武德九年的前半年，李世民的日子可謂是相當難熬，太子李建成與齊王李元吉的政治聯盟對他實施了一連串的打壓，先是動用了前朝後宮所有的政治力量不遺餘力地離間他與李淵之間的父子之情，然後又用盡手段針對秦王府麾下的人，車騎將軍張亮、大將尉遲敬德先後被誣陷造反，鋃鐺入獄，隨後是秦王府最重要的智囊房玄齡和杜如晦被逐出秦王府，李世民所面對的形勢十分嚴峻。
在唐朝實行的“府兵制”，士兵忙時務農，閒時操練，戰時出征；一旦有戰，天子號令，將領統帥。所以平時就算像李世民這樣的大將軍，手中也沒有什麼兵權。在長安城中，秦王手中也就不到千名府兵；而東宮和齊王聯合起來，手下兵力大概超過了三千人，所以在武力值上，李世民也是處於劣勢。
就在這時，東突厥進犯北部邊境，李建成奏請由李元吉帶兵出征，並趁著這個機會，徵調了尉遲敬德，秦叔寶等秦王府麾下一干大將，以此徹底瓦解李世民所依賴的軍事力量。二人打算利用設宴踐行的機會，在宴席上誅殺李世民；李世民埋伏在東宮的一名臥底偷偷將訊息傳給秦王。終於，幾乎被逼上絕路的李世民決定要奮起反抗。下定了決心的李世民與長孫無忌、尉遲敬德共同謀劃，被逐出的房玄齡和杜如晦也換上道袍，以此掩人耳目匆匆趕回秦王府。這一晚，秦王府中燈火通明。
玄武門之設伏武德九年六月初三，長安城的天空中出現了“太白經天”這種詭異的天象，就在兩天前，六月初一的早晨，就已經出現過一次。太史令急忙密奏李淵：“太白見秦分，秦王當有天下！”《資治通鑑》。
李淵即驚詫又不安，如果秦王得天下，那麼太子該當如何？他絕不願意看到這樣的事情發生，於是命令傳召秦王入宮。當秦王畢恭畢敬的跪在武德殿的地面上，李淵憤然將太史令的奏疏扔在他面前，讓他觀看。李世民並沒有撿起，而是掏出了一份自己早已準備好的奏疏說：“兒臣也有時上奏。”李淵心中疑惑，接過奏表開啟細看。這一看，李淵的怒氣直往上湧，心口也不停的上下浮動，李世民居然狀告太子和齊王淫亂後宮。
不等李淵有所反應，李世民又接著說：“臣於兄弟無絲毫負，今欲殺臣，似為王世充、竇建德報仇！臣今枉死，永違君親，魂歸地下，實恥見諸賊！”《資治通鑑》
說來說去，最終還是兄弟之爭。李淵意識到，這場曠日持久的鬥爭終歸還是要有個結果，於是決定第二天召集朝中重臣，兄弟三人當面對質。但是在李淵的心中，明天的這場官司，秦王已經是輸的一方，因為私通後宮這種事情，又怎麼會有確鑿的證據，所以李世民已經逃不了一個蓄意誣告的罪名了。
武德九年六月初四的凌晨，一輪殘月還幽幽的掛在空中將隱未隱。一隊飛騎從秦王府出，隊伍最前面的就是神色逼人的秦王李世民，和他並駕齊驅的是秦王妃長孫氏，隨後是秦王府的十名文臣武將，再其後，就是秦王府中的百名精銳府兵。這支隊伍，直奔玄武門而去；玄武門是長安政治中心的命門，控制了玄武門就等於控制了長安城，此時玄武門當值的守將常何，已經早早的在宮門口接應，這位常何是李世民早早佈局在玄武門的一顆暗棋，秦王一行隨即進入了最有利的地形奶埋伏了起來。
玄武門之斬首幾乎是秦王設伏的同時，後宮的張婕妤就把他昨夜的奏疏告知了太子。齊王當即建議集結部隊，並稱病不入朝，靜觀其變。然而自信的李建成並沒有聽從，他認為如今的秦王不過是一個被去除了左膀右臂的光桿司令，掀不起什麼風浪了。於是命令侍衛集結待命後，太子與秦王策馬邁向了那個早已經準備好的伏擊圈。
