清朝皇室信仰薩滿教和喇叭教。其實喇叭教也不過是對蒙古和西藏的懷柔而做出的樣子，滿清本身只信薩滿。所以滿清入關之後，出於統治需要，一開始對道教還能保持利用式的禮遇；待到政權穩固，道教便被棄置一旁，地位不斷下降。清初的皇帝之中，順治、康熙、乾隆對道教殊無好感，只有雍正皇帝還算篤通道教。

雍正自幼信佛，自號“圓明居士”。他後來通道，有一定的機緣巧合因素。在康熙晚年的時候，雍正家臣戴鐸到福建任知府，經過武夷山時，遇到道士賈士芳。戴鐸早聽說過賈士芳道法高深，於是向他詢問雍正的前程。賈士芳只是默默地寫下一個“萬”字。戴鐸將這事彙報給了雍正。雍正一看，這不是暗示自己要當萬歲爺嗎，心下十分高興，對道教有了親近之感。

不過雍正通道多半還是出於治病的需要。雍正生了重病，皇宮裡的御醫束手無策。這時又是戴鐸推薦了賈士芳。賈士芳採用的治療方案，大概是道教的符咒之術。朦朧中的雍正皇帝聽到賈士芳吟唱：“天地聽我主持，神鬼聽我驅使......”之後病情果然好轉，雍正帝轉危為安。

皇帝病體痊癒，治病的賈道士卻迎來了滅頂之災。雍正皇帝想不起賈士芳的救命之恩，卻總記得那句咒語：天地聽我主持，神鬼聽我驅使。越琢磨越感覺不對勁，非常疑心賈士芳可以操控自己的病情。最後決定斬草除根，將賈士芳一殺了之。

儘管如此，道士的本領還是給皇帝留下了深刻的印象。雍正皇帝從此對道教崇信無比。第55代天師張錫麟入京朝覲，受到雍正皇帝的禮遇。張天師身邊的近侍婁近垣顯露出非凡的道術，覺得雍正喜愛，被留在了京城。

婁近垣接著為雍正治病。他所採用的方法是道教拜斗之法。道教中有“南鬥注生，北斗注死”的說法，北斗掌控著人的生死禍福，因而拜斗法是一門重要的道教法術。經過婁近垣的拜斗之後，雍正的病情迅速好轉。婁近垣因此官封四品，授龍虎山提點之職。

由於雍正喜怒無常，婁近垣更加謹小慎微。有賈士芳的前車之鑑，婁近垣尤其不敢犯皇帝的忌諱。有親王問婁近垣道教長生之術，婁近垣的回答頗有魏晉名士的味道：“今天所吃的燒豬肉，就是絕好的養生之術，又何必向外求呢！”

雍正對婁近垣非常賞識，專門為他建造了大光明殿，並封其為“妙正真人”，品秩升為三品。要知道正一派領袖張天師的品秩也不過三品。可見皇帝對婁正垣的寵愛。雍正皇帝甚至讓婁近垣開宗立派，成立“正乙派”。

雍正晚年對道教越來越痴迷。在清宮檔案中，有很多雍正組織煉丹的記載。大量的煉丹物品被送進圓明園。煉丹基本由道士張太虛、王定乾負責。煉出的丹藥，不但雍正自己服用，他還經常賜給親信的大臣們。史載雍正暴斃而亡，民間傳說他是被呂留良之女呂四娘刺殺，不過很多的史學家更趨向於認為雍正是由於服食金丹，中毒而死的。

乾隆即位之後，即刻處置了為雍正煉丹的道士。乾隆對道教作出了嚴厲的限制，不許張天師加入朝臣班行，規定張天師三年一朝，並且不允許在京城停留。將張天師正一真人的品秩由正三品降低到正五品。同時廢除了道教度度牒。

在滿清王朝的打壓之下，道教無可挽回地衰落了。