珍島的卻是洪茶丘部，洪茶丘殺死了王溫及其兒子王桓。