我們新疆好地方，天山南北好風光，藍天湖水白樺林，如詩如畫牧羊人。這是人們今天看到的新疆阿爾泰，但一百多年前阿爾泰並不屬於新疆。

1911年12月28日，中華民國成立不久，外蒙古宣告獨立，脫離中華民國，建都庫侖(今烏蘭巴托）。1912年5月，在俄國的支援下，外蒙進犯科布多(今外蒙科布多），時任科布多參贊溥鐧向北京政府、新疆都督告急。北京政府電令新疆都督揚增新派兵赴援，揚增新接到電令後，立即組織精銳北上。俄國領事聞訊連續照會新疆政府，進行阻止，揚增新回覆說：“科布多為中華民國領土，即在本國大總統施行政治權範圍以內。現在該處出有亂事，本都督迭奉本國大總統命令派兵援往，是本國政府為平定內亂起見，與貴國毫無關係。”

1912年8月20日，援軍未到，外蒙軍隊攻陷科布多，新疆援軍駐守察罕通古。1913年7月外蒙軍隊襲擊察罕通古，分三路進犯阿爾泰，新疆軍隊投入戰鬥，打響了“察罕通古戰役”，以外蒙軍隊失敗告終。1913年11月北京政府與俄國簽訂《中俄宣告檔案》，科布多併入外蒙古。1913年12月21日簽訂《阿勒泰科布多中蒙軍隊駐紮線臨時停戰條約》，雙方均在規定時間內撤軍，科阿戰爭結束。1919年4月，民國政府釋出大總統令，阿爾泰歸併新疆省。

清朝初年，阿爾泰屬科布多參贊大臣管轄。清朝末年，設阿爾泰辦事大臣。民國初年，改稱辦事長官，直隸中央。1914年4月，中央政府改阿爾泰辦事長官轄區為道，並歸新疆轄制，撤銷阿爾泰辦事長官，任命周務學為署理阿爾泰道尹。