萬曆二十五年是丁酉年，所以這次日軍的再次進犯被朝鮮人稱之為“丁酉再亂”。

不過這次日軍顯然不如上一次那麼氣勢洶洶的，日軍的表現總體來講就是宣戰叫的震天響，部隊集結卻十分緩慢。由於前次壬辰戰爭已經消耗了秀吉巨大的經濟基礎和軍事實力，這次出征日軍本來就準備不足，加上集結部隊十分拖拉。等到最後一波的宇喜多秀家軍團渡海登上朝鮮半島，時間已經到了這一年的七月底了。所以在這丁酉年的前半年，日軍全部用來集結部隊和準備作戰物資，根本無力向朝鮮半島的縱深發起進攻。

而這次，朝鮮人顯然比上一次的反應快了不止一倍，自從一月份加藤的軍團登陸以後，朝鮮人就飛報漢城的李昖。李昖這次半點也沒有猶豫，命人快馬加鞭飛報明朝，還分兩撥求救，一撥朝遼東去，一撥朝北京去。當時駐朝明軍的實力已經所剩無幾了，只剩下楊元在南原的三千兵馬，這點實力顯然不夠抵抗日軍的。所以接收到朝鮮快馬加急的求救的大明朝廷此時還在爭論沈維敬到底是不是個騙子，好不容易從騙局中反應過來大明兵部也迅速行動起來。

這次萬曆皇帝也是煞費苦心的任命一系列官員主持這次援朝戰爭，特命寧夏總兵麻貴為備倭總兵急赴遼東集結部隊，命都察院右僉都御史楊鎬為經略朝鮮軍務，同時兵部侍郎邢階加尚書銜，總督朝鮮軍務。至5月份，明軍第一批入朝軍隊已經超過了3萬人左右，其中17000兵馬跟隨總兵官麻貴駐守漢城，楊元率3000遼東鐵騎駐守南原，吳惟忠率4000浙江兵馬駐守忠州，茅國器率4000餘人駐守星洲控制島嶺等要道。明軍的戰略企圖非常簡單，就是希望各駐守部隊能夠利用有利地形守住現在的陣地和城池，等到邢階在遼東集結齊四萬大軍以後，合兵七萬的明軍就可以對日軍進行戰略反擊。

五月份到七月份，朝鮮水師與日本水師進行了幾場決戰，雙方各有損失，都並未有效完全擊潰對方的水上力量。但是在七月份的漆川梁海戰中，胡亂指揮的朝鮮水師指揮官元均幾乎將整個朝鮮水師徹底葬送。日軍水師頓時氣勢大漲，控制住對馬海峽的制海權。

與此同時，陸地上的對決也在迅速展開。日軍此次不像五年前壬辰戰爭那樣兵分三路大舉火速進攻了，日軍此次進攻將兵力集中為兩個方向，分為左右兩路兵馬。右路軍總指揮小早川秀秋率領六萬人馬進攻慶尚道，以吸引明朝聯軍的注意力。左路軍總指揮宇喜多秀家則被給予厚望，率領五萬人馬全力進攻南原，秀吉寄希望利用右路軍的佯攻，幫助日軍左路軍迅速拿下全羅道，這樣就可以減小朝鮮水師對日軍的威脅。而且日本水師也就可以利用在全羅道的港口進入黃海，戰略空間得到極大延伸。

朝鮮八道

順著這個思路的日軍首先在右路展開猛攻，明軍本來主力就是在右路的慶尚道，充當開路先鋒的加藤清正進攻昌寧，結果由於此地地形險要，無奈繞道攻取黃石。右路軍虛晃一槍，目標直逼全羅道首府全州城。就在右路軍吸引聯軍的注意力的同時，宇喜多秀家氣勢洶洶的率領大軍直逼南原。八月初七，其前鋒島津義弘部抵達求禮，進入南原地界。此時楊元手上只有六千人馬，分別是三千明軍，三千朝軍。他早在六月份駐守南原時就命人加厚城池，城門上安裝了三門大炮。四周將壕溝挖深，做出一副死守的樣子。駐守全州的陳愚衷因為日軍右路軍對全州的虎視眈眈，遲遲不敢增援南原。

