洪武十五年馬後崩，終太祖逝世，不復立後。馬後生五子，周王朱櫹最小，放蕩不羈，封至開封府，開始很老實，後來開始放縱，巡遊鳳陽 ，太祖憤怒，發配雲南，後又勒令歸蕃。太子朱標為馬後長子，馬後年輕時經常帶著朱標在軍營中生活，朱標為太子後，做了一副負子圖藏懷中。李善長被賜死時，​太子進諫道：“父皇誅殺太過嚴厲，太傷和氣。”次日，太祖把棘條扔在地上，讓太子拾起來，太子發難，太祖笑道​：“你怕上面有刺，所以不敢拿起來，把刺拔掉不就沒事了？我現在就是要幫你把刺拔掉，你不明白我的意思嗎？”太子言：“上有堯舜之君，下有堯舜之民。”太祖生氣，拿起凳子要扔朱標，太子急忙逃走，扔下馬後所留負子圖，元璋頓時大慟，沒有追責​。

魯王朱檀好金石，中毒而死，太祖恨之，諡號為荒​。潭王朱梓謀變未成，夫婦投入火海中​。原來朱梓的身世成謎，可能是陳友諒的兒子，此舉是為了復仇，此事史料難考​，不做詳解。

李善長之死是為胡惟庸所牽連，善長的弟弟存義與胡惟庸是兒女親家，太祖念及故情，免除死罪，善長未曾謝恩，元璋懷恨，善長又營建房屋向湯和要三百甲士，後來事情敗露，再由得刑官逼供，朝中大臣奉承聯合彈劾李善長（落井下石之輩），太祖欲寬厚懲罰，議論功勞（貓拖老鼠，假慈悲），太史又言星變，說是這是在大臣身上，需要責罰，於是太祖賜死善長，善長七十七歲活活吊死，家中七十餘人全部被殺​。陸仲亨、唐勝宗、費聚、趙庸等淮西兄貴一併論死，太祖作奸黨錄佈告天下（殺的痛快）。

太祖以關中險要，意欲遷都，秦王朱樉有怨言，太祖命太子去關中視察，並調查秦王過失，太子歸來懇請免責，朱樉無罪，太祖不信，太子抑鬱成疾，於洪武二十五年去世​，諡號懿文太子。

開國功臣，保命全身有六，徐達、常遇春、李文忠、鄧愈，死於藍玉案之前，沐英一直守衛雲南，未曾歸朝，湯和太過了解元璋，告老還鄉不談任何國事，得年七十而終​。

燕王朱棣遠出漠北收降殘元勢力，秦王晉王死後統由燕王統領，鎮守北方。洪武三十一年太祖崩，朱允炆繼位。