歷史上日本開始出現人類文明是繩文時代，一些考古專家根據挖掘出當時的日本人大腿腿骨推算得出，那時候的日本男性平均身高大約是1米58，女性是1米49左右，後來的日本人學會了種植水稻，基本的溫飽得以解決，平均身高提上去了一些，男性在163釐米左右，女性為152釐米。

歷史推進到日本的封建王朝，政府頒佈了“禁肉令”，加上自然災害頻繁發生，因為長期吃素，營養不均衡，日本人的平均身高達到歷史最低：男性平均身高只有1米55，女性更是隻有1米43。

在明治維新時代，日本出了一個“女巨人”，名叫坂本乙女，她身高達到了1米74，體重為112斤，就算到了現代也是一個大塊頭，而相比於當時最高也只有1米6的男性都高上一頭，更不用說最矮只有1米24 的了，所以她是當時當之無愧的“女巨人”。

她的弟弟也是當時有名的“男巨人”，身高是173釐米（也有說法是182釐米），體重是80公斤，和他們倆兄妹一樣出名的“巨人”還有西鄉隆盛，身高達到1米79，體重更是有103公斤，可以說是差不多為正方體身材了，也是名副其實的大塊頭，他們三人是當時日本的“維新三傑”。

所以到了明治天皇時代，就開始倡導提高人種質量，也得到了明顯的改善，到了1954年，日本政府還通過了《學校給食法》，就是學校給學生提供營養均衡的午餐，後來還在午餐里加入了牛奶，在此期間也提出了“一杯牛奶強壯一個民族”的口號。

提高身高還少不了運動，自1964年如本東京奧運會舉辦成功之後，日本大大提高了對體育事業的重視程度，國民的體育熱情空前高漲，甚至還規定了一年一度的“體育日”在10月10號，後來更改為每年10月的第2個星期。

這一系列的改善措施也是有用的，根據資料顯示，進入21世紀之後，日本男性的平均身高達到了168釐米，女性在155釐米，北海道的資料則普遍高於全日本的平均資料，男子的平均身高為170釐米，女子為158釐米，已接近2020年的最新資料。

雖然現在的日本平均身高高於我國，但是日本人是通古斯人和蒙古人種的混血，身材矮小是刻在基因裡面的，所以雖然日本人現在的身高得到了提高，但是她們的種族已經決定了他們的身高不會產生太大的變化，因此現在的平均身高有可能就是他們的峰值。

而海德爾斯堡大學的人種實驗室的Gulden教授也在世界遺傳學大會上發言說：“有目共睹的是，日本在改良國民體質方面做出了卓越成就，但我要指出的是，因為遺傳基因決定的關係，日本人在體質改良方面已經達到了極限·····”