1911年10月10日，辛亥革命爆發。成功後，武昌城中各勢力在角力之後公推原二十一混成協統領黎元洪為鄂督。

黎元洪曾經說過，“康梁想行新政，有回國輔君之望，而孫黃反動成性，久必做亡命之徒”。從這裡可以看出，雖然身為清廷軍官的黎元洪對革命黨人有一定的同情心，但在情感上卻傾向立憲派的做法。因此在武漢三鎮落入革命軍手中之後，他在宣佈“與諸君共生死”的同時，仍然左顧右盼，在北洋軍和革命黨之間搖擺不定。

11月29日，孫中山在南京當選中華民國臨時大總統。黎元洪馬上電賀：“識高千古，慮周全球，挽末世之頹風，復唐虞之盛治，使海內重睹漢宮威儀，不獨四萬萬同胞之福，即東西各國莫不敬仰高風。”但同時，他又對新成立的南京國民政府表達了自己的不滿，並向袁世凱示好，“項城胸懷磊落，名滿天下。此次以仕清廷未克與選，識者惜之。方期和議早成，彼此共享共和之福，人望如項城，何至不能與選？”

臨時政府成立之後，表面上湖北軍政府名義上是南京國民政府屬下的一個地方政府，實際上對於南京的政策，湖北軍政府並不會認真執行。這就造成了在民國初年，中國實際出現了足以影響政局的三股勢力：南京臨時政府，湖北軍政府和北京袁世凱控制下的清王室。

黎元洪一方面盛讚孫中山”首倡大義，奔走呼號二十年如一日，薄海內外無不欽仰高風，濡沐仁話“，而”武漢首當其衝，任大責重，深懼弗勝，惟有夙夜孳孳，萬不敢稍恃和議致懈枕戈“，一方面與孫武等聯合立憲派組成民社，用以對抗同盟會，而後民社擴大為共和黨，成為同盟會在國會中的勁敵。

正因為黎元洪的不合作，導致了南京臨時政府的各項舉措無法壓制北京而施行。臨時政府所提出的定都，組閣等提議，都因湖北軍政府的不支援而流產，最後黎元洪甚至明裡暗裡背棄革命，向袁世凱妥協。他以勸大家開放黨見之爭為名，並提出“所如不合，政見相乖，亦可藉議會為中堅，恃人民為後盾。富民利國，有何猜疑”。黎氏的言論看似不偏不倚，實際上卻暗諷同盟會借黨爭控制國會，為袁世凱搖旗吶喊。

在他的努力推動下，4月1日，袁世凱控制下的唐紹儀內閣成立。在中央直轄的十個特別行政官廳的總長中，袁世凱把持了內務、外交、財政、陸軍、海軍、交通扽更重要部門，與之相比，革命黨人則掌握了較次要的農林，工商，教育、司法四個部門。

此時的黎元洪被選為為副總統，並輔佐大總統運籌軍務。對於袁世凱的投桃報李，他對此表示滿意，宣稱“方今南北軍人感情尚未十分融洽，若得參謀總長雙方調和，必能化除意見，故慨允兼任此職”。

與此同時，他對革命黨人仍然保持了一定的熱絡，用以制衡北京政府。1912年4月9日，辭去總統職位的孫中山抵鄂。黎元洪派兩艘軍艦將其從漢口接至武昌。他本人不僅長立都督府門迎接，還親自扶其下車，互致問候，並稱“湖北首義，若各省不及時響應，武漢孤城，很難堅守，革命大局不堪設想！而全國各省之所以聞風響應，是由於深受中山先生多年奔走呼號秘密運動的影響”，我輩“不要辜負中山先生的告誡”。可是不久之後，他就開始了對同盟會控制的文學社展開殺戮。直至最後，在“二次革命”中，他徹底倒向袁世凱。

嚴復評價黎元洪的那句話“下為一家之長，將不足以庇其家，出為一國之長，必不足以保其國”很中肯。作為被強推上位的非革命分子，他並不能完全理解革命的重要性，也不能堅決執行對封建舊勢力的徹底革命，而他性格中的闇弱讓他在面對袁世凱的強大武力更容易妥協。這些方面都令他更容易逃離更危險，更需要堅定品質的革命路線而選擇看似與自己利益更為相關的舊勢力。