歷史旗幟

1854年至1868年 江戶幕府代用旗

1905年至1910年 韓國統監府旗幟（統監旗）

1936年 二二六事件期間日本陸軍的皇道派旗幟

1945年至1952年 同盟國佔領時期日本國旗

1950年1月至3月 沖繩民政府旗幟

1952年至1967年 琉球列島美國民政府與琉球政府旗幟（琉球船舶旗）

琉球國王室旗幟

少數族群

1973年至今 阿伊努人的非正式旗幟

1946年在日本大韓民國民團（재일본대한민국민단）旗幟

1923年至1945年 全國水平社與部落解放同盟旗幟

1945年 部落解放同盟旗幟

安全衛生

1919年至今 安全旗

1953年至今 勞動衛生旗

1965年至今 安全衛生旗

其他

郵政旗幟

新選組旗幟

風林火山旗幟

白瀨矗日本南極遠征隊旗幟

開拓使旗幟