武德九年六月初四的清晨，一場異常兇險的政治博弈發生在玄武門前，最終以李世民的勝利為這場弒兄殺弟的戰爭畫上了句號。當滿身浴血的尉遲敬德來到李淵的面前，告訴他太子和齊王叛亂，已被秦王率軍誅殺，這也似乎是意料之中的噩耗讓這些年過古稀的老皇帝感到一陣暈眩，身體搖搖欲墜，自己長久以來苦心經營的政治平衡終究還是傾覆了。但是此時，玄武門前的兵戈還沒有停息，禁衛軍、秦王衛隊和太子齊王衛隊還在鏖戰，尉遲敬德請求皇帝下旨，授權秦王節制各路人馬。李淵感到頭痛欲裂，此時除了照做，他還能有什麼辦法呢？可是這一場政變的鮮血還遠遠不夠。

雖然太子和齊王已經被剷除，但是這一場政治鬥爭下的鮮血流淌依然沒有結束，首當其衝的就是他們的子嗣。如今太子和齊王的勢力依然殘存在朝堂之上，對於李世民而言，這些年幼的侄子就是一種潛在的復仇力量，等他們長大成人，或許就會走上覆仇的道路，又或許被那些有心之人所擺佈；與其這樣，不如趁早動手，斬草除根。

所以，在六月初四玄武門政變結束後的下午，秦王府的一隊親衛衝進了東宮和齊王府邸，那些原本皇族最尊貴的皇子們，還沒有來得及為失去父親而悲哀，就被扼殺在屠刀之下。絕望和恐懼佈滿了兩座府邸的上空，史書中沒有過多的記載，只知道太子和齊王各有五個兒子死於這次屠殺。但是李建成如今三十八歲，李元吉不過二十四歲，那麼他們的兒子能有多大，或許最大的也不過弱冠之年，小的或許尚在襁褓，但是他們短暫的人生，卻共同終結在這個下午。

這就是權力鬥爭的殘忍所在，每個人或許都不得已。換個角度來想，如果在玄武門政變中獲勝的是太子一派，那麼繼秦王死後，秦王的兒子們是否能逃過政治的抉擇呢？答案不得而知，但是覆巢之下，焉有完卵？

東宮和齊王府被李世民連根拔起，但是秦王的部將們並不想就此終結，處理了兒子們，還想要殺光他們的左右親信百餘人。不過萬幸的是尉遲敬德站出來反對，表示元兇既然已經伏誅，如果再擴大殺戮面積，會使得人心無法安定。而李世民也接納了這個建議，一場血色屠殺才宣告終結。

當天，唐高祖李淵就昭告天下，稱：“叛逆之罪，止於建成元吉二人，其親近黨羽一律不予追究。朝政大事均交由秦王裁決！”六月初五，玄武門事變之時率領太子、齊王親兵攻擊玄武門的馮立、謝書方等人主動投案，李世民贊他們為義士，都無罪開釋。六月初七，李淵下詔正式冊封李世民為皇太子，並再次詔令：“自今日起，國家的大小事務均交由太子，裁決之後再行奏報。”這也就意味著李世民真正的成功了。

李世民成功的入主東宮後，仍然廣泛的宣告他對待太子黨的寬大政策，前有馮立等人無罪開釋，隨後又啟用原東宮中的骨幹魏徵、王珪等人。李世民所表現出來的寬大為懷、既往不咎的姿態，有效的安撫的原本與他敵對的眾人的心，不過雖然長安城中恢復了和諧，因為政變引發的效應仍然還是無可避免的擴散到了地方。

益州（現四川成都），是由李世民掛職尚書令，但是在由竇軌任左僕射，負責當地的一切事物。竇軌是李淵夫人竇氏族人，也算是一門外戚，此時益州行臺的兵部上書韋雲與他一直不和睦，這位韋雲及其宗族中人都與李建成私交甚好。所以當玄武門事變的風吹到了益州，竇軌就動了殺死韋雲的心思。但是此時朝廷關於“大赦”的詔書也到了，竇軌對詔令視而不見，在府中埋伏親兵，當場誘殺了韋雲。

繼益州時候，幽州也爆發了一起嚴重的派系鬥爭事件。李璦，時任幽州大都督，是李淵的族侄，幽州地理位置十分重要，李淵不放心外姓將領，所以派他駐紮在此。不過李璦此人生性懦弱，才能不足，李淵還為他配了副手，一員猛將王君廓。

李璦是太子一黨，當玄武門事件發生後，李世民發出了寬大的訊號。對於幽州的李璦，李世民則是派人敦促他回長安。但是他卻認為李世民是在誆騙，終日惶惶不安。王君廓把李璦的狀態都看在眼裡，假意安慰，說：“如今長安有變，情況未知。一旦入朝必然會凶多吉少，您在幽州擁兵數萬，又怎麼能甘心自投羅網呢？”

就這樣，李璦走上了一條悲劇之路。他下令逮捕了李世民派來的使臣，逼迫他交代京都的真實情況，但是這位使臣誓死不從。李璦一面囚禁了他，一面下令所轄州縣徵兵集結，並命燕州刺史王審火速趕來薊城。李璦麾下的參軍王利涉素來不信任王君廓，於是規勸李璦，最好是殺了王君廓。直到王詵已經到了，李璦的心仍然左右搖擺不定。

王君廓當機立斷先趁著去拜訪王詵，砍殺了他，隨後提著王詵的人頭走進軍營，告訴眾將士李璦和王詵密謀造反，號召眾人同他一起討伐逆賊，建功立業。當李璦知道時，才知道一切都是王君廓的陰謀，但是一切都來不及了，最終被王君廓生擒，當場溢殺，並將首級送至長安。

武德九年六月初四的這一場政變，恐怖的氣息逐漸蔓延到了帝國的各個角落，資治通鑑中有記載：“太子建成、齊王元吉之黨散亡在民間，雖更赦令，猶不自安，徼倖者爭告捕以邀賞。”雖然李世民屢次頒佈詔書，但是仍然遏制不住人們競相密告以此邀賞的勢頭。曾經的太子黨，如今的諫議大夫王珪多次請求太子李世民設法遏制這股風氣。到了七月初十，李世民不得不再次下令：赦免所有玄武門時間和李璦謀反案中的牽連者，禁止一切告發行為，違令者則以謀反罪論處。

同時李世民派遣了魏徵前往山東地區，希望他能以曾經東宮舊臣的身份，安撫逃亡在各地的太子餘黨，並遏制當時的告密和濫捕濫殺的風氣。魏徵行至磁州（河北磁縣）一帶時，正碰到當地政府押送兩個人到京師問罪，二人正是李建成和齊王府中人，當即下令釋放，並對當地政府官吏說：“我受命宣慰各地，前太子於齊王左右之人都被赦免，如果這二人被送往京師，那麼又有誰肯相信呢？”

我們無法得知，在玄武門事變之後，在唐朝的地圖上發生了多少利用派系鬥爭的機會而製造的陰謀、慘案，但是我們知道，武德九年的六月初四，註定是李唐王朝永遠也無法癒合的傷口，無法消失的隱痛；也許世間將迎來宏偉磅礴的貞觀時代，但是埋葬在這個時代之下的，是我們無法計算的荒涼墳冢。