明十三陵是明成祖朱棣派遣全國風水名士而選定的皇陵區。古時候看風水，主要考慮的是地下水位、地氣、土質等自然條件，以及棺木、屍體能否較長時間儲存的問題，並未涉及與子孫後代的關係。秦漢以後，隨著堪輿、相宅之風的盛行，開始摻進了許多迷信的成分。這種迷信色彩的加重，使許多相信風水之說的人認為，墓地選址的好壞與吉凶，直接影響到現實人生，如果墓地風水好，會給子孫後代帶來運氣，否則就要倒黴，並使家道衰敗等等。後來，東晉郭璞寫了一本經典風水學著作《葬書》。書中說，作為墓地，能具備左青龍、右白虎、前朱雀、後玄武等條件，就算是上乘寶貴之地。郭璞所說的條件，其實就是指靠山臨水、枕山面水、背靠山峰、面臨平原。
明成祖朱棣
據《興國衣錦三僚廖氏族譜》記載，明永樂五年（1407年），明成祖的徐皇后病故，明成祖早已想遷都北京，便將徐皇后棺槨暫時安放於南京的皇宮內，命令禮部尚書趙紅等大臣，遍訪精通風水人士。當時訪得江西贛州府興國縣三僚村的廖均卿，因他的先祖廖三傳是唐朝著名風水大師楊救貧的傳人，廖均卿被召傳南京後，奉永樂旨意專為徐皇后選擇“吉壤”，他察看了在南京的孝陵風水之後，便到北京找風水寶地，先察看了京西燕臺驛、玉泉山、潭柘寺、香山，又察看了京北的陽山茶湖嶺和懷柔的洪羅山、百葉山，後又察看了辛家莊、斧口、谷山、文家莊、石門驛、湯泉、禪峰寺，在北京四周足足跑了兩年時間，才好不容易找到了幾處供挑選的地方。
據說最先找到的是南口外的屠家營，但因皇帝姓朱，“朱”和“豬”同音，皇帝認為豬一旦進了屠戶的家，除伸長了脖子任人擺佈，沒有什麼好事，未能同意。另一處選在昌平西南的羊山腳下，“羊”和“豬”本可以相安無事地各自生活，但山後卻偏偏有個村子叫“狼兒峪”，豬的旁邊有狼盯梢自然危險異常，也未被採用。再一處是京西的“燕家臺”，永樂皇帝感到“燕家”和“晏駕”是諧音，不吉利，又遭到否定。後來廖均卿又呈上京西潭柘寺的繪圖給皇帝觀看，永樂認為景色雖好，但山間深處地方狹窄，沒有子孫發展餘地，亦未能入選。
屠家營村
廖均卿遍鑑京郊，挑選的陵寢卻一直不合皇帝之意。直到永樂七年（1409年），他前往昌平黃土山（即後來的天壽山十三陵所在地），登高縱目，見該處風水絕妙，為他處所不及，便繪成地圖，於八月初一到南京上朝，獻上地圖，並建議明成祖親臨黃土山觀察，希望明成祖“高張慧目，廣邁皇風”，並說，如將皇陵定於此處，則“玉燭清明，並立辰而永耀；金符浩蕩，亙萬古以長存；國祚無疆，邦家有慶”。
明成祖聽了非常高興，決定於初八吉辰與各風水師一同前往黃土山定穴位。當時還有另外兩名知名風水大師王侃、巫涯，也各自上了奏本。明成祖在比較之後，決定採納廖均卿的建議。初八子時，明成祖將幾位風水大師召到面前，說王侃、巫涯所定穴位不對，廖均卿所定穴位最好，當時賞賜了廖均卿金劍一把、銀鋤一把，讓他去點穴，隨即開挖了金井（就是埋棺材的穴位），這便是後來人們看到的十三陵區。
永樂七年（1409年），浩大的陵墓工程在黃土山下正式動工，所用軍工、民夫四十餘萬人。這年就在朱棣生日那天，朱棣來到黃土山視察自己的壽宮營建情況，並率領群臣飲酒作歌。待百官上壽時為討他歡喜，稱此山為天壽山。朱棣聽罷大喜，即以皇帝的九五之尊，傳旨改黃土山的名字為比較順耳動聽的天壽山。
天壽山
天壽山風水環境有五個典型特點：一是山體為燕山山脈之分支；二是皇陵區東、北、西三面為群山環繞，形成一個向南開口的馬蹄形凹地；三是南方遠處有案山和朝山，成為出入皇陵區的門戶；四是溪河交匯，水源清長；五是土壤優良，宜於植被生長。按照當時的風水理論，天壽山是一個聚氣的理想場所。“氣”，在古人心中是生髮萬事萬物的根基，能夠給子孫帶來福祿的葬地，靠的是葬地內的生氣。尤其在廖均卿的墨筆下，天壽山的風水儼然是一幅星宿圖：“……山如萬馬奔趨，水似黃龍踴躍；太微天馬尊於銀潢之南，少府紫微起於天河之北。”這樣的雄闊山水和天象結構透露出來的“生氣”，豈能不令朱棣龍顏大悅。
十三陵靈氣與地形地貌並重，其風水結構可用四個字總結：龍、砂、穴、水，即來龍去脈，左右扶持，背山面水。明代後期的名士蔣一葵在《長安客話》中曾有一段描述：“皇陵形勝，自其近而觀之，前有鳳凰山如朱雀，後有黃花鎮如玄武，左莽山即青龍，右虎峪即白虎，且東西山口兩大水會流於朝寧河，環抱如玉帶三十餘里，實為天造地設之區。”古代風水文化中，滲透著中國重意境美、重寫意美的國家氣質，這種審美傾向對日本等國的影響至今仍在延續，將皇帝葬在這種唯美的生態場中，是封建孝道的一種體現。可以說，這區區四個字，不僅隱藏著頗具現代哲學意義的宇宙觀和生命觀，以及人與環境和諧、平衡的終極追求，還隱藏著影響我們華夏文化數千年的儒家孝道思想。
當然，明成祖最終同意在黃土嶺下興建陵墓，不只因為風水之說，還有個更重大的意義和原因，那就是這裡山勢如屏，易守難攻，一旦駐軍把守，既可護衛陵寢，又便於保衛京師。
長陵
如今的十三陵，眾陵以長陵為中心，神路自南端陵門直達長陵，在長達7千米的主神道上建有石牌坊、大官門、碑亭、華表、石像生、龍鳳門等建築。這些不僅是皇威的象徵，而且也用以造成謁陵氣氛。