1934年11月26日，清流縣城失守，除保衛局長樑國斌率部分游擊隊、少先隊突出重圍，由安樂、洋坊撤往寧化之外，其餘人員均被圍城內。此役，縣委書記林聖才、宣傳部長蘭汝洪、嵩溪區委書記餘梓才等60多人壯烈犧牲，縣蘇主席王興旺、副主席鄒春才、裁判部長林錦斌、城郊蘇區主席嚴榮柳等100多人被俘。這一仗，使土地革命以來清流培養起來的革命力量幾乎喪失殆盡，其損失之重，為同時期周圍幾個縣城失守時所罕有。破城後，國民黨部隊對清流群眾進行瘋狂鎮壓，用各種非人的手段屠殺共產黨員和革命群眾。強迫“清鄉”、頒發“良民證”，組織“保甲制”。在這一時期，全縣被毀滅村莊40個，絕滅戶數80戶，燒燬房屋1840間，被殺害193人，被抓578人，打傷126人，逃亡944人，搶殺耕牛662頭，搶去150口鍋，其餘財物價值2000光洋。但就是在這種殘酷的局面下，清流的革命活動依然沒有停止。僅以武裝鬥爭為例，從1934年底，到1936年6月，仍有5支部隊，依舊活躍在清流域內。第一支是1934年底，閩贛省軍區組織各縣發動群眾組建的地方部隊，清泉歸基幹遊擊大隊、清流游擊隊。第二支是由宋清泉率領的閩贛軍區十二、十七、十八團。第三支部隊為福建軍區獨立第九團。第四支是明光獨立營（即連城獨立營）。第五支則是由閩西遊擊隊改編的中國工農紅軍閩西南抗日討蔣軍。這5支部隊的統屬不一，其中清泉歸基幹遊擊大隊、清流游擊隊，閩贛軍區12、17、18團隸屬閩贛省軍區指揮（其中17、18團餘部在1935年4月後歸屬閩西南軍政委員會）。獨9團及閩西南抗日討蔣軍、明光獨立營則隸屬於張鼎丞任主席的閩西南軍政委員會。主力紅軍長征，地方上又遭受國民黨的殘酷清剿，局勢已和先前大相徑庭。但閩贛省委仍未認清當時的嚴酷形勢，而中央又未給予明確的指示，省委依舊為原來的“保衛閩贛蘇區，配合主力紅軍、粉碎敵人的五次‘圍剿’”鬥爭方針所影響。因此，閩贛軍區所轄部隊仍集中主力，徘徊在各縣交界處，期望達成反攻局面。1934年11月29日，在清流城破後僅3天這種鬥爭形勢嚴酷的局面下，閩贛軍區游擊隊400多人仍在大基頭到暖水塘一帶阻擊企圖向暖水塘推進的52師156旅。因為這樣的指導思想，閩贛軍區所轄部隊始終處於被國民黨52師、36師、56師、76師圍攻的被動局面。1935年1—3月，閩贛軍區各部隊反覆轉戰於順昌、南平、沙縣、將樂、歸化、清流、永安之間，屢遭國民黨部隊的伏擊。3月21日，閩贛17、18團在進入清流與歸化間的邱坊、謝地、林畲一帶時，在清流山背遭受國民黨52師伏擊。此一役閩贛17、18團損失慘重，隊伍被打散。隊伍被打散後，突圍的百餘名戰士，在18團政委溫含珍和邱尚聰的率領下，仍在邱坊、謝地、林畲轉戰、遊擊，直至4月，再遭52師追擊，才將部隊轉移到龍巖，與閩西第一作戰區方方政委所領導的部隊會合。至此，清流境內大規模紅軍活動基本結束。此後，閩西南軍政委員會所屬第一軍區第3營，方方、羅忠毅、溫含珍所率的紅九團第2營，明光獨立營、閩贛17、18團（餘部）採取分散活動，以戰術打破敵人“清剿”，並同時收容17、18團失散人員，在清流、永安邊界地區組織小股部隊騷擾敵人。戰略的轉換以及外界革命形勢的變化，給予了各部隊休養生息的時間。1936年1月，閩西南軍政委員會進行部隊整編，成立中國工農紅軍閩西南抗日討蔣軍，並令劉漢率第一支隊向寧洋、連城、清流邊境出擊。此至1937年5月，這支紅色武裝持續在閩西地區開展遊擊鬥爭。直至1938年1月，新四軍軍部在南昌成立，這支部隊和閩西南其他紅軍游擊隊一起編入新四軍二支隊，開赴抗日前線。