當李建成一行緩緩進入玄武門，行至臨湖殿時，周圍怪異的寧靜讓他心生不詳，他向齊王低聲說：“恐怕有異！”並下意識的調轉馬頭。這時的李世民如一支離弦的箭一般從玄武門巨大的陰影之下飛馳而出，從背後追來，很快反應過來的齊王李元吉飛快的拉開弓弦轉身射向李世民，然而他一直以來引以為豪的弓竟然沒有能拉滿，三箭都停留在了距離秦王一丈遠的地方，恐懼和顫抖已經佔據了他的全部。而李建成則是瘋狂揮動著馬鞭，試圖逃往東宮。
李世民的弓箭，不偏不倚的劃出了一道凌厲的弧線，射入了李建成的後背並穿胸而出，大唐的開國太子就這樣倉促的死去；對於李世民來說，他政治上最大的敵手，那個一直佔據著他最想要的儲君之位的大哥就這樣簡單的死在了自己的箭下，似乎一直以來心中湧著的巨大力量突然消散。整個人都進入了一種恍惚狀態的李世民滾下馬躺在樹林之中。
李元吉看著大哥李建成胸前血紅，瞪大雙眼，一動不動，意識到死亡的逼近，就在這時，尉遲敬德率領騎兵衝上來，箭矢紛紛射向他，慌忙閃躲之間，李元吉被射中跌落馬匹。當他四處逃竄時看到了躺在地上神色木然的李世民，於是奪過李世民手中的弓，用弓弦緊緊勒住了他的脖子。就在李世民生死存亡之際，尉遲敬德及時趕到，李元吉無奈繼續逃跑。尉遲敬德一箭射出，李元吉應聲倒下。這場玄武門的“斬首”行動大獲全勝。
玄武門之情勢雖然太子與齊王斃命於玄武門，但是對於秦王府來說，形勢依然嚴峻。得知情況的東宮、齊王手下將領，率領兩千精兵迅速攻向玄武門，與守衛的秦王心腹敬君弘、呂世衡血戰，由於兵力懸殊，秦王陣營最終不敵，兩位將領也當場殉職。激烈的戰鬥並沒有停止，玄武門久攻不下，東宮和齊王府兵準備轉而攻擊秦王府。此時的秦王府中，精銳之人已經傾巢而出，根本沒有戰鬥的能力。就在這個危機的時刻，尉遲敬德縱馬趕到玄武門，手中還提著兩顆鮮血淋淋的人頭，東宮太子兵瞬間士氣全無，四散而去。
秦王李世民取得了這場鬥爭的最後勝利。而在玄武門兵變之時，皇帝李淵在幹什麼？史書中記載高祖與重臣正在悠然泛舟於湖上，直到後來尉遲敬德滿身血跡出現在他面前才知道情況。然而事實並非如此，這正是後來被唐高宗李世民所掩蓋的歷史。
這時的李淵仍然將李唐的政權牢牢掌握在手中，如果李淵採取措施，那麼李世民是無論如何也沒有勝算的，李世民沒有能力控制所有的人不向李淵傳遞訊息，所以他只能控制李淵本人，這是預防事態有變最有效的方法。就在殺死太子和齊王的同時，李世民已經派人進入太極殿，控制了李淵和身邊大臣的行動自由。
當尉遲敬德說出：“太子與齊王謀反，秦王已經率兵將二人誅殺！並特意派臣前來護駕。”李淵的心中只有苦澀，聽著身邊一向傾向於秦王的大臣勸說他封李世民為太子時，說出了：“你們說的對，我也有此意。”因為李淵已經別無選擇。沒有人知道，如果當時李淵不願意順從李世民，李世民是否會有“殺父”的行動，但是我認為，此時的李世民，已經做好了最壞的打算。所以“軟禁李淵於太極宮”這一行動就被史書中編纂為“泛舟於湖上”，因為李世民不敢也不願意將那時心中的罪惡公眾於世。
發生在玄武門的這場戰爭也是唐太宗一生最難的戰爭，對於他本人來說，雖然贏得了天下，這一段殺兄逼父的往事是他心中永遠無法抹去的隱痛；但是對於大唐帝國來說，這一戰，掀開了歷史新的篇章，輝煌而燦爛的貞觀時代正在徐徐走來。但是終究世人沒有忘記，在貞觀不朽的豐碑之下，還埋葬著李建成和李元吉荒涼的墳冢。