門金甲1917年3月出生於山東省廣饒縣大王鎮田門村一箇中農家庭，家境貧寒，靠父母、哥哥種地和外出打工掙錢來維持生活。

門金甲自6歲起在本村讀私塾。1931年考取縣立第四小學，時值“九一八”事變，門金甲積極參加愛國運動，上街宣傳發動抵毀日貨。1933年考取廣饒縣立初級中學。1936年中學畢業後，考入濟南高中，因學費不濟輟學回鄉務農。是年8月，在共產黨人辦的小學裡任教，既掩護地下黨開展祕密活動，同時，又向高年級傳播進步思想。

1937年門金甲考取益都省立第四師範學校，在師範期間，受到地下黨員的培養教育。經常閱讀《嚮導》、《新青年》等進步刊物，由於受新思想的影響，積極參加革命活動。“七七”事變後，門金甲積極參加地下黨組織的抗日宣傳隊，宣傳抗日救國。1939年初，門金甲毅然參加了八路軍山東縱隊第三支隊，任特務連文化教員，後調團政治部任政治幹事。同年由團政治委員嶽拙園和延寧介紹加入中國共產黨。1940年春，門金甲先後任基幹六營七連副政治指導員，基幹二營五連政治指導員，率部隊在參加壽光陳家馬莊戰鬥中右胳膊肘中彈負傷。11月，在參加攻打毛王偽軍李青山部時腿部負重傷。

1941年，門金甲調任清河行署祕書主任，9月，任廣北行署主任， 協同張力群開闢、建立廣北根據地。1943年2月，廣北行署改稱廣北縣，門金甲任縣長。他積極發展抗日武裝，組建廣北縣大隊，併兼任縣大隊長。他發動群眾大挖抗日溝運動，改造地形、地貌，建立手榴彈工廠，對日開展地雷戰，團結各階層抗日力量，開展挖坑埋糧、蔽井斷源、間壁衣物、空舍清野，堅持對日本侵略軍反“掃蕩”、反“蠶食”鬥爭。狠狠打擊了日偽軍的囂張氣焰，鞏固和發展了廣北抗日根據地。

抗日戰爭勝利後，1945年8月，渤海區黨委決定撤消中共益（都）、壽（光）、臨（淄）、廣（饒）四邊縣委、縣政府建制，恢復廣饒縣，門金甲任縣獨立營營長。門金甲率縣獨立營、公安機關進駐廣饒縣城。同時，建立了城防司令部，門金甲任廣饒縣長兼城防司令。他發動群眾對暗藏的偽頑組織和反動“會道門”進行清查，安定了民心，保護和發展城鎮工商業。當偽匪李青山、成連基接受國民黨改編，不斷潛回內地搞破壞和暗殺活動時，門金甲發動群眾，帶領地方武裝開展剿匪、反特、反頑鬥爭，發動群眾反奸、反霸訴苦運動，清除反動組織，處決罪犯保衛勝利果實。

1947年，國民黨重點進攻山東，黃河水迴歸故道。門金甲帶領民工冒敵機轟炸，搶險護堤，為黃河安全歸故道做出了貢獻。1947年初，門金甲任渤海行署支前糧食供應總指揮，率領100多名幹部支援前線。1948年冬，淮海戰役進入決戰階段，門金甲率900輛糧車，日夜兼程，把糧食運往前方各部隊，出色地完成了支前任務。

1948年11月，門金甲調任山東北運河河務局局長；1952年春，任山東黃河河務局辦公室主任，後任副局長。他與工程隊共同研製成功了“爆破冰凌新工藝”，解除凌汛之險。1956年，調任三門峽工程局辦公室主任兼駐京辦事處副主任、任中央水電部辦公廳副廳長；1958年調任黑龍江省水利廳廳長， 建立水利電業學院。1977年，任黑龍江省科委副主任。1983年離休，1995年9月29日病逝於大連。