而美國大陸軍方面林肯將軍也沒有信心擊退克林頓，他在查爾斯頓的外圍和沿海沙灘地帶也構築了大量防禦工事，並修建了兩座堡壘和眾多炮臺。他的手下還有9艘大小不一的戰艦，由惠普爾指揮，惠普爾並沒有率領艦隊出海迎敵，而是將艦隊佈置在河道中（查爾斯頓是位於兩條河中間的一個半島上，兩條河共用一個出海口，出海口處有一個島嶼就是沙利文島，現在已經與大陸連成一體）與兩個堡壘和炮臺一起組成一道堅固的防線。

查爾斯頓位置圖

在相持一個月以後，指揮海軍的英軍阿巴斯諾特上將打算憑藉海軍優勢攻佔沙利文島進入內河，這樣美軍的防線就不攻自破。但美軍艦隊指揮惠普爾卻認為英軍不瞭解河道的水文狀況，龐大的艦船進入內河後將擱淺而無法動彈，因此不但沒有進行攔截，反而主動讓開了防線，將美軍這支小小的艦隊後退到防線的後方。但他的舉動反而引起了阿巴斯諾特上將的警惕，沒有輕舉妄動反而將艦隊退了回去。

但華盛頓在得知林肯將軍的佈防情況後，寫信讚揚了他，但又特別告誡他不要固執的守衛沙灘，重點是查爾斯頓城市的防守。因為英軍憑藉海軍優勢攻佔沙灘並不難，但只要英國海軍無法進入內河，軍艦就無法威脅到查爾斯頓，所以應該將防禦重點放在城市上。

美國民兵

此時林肯守衛查爾斯頓很有點像《三國演義》中馬謖守街亭的意思，而華盛頓就相當於諸葛亮。其實此時華盛頓很想自己親自到查爾斯頓指揮防禦的，只是他現在無法離開紐約防線。據可靠訊息，大英帝國的北美事務大臣諾頓勳爵正親自率領援軍趕來，並準備在紐約登陸。因此華盛頓雖然很清楚英軍在南方開闢新戰場的目的，但他更不願意放棄紐約，一旦紐約防線再次失守，哈德遜河將門戶大開，大陸軍就會重蹈上次紐約戰役失敗後的覆轍。到那時，一切勝利都會化為烏有。

但華盛頓也沒有放棄對林肯將軍的救援，雖然他此時手下在新服役士兵到來後也只有1萬餘人。但還是在向大陸會議報告情況後，下令馬里蘭和特拉華兩個團計程車兵在馬里蘭指揮官巴倫.卡布爾的率領下前去救援林肯將軍。

而面對林肯的嚴密防守，克林頓將軍一時無計可施，對於查爾斯頓之戰他是非常的重視，因為他必須在南方開啟局勢才能一掃北方的不利狀況，否則大英帝國很可能再也無法在北美行使統治權，而他的前途也將變得充滿坎坷。為此克林頓將薩凡納的所有英軍調來查爾斯頓加強力量，而此時大陸軍在南方的主要兵力也集中於此，所以無須擔心薩凡納的後顧之憂。

到了4月7日，大陸軍弗吉尼亞准將伍德福特帶領700名士兵來到查爾斯頓，這是一支民兵部隊，是在得知查爾斯頓被圍的訊息後自願來此的，因此受到了當地獨立派民眾的歡迎。而與此同時，英軍阿巴斯諾特上將也率海軍艦隊佔領了沙利文島，親英派對此也表示了熱烈歡迎。隨後克林頓指揮英軍加強了包圍，透過修建戰壕幾乎把美軍完全包圍在查爾斯頓的城市裡。

在英軍的重重圍困下，林肯清楚必須保證城市北部庫伯河的通道，因為這不僅是大陸軍援軍的必經之路，也是守軍撤退的交通要道，如果庫伯河被英軍完全封鎖，那麼查爾斯頓的大陸軍就無路可走了。因此他在庫伯河通道設定了一些崗哨，又在查爾斯頓上游30英里處的蒙克斯科納建立了一座要塞，派遣休格將軍率軍駐守，以保證美軍道路的暢通。

而英軍克林頓將軍在完成對查爾斯頓的包圍後也開始逐步清除美軍外圍要塞，其中最重要的就是蒙克斯科納，為此他派遣塔爾頓和福爾森兩位少校前去攻打。塔爾頓和福爾森都是有名的冒險家，這兩人所部英軍向來以艱苦頑強著稱，也是英軍中戰鬥力極強的隊伍。

4月13日夜晚，塔爾頓帶著部隊向蒙克斯科納出發，在半路他抓住一名黑人，並從他的身上搜出美軍休格將軍寫的一封信，得知了大陸軍的部署情況。於是塔爾頓就給了這名黑人一些錢，要求他做英軍的嚮導，否則就殺了他，於是這個黑人毫不猶豫的就答應了。

在這名黑人的帶路下，塔爾頓進行了一次完美的偷襲行動，而美軍在睡夢中毫無知覺，英軍衝進要塞時就紛紛作了俘虜，試圖反抗的都被殺死，休格將軍和一些人趁黑夜逃入到附近的沼澤中。

而蒙克斯科納失守後，查爾斯頓被完全包圍，英軍又趁勢掠奪了蒙克斯科納附近的村莊並劫持了大批婦女。福爾森建議把他們全部處死。此時英軍韋伯斯特上校趕到前線並在他的強烈堅持下，這些婦女被放回，而被俘士兵則被關押留待法庭審判。

查爾斯頓戰役形勢圖

此時的查爾斯頓已經被英軍圍得水洩不通，林肯將軍決定想辦法突圍出去，但這時候城中的獨立派民眾則驚恐萬分，害怕英軍的報復而紛紛請願林肯將軍不要放棄他們。林肯將軍也不忍如此，遂決定集合美軍固守待援。在懷特上校的率領下，美軍騎兵開始巡邏，民兵也加入他們日夜防範英軍的進攻。而林肯則打算集結兵力奪回蒙克斯科納要塞。

克林頓將軍又從紐約調來增援部隊，圍攻查爾斯頓的英軍總兵力已經達到14000多名，塔爾頓在聽說美軍集結準備奪回要塞後，又帶領騎兵襲擊了美軍，造成了美軍40多名官兵的傷亡，並繳獲大量物資。

英軍開始攻城，在經過兩天的炮擊以後，士兵們渡過兩條河流，海軍艦炮也破壞了城市外圍的防禦工事，雙方的攻城戰異常激烈。但城內大陸軍雖然士氣高漲，民眾們也極力支援，只是彈藥物資等越來越少，繼續打下去已經沒有勝利的希望，而援軍又遲遲不見蹤影。

萬般無奈之下，林肯將軍在民眾的勸說下決定有條件的投降。經過幾天的談判，克林頓答應林肯提出的要求，美軍放下武器投降。

5月15日，除去傷亡外，美軍剩餘5200多名官兵列隊走出防禦工事到城外指定的地點放下武器投降，英軍答應不虐待任何官兵，私人財產也不受搜查，軍官還可以保留僕人；而民兵則放下武器回家，只是要答應不得再次參與戰爭；英軍對當地的民眾也不再追究其叛國罪行，民眾也不得有反對帝國統治的行為。

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