咸豐十一年(1861年)辛酉，七月十七日，咸豐病危，召見御前諸大臣，傳諭立皇長子載淳為皇太子，並派載垣、端華、景壽、肅順、穆蔭、匡源、杜翰、焦祐贏“盡心輔弼，費襄一切政務”。諸臣請咸豐用丹毫手書，咸豐以手力已弱，不能執管，遂諭“著寫來述旨”，所以遺詔中有“承寫”字樣，至卯時(五時至七時)玄逝。成豐的皇后鈕枯祿氏、琳貴太妃鳥雅氏都曾奠酒但不及懿貴妃那拉氏。皇帝載淳是那拉氏生的，咸豐這種做法當然讓那拉氏不快活。但當日即由敬事房首領傳旨:“鍾粹宮皇后晉封皇太后”，這就是鈕枯祿氏，時年二十五歲。“儲秀宮懿貴妃晉封皇太后”，這就是那拉氏，時年二十七歲。又稱鈕枯祿氏為母后皇太后，那拉氏為聖母皇太后，這是援用明萬曆朝的故事，但在那拉氏總覺得還有區別，不夠稱心，因此後來又改徽號，一稱慈安，一稱慈禧。

咸豐十一年七月ニ十八日(即1861年9月2日)，贊襄政務八大臣經兩宮太后批准，擬定建元年號為“祺祥”，正式頒詔天下。

成豐帝晚年，肅順等的權勢已超過各軍機大臣，死後便以贊襄王大臣的身分統攬大權。肅順和慈禧，性格上都屬鷹派，俗語所謂“硬碰硬”，本是難以共存，都不喜歡還有比自己更有權力的人。肅順很得咸豐帝的信任，隱察咸豐帝有忌恨慈禧專橫之意，乘間以漢武大帝對付鉤弋夫人故事煽動咸豐帝，咸豐帝有所不忍。後來醉中惱怒漏言，為慈禧得知，把肅順恨得刺骨。

咸豐一死，慈禧便以肅順專權事挑撥慈安，併力主兩人一同垂簾聽政。慈安以此舉有違反清室祖制，起先未曾答應，後被說服，但要她先徵求恭親王奕訢的意見，恭親王正想用事握權，便起程抵達行宮，祭文宗的靈柩，太后將召見，載垣等竭力反對，杜翰還當眾說:“叔嫂當避嫌疑，且太后居喪，尤不宜召見親王。”但因太后堅持，奕訴就約與端華同往，端華目視肅順，肅順笑道:“老六!汝與兩宮叔嫂耳;何必我輩陪哉!奕訴於是獨往，兩太后涕泣而道載垣等的侵侮，所以密謀殺計。奕訴認為一定要還京，太后說:“奈外國何?”訴答道:“外國無異議，如有難，唯奴才是問。”

兩宮、恭王、肅順，本來都是“一家人”，這時卻各人心中有自己本賬，形成了微妙的三角關係。

當奕訢回到京城前一天，御史董元醇已有一疏抵達熱河行宮，這便是轟動一時的請兩宮垂簾疏。因為清室一向無太后垂簾之制，所以疏中以“事貴從權，理宜守經”開始;所謂從權，便是“皇太后暫時權理朝政，左右不能幹，庶人心益知敬畏，而文武臣工俱不敢稍肆其矇蔽之術”。董疏中又有“垂簾之儀”語，將應用“制”字而改用“儀”字，這是掩耳盜鈴的手法。

董元醇此疏，雖為投機而奏，但上奏時間太早了，恭王還沒有佈置妥帖，只好“留中”，而載垣等人已極為憤慨，便擬一旨駁斥，並說“贊襄幼主，不能聽命太后，請太后看折，亦系多餘之事。”杜翰甚至說:“若聽信人言，臣不能奉命!”其他各人，辭語也多激烈，聲震殿陛，太后為之震怒手顫，幼主因驚怖啼泣，在太后衣上撤了一泡尿。

八月十四日，飲差大臣勝保從京畿抵達行宮，他是受奕訢邀約而來。勝保這時任兵部侍郎，親自督練京兵。對肅順有示威之意，對兩宮則是壯膽。

薛福成《庸庵筆記》有:“兩宮俟恭親王行後，即下回鑾京師之旨，三奸力阻之，謂:皇上一孺子耳，京師何等空虛，如必欲迴鑾，臣等不敢贊一辭(肅順所以不讓兩宮回京，怕回京後不容易制伏慈禧)。兩宮說:回京設有意外，不與汝等相干。”隨即命令準備車駕，並派肅順、奕睘等護送梓宮回京(這也是密定之計)。兩宮及幼主在大行皇帝靈前行禮後，即啟程回京。九月廿九日，到德勝門，慈安偕幼主同乘轎，慈禧轎在後。