八月十三日，日軍主力抵達了蓼川邊，此地距離南原僅四十里地。為了煊赫武力，宇喜多秀家命令部隊展開兩道陣線，漫山遍野日軍旗幟插滿了南原城西南方向，聲勢浩大。楊元則決定死守城池，不與敵優勢兵力在原野對決，固守待援。八月十三日當天，日軍首先命令小分隊對南原城的防守進行試探，由於楊元的嚴防死守，日軍沒佔到什麼便宜。到了十四日，日軍開始大舉向南原城發起進攻。首先是南門，由於南原城南門外居民房屋頗多，戰前楊元雖然命令毀掉這些房屋，但是日軍躲在殘垣斷壁中，對城牆上的守軍進行火力打擊，守軍陷入嚴重的被動。很快，日軍又在東城架起了高棚，其高度比城牆都高。日軍站在上面對城內守軍進行火力壓制，守軍利用火銃對射，但是射程不夠。中午時分，日軍又從西門外的萬福寺廟內搬出四座天王雕塑，放在車上在西門到處晃悠，進行挑釁。楊元知道，如果不對日軍進行反擊，士氣會一落千丈。

當天下午，楊元率領一千精銳出城與日軍進行野戰。日軍當然就等著守軍出來，楊元的一千人馬剛出城，就被數倍於己的日軍圍了上來。遼東軍也確實能打，雖然兵力不足，但是依舊依靠城池，與日軍打的難解難分。這一仗猶如碧蹄館那般，日軍也沒有佔到什麼便宜。十五日，小西行長派人勸楊元撤退，被楊元拒絕。當天深夜，日軍突襲南原城。日軍從南、西、東三個方向對南原城發起總攻，同時在北門外埋伏，準備截殺守軍逃兵。

當天晚上下起了大雨，導致聯軍的火器失靈，日軍趁機利用人數優勢迅速靠近城牆。進攻南門的藤堂高虎不計傷亡的對南門發起猛攻，他本人率先登上城牆上與守軍展開白刃戰。太田一吉則率人砸開了南門的城牆，日軍就這樣洶湧般的突入南原城中。當時楊元聽到南門失守，知道已不可為的他迅速帶領十幾名親兵突圍。但是久經戰陣的他知道北門外絕對有日軍伏兵等著守軍潰退，於是帶領親兵向西門突圍。攻入城內的日軍見人就砍、大肆屠殺，城內軍民紛紛向暫時沒有被進攻的北門聚集。潰兵們剛從北門撤出去，就被日軍攔腰截斷，損失慘重。

楊元則憑藉著自己多年的戰爭經驗，瘋狂殺出一條血路，狼狽逃亡。等到他抵達恩肆館後，清點人數發現只有一百多人了。此戰明軍損失極為慘重，約2700餘人陣亡，可以說是一場大敗！

此時守衛全州的陳愚衷徹底慌了，南原一旦失守，左路軍就可以直逼全州城下了，加上右路軍對全州的壓力，他一下子要面對將近十萬日軍的進攻。全州居民紛紛奪路而逃，守軍本想阻止，卻被急於逃命的城內百姓衝亂，全州城門都被拆了！陳愚衷沒有辦法，他只有2000餘人，根本抵擋不住日軍的壓力，索性放棄全州迅速向北撤退。八月二十五日，日軍即攻破全州。死性不改的日軍在全州城再次製造了一場大屠殺，這是日軍的又一場大規模屠城。

戰後受傷的楊元被明廷以棄軍陷城的罪名下獄，一年多以後與沈維敬一起被處死。而陳愚衷則以不戰而逃的罪名，被責令一百軍棍並充軍陣前！

但不管這兩位將軍的結局如何，北京朝廷聽聞南原與全州失守的訊息後，大為震驚。因為佔領了整個全羅道的日軍對於大明東海岸就有了嚴重威脅，明廷不得不下令山東及南直隸各處修備海上防務，以備倭寇襲擾。

且說日軍攻破全州後，由小西行長轉向全羅道各處掃蕩朝鮮水師，其餘日軍兵分兩路從京畿道和忠清道向北進發。此舉將還在漢城的朝鮮君臣嚇得不輕，他們手忙腳亂的就要打點行李往北逃跑。此時守衛漢城的麻貴手上只有八千人馬，他也感覺守衛漢城的難度太大，也想棄城北撤。

就在這人心惶惶之時，身在平壤籌集糧草的楊鎬於九月三日單騎闖入漢城！