所謂近代科學主義，即是把近代物理學、化學基礎上發展起來的分析、還原性觀念和研究方法，視為評定一切科學的至上信條和惟一標準的看法。 近代科學主義對中醫的干擾，與機械唯物主義不無關係。在當代生命科學界，一個帶有普遍性的問題是，機械唯物主義助長了近代科學主義，近代科學主義加深了機械唯物主義。儘管一百年前“動物是機器”、“人是機器”這種觀點，已經受到西方科學哲學家的深刻質疑，然而在今天的中國，這種觀點仍然牢牢地束縛著中醫，當然也同樣干擾著西醫自己。 20世紀前半葉，持近代科學主義的代表人物是餘雲岫。他於1917年出版的《靈素商兌》一書，完全從西醫角度出發，全盤否定《靈樞》、《素問》的醫學觀念和基礎理論。他於1929年“南京政府”第一屆中央衛生委員會上，提出了“廢止中醫以掃除醫事衛生障礙案”，第一次發出了廢除中醫的叫囂。1950年，他又在建國初期的全國衛生工作會議期間，改換包裝，老調重彈，又一次提出了“改造舊醫實施步驟草案”。他是到日本留學西醫的學者，頭腦中只有分析、還原基礎上的西醫，其重點始終盯在中醫的基礎理論上。他欲透過“墮其首都也，塞其本源也”，把中醫的基礎理論統統廢除。他可以容納的，只是脫離了中醫基礎理論體系之後的處方和藥物。因此他後來也被稱之為“廢醫存藥”的代表者。 20世紀50年代初的“中醫科學化”，意在改造中醫。改造之法，即要求開業中醫必須透過西醫若干門基礎理論課程的學習和考試，用西醫的基礎醫學，取代中醫頭腦中的中醫基礎理論。受這一做法的影響，1956年建立中醫高等教育時，西醫基礎醫學的全部課程以“醫學科學”的名義被納入了中醫教育之中。這就使學生從進入中醫大門之時，便踏上了“西化”中醫的誤區。 20世紀50年代末，中醫科研上開始實行“雙重學術標準”。所謂的“雙重學術標準”是指：既承認中醫是科學的，又將中醫自身的發展與完善寄託在西醫學術觀念和方法上。以後的事實證明，近50年來“發掘”、“提高”中醫的主流，其實就是由“雙重學術標準”所鑄成的“中醫西醫化”。 按照本人的研究：“以系統方法研究整體層次上的機體反應狀態所形成的防病治病的科學體系，謂之中醫學”；而“以還原性科學方法研究人的器官、組織、細胞、分子層次上的結構與功能所形成的防病治病的科學體系”，則是西醫的生物醫學。基於這兩個定義，依據科學哲學家庫恩關於不同正規化的學科之間不可通約性的原理，今天我們完全有理由說：其一，中醫和西醫是兩種完全不同的醫學科學體系。其二，在可預見的將來，“創造”出在科學（理論）層面上的“中西醫結合醫學”是異常困難的。其三，中、西醫兩種醫學在保持各自科學（理論）特色的前提下，促進兩者在臨床技術層面上的“配合”，必將是我國醫學界長期、艱鉅的歷史使命。 幾十年來近代科學主義潮流所產生的對近代科學的迷信，使人們忽視了美國科學哲學家庫恩先生所強調的不同“正規化”的科學之間“不可通約性”的原理。如果人們早一點懂得分析(還原)性科學與綜合(系統)性科學之間，中醫與西醫之間不可通約性的道理，相信在中醫學術上不會出現“西化”中醫和“創造”“中西醫結合醫學”的問題。所以，“科學上本來不可為，卻要人為地強為之”，這是幾十年來國內在“西化”中醫和“創造”“中西醫結合醫學”中偽科學、假科學問題的根源。這裡僅舉以下幾點，以資說明。 第一，不承認或輕易否定中醫基礎理論的科學性，認為中醫是經驗醫學；不承認中醫的研究物件，即證候的客觀實在性。 第二，中醫的藏象學說，是建立在天人相應基礎上的，是以模擬性概念所表述的，是以系統性科學方法架構而成的“四時五藏陰陽”之藏象。而否認中醫藏象學說的固有正規化，執意用分析、還原性研究方法為其“尋找”結構、功能意義上的所謂“本質”或“物質基礎”，亦當屬偽科學之舉。 第三，在“證”的研究上，其問題更多。首先，“證”原本是中醫意義上的臨床表現，或稱之為整體層次上的機體反應狀態。它是人的感官所及的、感性認識層面上的疾病表現。而在“證”的研究中，卻將它理解為與西醫病理相應的中醫意義上的病機。其次，病機原本是中醫理性認識的產物，是對疾病本質特點的揭示。而“證”的研究中卻以西醫“症候群”的感性層次的標準，來取代中醫病機的理性認識原則。這對於中醫認識疾病本質的固有水平來講，顯然是由理性層次向感性層次的倒退。 第四，在中藥的研究上，“用西藥藥物物理和藥物化學的方法，按照西醫生理和病理的原則，從中藥材中提取西醫認為的有效成分，然後根據西醫臨床藥理的指徵用於西醫臨床的藥物，應當劃歸為西藥”。這原本是西藥發展中的一條老路。而長期以來，卻將其視為中藥現代化的主要方向。 第五，20多年來，充斥醫藥市場的假醫、假藥、偽氣功、偽保健品等等，都在上述形勢下打著中醫中藥的招牌招搖於市。其中的偽科學、假科學問題，更為突出。 回顧往昔，堅持“西化”中醫，是近代科學主義的學術立場；堅持用“西化”中醫的做法能否“創造”出“中西醫結合醫學”，值得我們反思。50年來,我們在這方面交的“學費”已經太多，最令人痛心的是它直接導致了中醫學術的衰落。當此高揚“科學發展觀”之際，願危害中醫的近代科學主義問題，能夠在中醫藥發展中得到有效的遏制。