中途島之戰聯合艦隊第一機動艦隊的航母全軍覆沒，日軍剩下的“翔鶴”“瑞鶴”兩艘重型航母還在維修中，剩下的四艘輕型航母只能欺負中國這樣海軍實力貧弱的國家，因此日本海軍可謂是元氣大傷。為了鼓舞士氣，裕仁天皇親自做出了隱瞞真實戰況的決定。

他在6月9日任命東條英機的親信安藤紀三郎為國務大臣，專門處理此事。在6月10日的陸海軍聯席會議上，海軍按照裕仁天皇的旨意對與會的陸軍高官宣揚了截然相反的戰績。軍令部還給下屬軍官釋出命令：“最終決定我方在中途島海戰中的損失為一艘航母，另一艘受到重創，一艘巡洋艦受重創，35架飛機玉碎”。6月11日裕仁天皇下令軍令部：“中途島的傷兵必須在嚴密措施下返回日本，並且禁止與外界接觸，直到他們傷愈後精神振作，緘口不談，重新得到任命。”同一天，日本報紙宣稱日軍擊沉了兩艘美軍航母。6月15日，日本聯合艦隊的參戰士兵返回柱島基地，傷病員被嚴格限制自由。參與作戰的陸軍一木清直支隊的官兵也被嚴令不準談論中途島海戰，他們在兩個多月後被大本營派駐到瓜達爾卡納爾島作戰，很快全軍覆沒，他們和美國海軍陸戰隊爭奪的重點就是以安德森名字命名的“安德森機場”。拍攝了中途島海戰的隨軍記者牧島定內在踏上日本的國土後就被關在了收容所內長達數週，釋放後他被憲兵警告禁止踏入東京一步，否則的話就會受到逮捕。不久後，他被髮配到遠離人間的南太平洋地區，在整個戰爭期間無法向任何人透露事情的真相。日本海軍在裕仁天皇的支援下完美的執行了欺騙國民的任務，以至於讓日本首相東條英機都長時間不知道中途島海戰的真相。直到半年後，東條英機才意外的得知戰爭的真實結果。

作為戰爭的主要參與者，山本五十六並沒有得到失敗的懲罰。他依舊是日本全體國民的偶像，繼續指揮聯合艦隊的作戰。他在日本戰略問題上的發言權因為戰敗而大大喪失，軍令部在1942年下半年開始執行自己夢寐以求的南太平洋作戰計劃，山本五十六隻能被動執行。從1942年8月開始到1944年2月，日美兩國展開了血腥的所羅門消耗戰，日本的空中力量在這一年半的時間被美軍消耗完畢。在瓜島爭奪戰的6個月中，日本喪失飛機893架、駕駛員2362名。在戰役的第二階段中，殘酷的海空戰總共使日本喪失飛機6203架，駕駛員4824名。在整個所羅門航空消耗戰中，日本合計損失飛機7096架，相當於開戰初期所擁有的2172架飛機的3倍以上。

山本五十六也成了這場殘酷消耗戰的犧牲品，和中途島之戰一樣山本五十六也死於關鍵情報被破解。1943年4月18日早晨，山本五十六不顧當地陸軍指揮官今村均大將關於遭伏擊風險的勸告，搭乘兩架三菱一式陸攻快速運輸機從拉包爾按時起飛前往索羅門群島布干維爾島附近的野戰機場，希望在那裡鼓舞更多的士兵為日本發動的聖戰獻身。

山本五十六的座機被從瓜島機場起飛的18架加掛副油箱的P-38式戰鬥機截擊，死於列克斯·巴伯中尉之手。山本五十六戰死後反而贏得了更大的榮譽，日本軍國主義需要這個完美的形象代言人。山本五十六被授予了元帥稱號，他所犯的錯誤甚至在戰後被日本人掩蓋。山本五十六給自己家鄉新潟縣長岡市帶來的最大影響就是美軍對這個名不見經傳的小城進行了毀滅性大轟炸，徹底摧毀了小城七成以上的建築。

作為中途島戰敗的直接責任人，南雲忠一也沒有被直接解職。他還擔任了新組建的第三艦隊司令，指揮了聖克魯斯海戰。戰後他被被遣送回國，任佐世保鎮守府司令。1943年6月，轉吳鎮守府司令，並於10月兼任第一艦隊司令。1944年3月，由大本營任命為中太平洋方面艦隊司令兼第十四航空艦隊司令，駐地塞班島。這是日軍大本營借刀殺人的伎倆，因為塞班島是美軍的必爭之地，在上任前南雲忠一向自己的兩個兒子說出了大量中途島之戰的祕聞。1944年7月6日，南雲忠一眼見失敗在即，就自殺身亡。