這時恭王授意大學士賈楨、周祖培(在戶部時，屢受肅順欺辱)等聯名上疏，勝保之疏又同時抵京。兩疏的焦點是(一)控訴載垣等人的專擅，(二)請兩宮垂簾聽政。

兩太后即密召恭王奕沂面詢一切。接著又將在熱河草就的諭旨宣佈。旨中除含混地痛斥載垣等無人臣之禮外只解除八大臣襄政務的職任。

到了十月初，諸大臣議會載垣等罪名，很久沒有判決，後由刑部尚書趙光抗議，認為應照大逆不道律凌退處死。上則改載垣、端華令自盡，肅順則斬立決。

肅順是在護送梓宮的途中留駐密雲縣時被捕的，並由密雲押解宗人府。《庸庵筆記》說:“肅順瞋目叱端華、載垣曰:若早從吾言，何至有今日?二人曰:事已至此，復何言?載垣也咎端華說:吾之罪名，皆聽汝言成之。故論者謂，三兇之罪，肅順尤甚，端華次之，載垣又次之。”黃《花隨人聖盦摭憶》說:“以肅順之識論之，亦必早知西后之不相容，而有先下手之意，惜怡、鄭雨王庸オ，不能從，故同及於難。”後人也頗有為此案鳴不平的，《摭憶》又引王伯恭《蜷廬隨筆》，極稱肅順的學術經濟，不同時人的論調，因而稱此案為冤案。王闓運《棋樣故事》:肅順“臨刑罵不絕，卒以攔阻垂簾，斬於市，而賜二王死，一時無識者謂之三兇，即詔旨亦不知垂簾之當斬也。”末兩名意謂，將載垣、端華、肅順謂之三兇，那是無識之人，應當斬的倒是主張垂簾的人。王文後段，對恭王的好財貨，很有微詞。闓運曾入肅順之幕，待以國士，所以為肅順鳴冤叫屈。《清史稿》評肅順說:“其贊畫軍事，所見實出在廷諸臣上，削平寇亂，於此肇基，功不可沒也。自庚申議和後，恭親王為中外所繫望，肅順等不圖和衷共劑，而數阻返蹕。文宗既崩，冀怙權位於一時，以此罹罪。赫赫爰書，其能逭乎?”爰書是指記錄罪犯供詞的文書。這意思是說，既然文書上赫然地記載了罪狀，那還躲逃得了麼?似乎含有皮裡陽秋之意。

肅順的驕橫專斷雖是事實，但當時如果由他們一派來當權以扶幼主，晚清的政局或許不至敗壞到這個地步。雖然這話到現在來說，沒多大意思了。

綜觀肅順等人所以失敗的原因，有這幾點:(一)恭親王奕訢是當時親貴中最負聲望的人物，是幼主載淳叔父，而恭親王因曾與洋人談判和談，頗有周旋，這時實際上已得洋人的認可和支援，所以他對太后的答詞有“唯奴才是問”的話，即俗語所謂“保在我身上”。勝保奏疏中也有“且恐外國聞知，亦覺於理不順，又將從而生心，所關甚大”等等，這一點，很值得我們重視:過去的幾次政變案，根本不考慮什麼洋人外國，這說明這時外國人的壓力和影響，已深入到政變內部。(二)除外國人外，恭親王又得到勝保等握兵權的武臣支援。(三)當時諸王大臣中，對西太后也有憎惡的，但她畢竟是嗣君的生母，既然要忠於嗣君也不得不忠於其母。蕭一山《清代通史》下冊說:“而兩太后，八輔政，一親王，又系鼎足三分之局。以勢力論，則北京(指恭親王)較優，以名份言，則行(指兩太后所在的熱河)為正，二者合而為一，則輔政之勢孤矣。”這說得很中肯。慈禧能利用和聯手恭親王，這也是她棋高一著之處。(四)肅順平日行事，也有不得人心地方，《庸庵筆記》記肅順被押赴刑場時，“過騾馬市大街，兒童歡呼曰:‘肅順亦有今日乎?’有的拾瓦礫泥土擲之。頃之，面目遂模糊不可辨雲。”肅順因為科場、鈔票兩案，無辜受害者特多，京中聽到殺肅順，個個交口稱快。這就是震驚中外震驚歷史的“辛酉政變”奇案，奇案的策劃為慈禧一手所為。計除肅順等人之後，慈禧太后將“女皇權”玩到了極點。